genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  144  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38559679--38559818	54	2.6	55	85	6	171	26	18	18	36	1.94
38559746--38559848	27	3.8	27	87	2	136	28	11	21	38	1.88
38559852--38559915	27	2.4	27	76	10	76	34	6	20	39	1.78
38559865--38560063	54	3.7	54	86	1	184	37	7	22	33	1.81
38559894--38560063	27	6.3	27	91	0	268	38	7	22	31	1.81
38559865--38560065	81	2.5	81	86	3	235	37	6	21	33	1.81
38559913--38560104	81	2.4	81	84	3	217	38	7	21	32	1.82
38560075--38560330	27	9.6	27	81	7	272	31	8	19	39	1.83
38559913--38560128	81	2.7	81	83	2	202	37	8	20	32	1.83
38562332--38562456	29	4.3	29	90	1	189	28	31	13	26	1.94
38562666--38562708	16	2.7	16	85	0	50	9	18	18	53	1.70
38567718--38567835	56	2.1	56	93	0	200	34	21	16	27	1.94
38568445--38568475	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
38570602--38570649	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
38570693--38570731	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
38570781--38570901	24	5.0	24	87	7	165	28	19	22	29	1.98
38570781--38570887	49	2.2	47	93	5	178	29	17	22	29	1.97
38571099--38571158	31	1.9	31	90	6	95	31	16	21	30	1.96
38576230--38576278	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
38577099--38577265	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
38584232--38584280	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
38585096--38585262	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38590655--38590807	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
38593727--38593912	55	3.5	53	82	9	216	20	24	18	35	1.95
38593902--38594023	47	2.6	47	96	0	217	24	24	14	36	1.93
38594069--38594158	45	2.0	45	91	0	144	18	25	22	33	1.97
38594163--38594246	44	1.9	44	82	4	107	26	25	10	38	1.88
38596774--38596967	68	2.9	68	76	11	177	30	15	30	23	1.96
38599508--38599670	39	4.2	39	93	0	272	24	32	20	22	1.98
38607479--38607640	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
38607487--38607642	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
38611914--38611978	28	2.3	28	89	0	94	32	29	9	29	1.88
38612094--38612171	27	2.8	28	78	5	86	21	24	20	33	1.97
38619767--38619831	28	2.3	28	89	0	94	32	29	9	29	1.88
38619937--38620026	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
38619947--38620037	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
38619937--38620051	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
38630277--38630432	43	3.7	43	80	11	178	24	19	26	30	1.98
38632268--38632372	39	2.7	39	89	1	156	25	20	31	21	1.98
38639650--38639754	39	2.7	39	89	1	156	25	20	31	21	1.98
38650334--38650438	39	2.7	39	89	1	156	25	20	31	21	1.98
38657703--38657807	39	2.7	39	89	1	156	25	20	31	21	1.98
38664675--38664758	44	1.9	44	85	0	114	30	27	17	23	1.97
38667295--38667394	27	3.5	28	90	5	139	32	28	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38676390--38676728	27	12.6	27	84	3	396	29	22	8	39	1.84
38678056--38678112	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
38678054--38678116	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
38678171--38678359	24	8.0	24	88	4	269	29	24	21	24	1.99
38678171--38678338	47	3.6	46	91	3	264	29	24	20	25	1.99
38678552--38678615	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
38686583--38686639	28	2.0	28	96	0	105	29	33	29	7	1.84
38695375--38695588	40	5.3	40	86	1	257	26	22	27	23	2.00
38695371--38695602	81	2.9	81	83	1	270	26	22	28	22	1.99
38695531--38695614	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
38701113--38701223	48	2.3	48	81	9	120	31	18	25	25	1.97
38701249--38701355	42	2.5	42	92	0	178	29	11	22	36	1.89
38701249--38701411	42	3.9	42	87	3	177	26	12	26	33	1.93
38705083--38705206	23	5.4	24	74	15	82	23	19	18	38	1.93
38705082--38705211	68	1.9	69	82	4	165	24	19	17	38	1.93
38707638--38707685	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
38707729--38707787	20	3.0	20	87	0	91	33	11	22	32	1.90
38707838--38707980	24	6.0	24	90	4	200	29	22	21	26	1.99
38707838--38707966	47	2.7	47	91	3	195	30	21	21	26	1.99
38707838--38707981	71	2.0	72	87	4	211	29	22	21	26	1.99
38708172--38708235	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
38712551--38712710	43	3.7	43	72	11	130	25	18	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38719445--38719512	21	3.1	21	67	19	57	39	27	11	20	1.88
38722560--38722602	10	3.9	10	78	21	50	34	13	0	51	1.42
38722557--38722604	24	2.0	24	100	0	96	33	16	0	50	1.46
38722969--38723050	21	3.8	21	71	15	67	39	26	13	20	1.90
38722959--38723046	45	2.0	45	95	0	158	38	27	12	21	1.89
38725986--38726046	30	2.0	30	83	0	77	37	9	22	29	1.87
38728988--38729027	2	20.0	2	84	0	53	50	2	5	42	1.37
38729667--38729740	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
38737060--38737093	2	17.0	2	87	0	50	50	2	2	44	1.32
38737732--38737805	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
38745129--38745164	2	18.0	2	88	0	54	50	2	2	44	1.31
38745804--38745877	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
38753703--38753754	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
38753803--38753862	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
38757238--38757277	17	2.4	17	91	0	62	22	10	47	20	1.79
38757246--38757278	17	1.9	17	100	0	66	21	12	42	24	1.86
38760977--38761161	40	4.6	40	81	6	230	22	27	24	24	2.00
38769063--38769246	40	4.6	40	80	7	221	22	27	24	25	2.00
38778780--38778955	94	1.9	93	82	6	223	25	26	18	30	1.98
38778828--38778943	47	2.5	48	78	14	134	22	26	20	30	1.98
38784584--38784614	8	3.9	8	95	0	53	54	6	12	25	1.62
38786693--38786793	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38786722--38786793	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
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38794548--38794704	43	3.7	44	79	12	175	24	18	24	32	1.97
38794548--38794716	85	2.0	86	81	8	202	24	17	24	33	1.97
38796607--38796669	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
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38822995--38823094	42	2.3	43	82	1	130	29	19	21	31	1.97
38822995--38823112	43	2.8	42	79	8	123	26	20	23	29	1.99
38823625--38823669	23	1.9	24	86	4	65	15	2	28	53	1.54
38825480--38825539	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
38825579--38825629	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
38827260--38827389	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
38829460--38829577	27	4.4	27	89	2	166	27	19	16	36	1.94
38835369--38835428	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
38835473--38835524	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
38836193--38836317	27	4.7	27	82	5	146	28	17	17	36	1.93
38836173--38836292	53	2.2	53	83	1	141	27	20	16	35	1.94
38836193--38836317	54	2.3	53	86	1	178	28	17	17	36	1.93
38839347--38839480	56	2.4	56	94	0	232	26	14	23	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38839348--38839514	56	3.0	56	86	5	196	25	14	25	34	1.94
38843132--38843177	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
38848750--38848835	45	1.9	45	88	4	129	41	18	26	12	1.87
38850859--38850964	37	2.9	37	94	0	185	25	31	19	23	1.98
38851110--38851390	48	5.8	48	92	2	447	31	27	6	34	1.82
38851361--38851477	47	2.5	47	92	0	189	24	28	12	34	1.92
38853063--38853094	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
38857569--38857700	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
38865453--38865521	27	2.6	28	86	13	101	27	28	14	28	1.95
38873304--38873435	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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