genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  100  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24403364--24403479	55	2.1	54	87	4	171	42	21	17	18	1.89
24403364--24403479	27	4.3	27	86	4	153	42	21	17	18	1.89
24403364--24403509	27	5.4	28	81	9	117	39	21	17	21	1.92
24403647--24403696	26	1.9	26	91	0	82	16	18	26	40	1.90
24403648--24403705	26	2.2	26	84	0	71	18	15	25	39	1.91
24405050--24405100	20	2.5	20	96	0	93	52	15	25	5	1.65
24405434--24405464	16	1.9	16	93	0	53	9	6	16	67	1.39
24423308--24423389	42	1.9	43	80	7	96	36	26	20	15	1.93
24424664--24424721	30	1.9	30	86	6	82	22	39	25	12	1.89
24428788--24428866	28	2.8	29	75	21	69	2	39	0	58	1.12
24429126--24429160	6	5.8	6	86	0	52	14	2	0	82	0.77
24429132--24429181	26	1.9	26	91	4	75	14	6	0	80	0.90
24429126--24429213	14	6.8	12	71	21	61	12	7	2	77	1.08
24429125--24429186	20	3.2	19	80	8	72	12	8	0	79	0.94
24434713--24434922	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
24441036--24441166	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
24441053--24441203	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
24451839--24451940	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
24456689--24456912	40	5.6	40	84	5	283	27	26	21	24	1.99
24456689--24456913	81	2.8	80	85	5	303	27	27	21	24	1.99
24463108--24463229	43	2.9	42	76	4	129	31	22	18	27	1.97
24464453--24464500	24	2.0	23	84	11	62	47	14	20	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24464711--24464817	29	3.7	29	76	6	110	28	14	31	26	1.94
24470108--24470137	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
24479434--24479463	16	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
24489185--24489267	27	3.1	26	86	5	103	20	21	21	36	1.96
24490443--24490477	18	1.9	18	88	11	54	71	2	0	25	1.00
24491712--24491762	24	2.1	25	92	3	86	17	15	31	35	1.92
24501812--24501869	26	2.2	27	81	12	75	37	27	6	27	1.82
24501985--24502061	28	2.8	28	82	3	95	19	25	19	35	1.95
24510431--24510492	30	2.0	31	93	3	108	35	19	4	40	1.73
24510956--24511000	23	1.9	24	86	4	65	26	51	2	20	1.59
24513266--24513356	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
24513370--24513755	47	8.2	47	92	0	583	26	28	11	33	1.91
24513634--24513707	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
24533322--24533430	58	1.9	58	83	12	145	37	23	12	25	1.91
24533290--24533430	57	2.5	55	78	14	144	35	22	13	28	1.92
24544170--24544206	18	2.1	18	100	0	74	37	21	5	35	1.77
24544986--24545020	18	1.9	19	88	11	56	77	8	2	11	1.10
24547185--24547273	27	3.3	26	73	6	81	38	17	20	23	1.93
24551784--24551850	24	2.8	24	71	8	64	28	32	2	35	1.72
24554215--24554239	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24556191--24556360	43	4.0	43	73	8	123	34	25	12	27	1.93
24561663--24561718	27	2.1	27	100	0	112	39	12	17	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24562261--24562395	55	2.4	55	75	1	126	15	25	29	29	1.96
24565882--24566057	50	3.5	49	80	7	185	25	17	27	28	1.98
24570132--24570237	55	1.9	55	80	0	122	21	28	22	27	1.99
24583928--24584016	26	3.3	26	72	9	79	28	14	23	33	1.94
24583834--24584032	55	3.6	55	77	4	213	33	14	22	29	1.94
24583842--24584048	110	1.9	110	80	2	245	32	15	20	31	1.94
24586715--24586752	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
24589961--24590243	51	5.5	51	78	5	171	29	27	17	25	1.97
24595063--24595128	31	2.1	31	88	0	96	18	27	31	22	1.97
24600957--24601083	45	2.9	45	79	8	120	25	27	21	25	1.99
24601260--24601429	43	4.0	43	91	1	245	32	32	22	12	1.92
24601401--24601484	38	2.2	38	86	0	123	30	26	21	21	1.98
24603565--24603622	30	1.9	30	82	6	73	74	1	13	10	1.15
