genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  98  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23810406--23810516	38	2.9	38	76	7	100	61	1	1	35	1.17
23810668--23810769	3	34.0	3	68	24	56	64	0	1	32	1.11
23810673--23810771	7	14.9	7	72	16	68	63	1	2	33	1.12
23810679--23810769	16	4.9	18	75	19	57	63	1	2	32	1.13
23810675--23810775	23	4.1	23	73	19	73	62	0	2	33	1.17
23812621--23813113	87	5.6	86	65	19	257	26	19	20	33	1.96
23812657--23813162	175	2.9	175	93	0	832	26	19	20	33	1.96
23814720--23814818	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
23821799--23821878	3	25.0	3	72	20	56	65	1	1	32	1.09
23821794--23821897	18	5.9	18	74	13	67	64	0	1	32	1.11
23821816--23821893	40	2.0	40	87	5	113	61	1	2	34	1.18
23821796--23821899	14	7.4	14	74	16	83	64	0	1	32	1.11
23821937--23821991	18	2.9	19	71	10	51	63	0	7	29	1.21
23827627--23827665	20	2.0	19	90	5	60	64	0	5	30	1.15
23827655--23827690	19	1.9	19	88	5	56	47	5	2	44	1.41
23827698--23827726	13	2.2	13	100	0	58	65	0	0	34	0.93
23827696--23827730	13	2.5	15	81	18	56	68	0	0	31	0.90
23830511--23830552	21	2.0	21	100	0	84	42	14	9	33	1.78
23831564--23831588	12	2.1	12	100	0	50	36	24	8	32	1.84
23835254--23835336	36	2.3	36	81	4	96	26	27	26	19	1.99
23835546--23835621	33	2.4	31	83	14	86	35	2	18	43	1.64
23837746--23837806	25	2.4	25	100	0	122	40	11	8	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23840230--23840256	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
23841349--23841379	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
23847999--23848085	28	3.0	28	74	12	86	24	18	10	47	1.79
23849681--23849705	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
23849922--23849957	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
23852170--23852215	24	1.9	25	86	8	69	26	2	2	69	1.11
23861230--23861287	23	2.6	22	81	13	73	37	0	1	60	1.07
23861235--23861284	22	2.3	22	83	10	59	38	0	2	60	1.09
23861246--23861334	3	29.7	3	70	20	53	33	4	0	61	1.16
23861230--23861288	20	3.0	20	78	16	70	37	0	1	61	1.07
23861405--23861439	17	2.0	17	88	5	52	34	5	0	60	1.21
23861480--23861548	37	1.9	34	83	13	86	33	5	1	59	1.30
23861635--23861668	13	2.6	13	85	0	50	41	2	0	55	1.15
23869313--23869454	72	2.0	72	98	0	275	31	21	11	35	1.90
23869343--23869455	36	3.1	36	62	18	90	31	20	12	35	1.90
23871828--23872007	5	36.0	5	100	0	360	60	20	0	20	1.37
23875164--23875209	24	1.9	24	90	0	74	45	2	26	26	1.65
23875172--23875222	24	2.1	24	82	7	59	50	0	27	21	1.48
23877197--23877374	29	6.1	29	89	0	266	37	14	26	22	1.92
23880423--23880471	15	3.3	15	76	0	53	26	40	10	22	1.86
23882430--23882746	27	11.7	27	88	0	400	28	22	8	41	1.82
23882734--23882916	27	6.8	27	81	3	156	41	18	8	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23882536--23882827	54	5.4	54	83	1	183	32	21	8	37	1.83
23882739--23882971	54	4.3	54	80	6	197	41	19	9	30	1.83
23882739--23882916	81	2.2	81	86	6	236	42	18	8	30	1.80
23882794--23882946	27	5.7	26	84	4	114	39	19	8	32	1.82
23882739--23882946	81	2.6	82	83	5	210	41	19	8	31	1.80
23882935--23883176	27	9.0	27	88	0	342	36	19	19	24	1.95
23882936--23883201	80	3.3	80	87	5	355	36	19	19	24	1.95
23882926--23883201	107	2.6	104	86	6	385	36	18	19	25	1.94
23883407--23883485	25	3.2	25	88	0	122	26	24	21	27	1.99
23883407--23883498	25	3.7	24	81	9	105	29	21	21	27	1.99
23888546--23888574	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
23897738--23897766	13	2.1	14	93	6	51	41	0	20	37	1.53
23898209--23898263	29	1.9	28	81	3	65	20	16	27	36	1.93
23902124--23902170	20	2.2	22	81	11	62	51	12	4	31	1.59
23903261--23903393	43	3.1	41	79	5	133	31	29	16	22	1.96
23903560--23903600	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
23905380--23905418	17	2.2	18	90	4	62	61	0	2	35	1.10
23907437--23907483	25	1.9	24	83	12	60	31	2	4	61	1.27
23907418--23907483	25	2.9	23	79	16	59	28	1	4	65	1.21
23909482--23909580	32	3.0	32	86	5	126	73	15	5	6	1.20
23913129--23913201	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
23913188--23913260	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23921073--23921145	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
23921132--23921204	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
23926588--23926754	73	2.3	73	87	1	226	28	16	20	34	1.95
23926734--23926778	13	3.4	13	81	6	63	15	11	4	68	1.34
23926666--23926857	100	1.9	100	88	2	287	25	16	18	39	1.91
23926762--23926934	87	2.0	85	87	4	249	28	13	18	39	1.89
23926496--23927009	258	2.0	262	88	5	763	27	16	19	36	1.93
23926863--23927164	77	4.0	76	84	8	361	30	17	20	31	1.96
23927283--23927418	71	1.9	71	95	0	245	34	16	18	30	1.93
23926516--23927543	417	2.5	412	82	8	1145	29	16	19	35	1.94
23927190--23927725	155	3.4	150	80	11	516	29	17	19	33	1.95
23927423--23927855	77	6.1	76	82	9	413	27	17	22	32	1.96
23927586--23928057	129	3.5	132	88	5	662	29	18	24	28	1.98
23927658--23928053	61	6.1	61	77	12	405	29	17	24	28	1.98
23928086--23928228	74	1.9	75	88	2	216	30	18	23	27	1.98
23928160--23928330	92	1.9	92	82	4	220	27	19	19	33	1.96
23928086--23928566	243	2.0	239	82	6	574	28	18	20	32	1.96
23927989--23928390	171	2.4	167	88	4	574	29	19	20	30	1.97
23928331--23928531	79	2.4	80	83	13	232	31	15	19	32	1.93
23929190--23929267	33	2.4	33	93	0	138	62	25	6	5	1.40
23929190--23929287	33	3.0	33	86	3	99	68	20	5	6	1.31
23931711--23931763	26	2.0	26	96	0	97	45	7	35	11	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23949082--23949200	44	2.8	43	81	6	134	23	16	25	34	1.95
23949483--23949527	17	2.8	17	78	18	51	26	0	17	55	1.42
23952517--23952581	22	2.8	23	81	11	80	20	24	18	36	1.94
23952545--23952599	23	2.5	22	82	5	65	25	29	12	32	1.93
23955171--23955298	48	2.7	48	80	2	141	22	28	20	28	1.98
23958542--23958763	40	5.6	40	92	1	358	22	22	26	27	1.99
23970367--23970533	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
23978406--23978541	24	5.8	23	93	2	211	34	27	17	20	1.95
23978384--23978537	48	3.3	44	88	8	191	33	25	18	22	1.97
23986169--23986307	24	5.8	24	95	0	251	34	25	18	20	1.96
23986147--23986308	48	3.4	46	90	4	216	33	24	18	23	1.97
23995524--23995549	12	2.2	12	100	0	52	50	34	0	15	1.45
23998301--23998482	81	2.2	81	83	3	224	28	23	7	40	1.82
23998301--23998483	27	6.8	27	83	5	199	28	23	7	40	1.82
23998301--23998483	54	3.4	54	83	3	233	28	23	7	40	1.82
23998461--23998546	27	3.2	27	74	0	82	38	25	6	29	1.82
23999722--23999769	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
23999817--23999872	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
23999812--23999872	20	3.0	20	95	0	113	36	9	19	34	1.85
23999922--24000088	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
23999922--24000089	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
24000280--24000343	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24008114--24008249	26	5.3	26	88	5	199	28	21	23	26	1.99
24015149--24015230	43	1.9	43	82	0	101	25	12	25	36	1.91
24019378--24019410	17	1.9	17	93	0	57	27	3	30	39	1.72
24027762--24027928	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
24035754--24035920	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
24040248--24040599	39	9.1	39	94	1	591	23	29	25	21	1.99
24040248--24040599	116	3.0	116	93	1	589	23	29	25	21	1.99
24040248--24040599	155	2.3	155	95	1	625	23	29	25	21	1.99
24046224--24046321	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
24053696--24053863	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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