24603848--24603872	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
24604744--24604813	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
24611714--24611738	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
24612612--24612681	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
24620484--24620543	30	2.0	30	100	0	120	23	23	30	23	1.99
24637080--24637130	18	2.7	19	84	6	77	25	1	1	70	1.08
24637084--24637139	26	2.1	27	83	6	69	28	1	1	67	1.10
24641932--24642022	30	3.0	30	91	0	146	13	27	36	23	1.92
24641953--24642005	17	3.4	17	67	20	51	13	22	39	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24643833--24643863	14	2.2	14	94	0	53	74	0	0	25	0.82
24643837--24643866	11	2.6	11	94	5	51	73	0	0	26	0.84
24643978--24644016	18	2.1	19	90	4	62	71	0	0	28	0.86
24644389--24644445	30	1.9	30	88	0	87	14	38	31	15	1.87
24644222--24644638	199	2.1	199	94	0	717	18	31	24	24	1.98
24648628--24648692	3	21.7	3	96	0	121	32	0	1	66	1.01
24649272--24649331	26	2.3	26	76	18	63	31	5	6	56	1.47
24649355--24649397	18	2.4	18	84	0	59	30	11	2	55	1.48
24661923--24662121	43	4.6	43	72	6	136	37	21	19	22	1.95
24671596--24671665	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
24674649--24674689	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
24675351--24675393	18	2.4	18	84	0	59	30	11	2	55	1.48
24677862--24677922	30	2.0	30	83	0	77	18	27	32	21	1.96
24679349--24679456	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
24681243--24681666	137	3.1	137	97	0	785	25	18	24	32	1.97
24684822--24684920	50	2.0	50	89	0	153	47	16	5	31	1.68
24685764--24685811	14	3.4	15	78	18	50	60	4	10	25	1.47
24685770--24685812	14	3.0	15	83	6	54	53	4	11	30	1.57
24687451--24687489	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
24687774--24687824	25	2.0	25	88	0	75	62	15	5	15	1.50
24688721--24688785	32	2.0	32	100	0	130	46	6	15	32	1.70
24690894--24690982	38	2.3	38	86	3	117	30	16	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24692160--24692221	20	3.0	19	76	17	52	27	1	3	67	1.15
24698674--24698730	28	2.0	28	96	0	105	43	22	17	15	1.87
24703594--24703671	39	2.0	39	94	0	138	42	11	23	23	1.86
24706136--24706202	28	2.5	28	92	4	111	31	11	23	32	1.91
24707726--24708382	86	7.6	86	67	17	329	34	21	19	25	1.96
24707726--24708469	173	4.3	173	89	3	1032	33	20	19	25	1.97
24707764--24708440	174	3.9	175	90	1	1031	33	20	19	25	1.97
24709643--24709703	20	3.0	19	77	13	59	27	1	3	67	1.16
24710133--24710170	21	1.9	20	89	10	60	31	2	5	60	1.33
24710357--24710387	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
24723045--24723082	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
24723275--24723307	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
24724541--24724586	19	2.6	16	81	18	56	43	0	2	54	1.12
24730693--24730743	24	2.2	23	85	3	66	15	1	3	78	0.99
24731794--24731921	66	2.0	64	81	10	152	26	25	24	24	2.00
24732962--24733023	24	2.6	24	82	2	72	38	12	22	25	1.90
24740043--24740071	14	2.1	14	100	0	58	27	20	13	37	1.91
24745897--24745966	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
24756596--24756820	40	5.7	40	84	6	278	25	28	22	24	2.00
24761155--24761212	21	2.7	22	84	10	77	34	12	22	31	1.91
24761288--24761334	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
24765107--24765167	28	2.2	28	96	0	113	39	21	6	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24765416--24765496	23	3.3	24	81	6	83	33	17	20	28	1.95
24768609--24768706	51	1.9	51	95	0	178	26	12	21	39	1.88
24769700--24769818	47	2.5	47	82	2	141	22	15	26	35	1.94
24776436--24776475	21	1.9	21	84	0	53	15	35	25	25	1.94
24800921--24800982	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
24800965--24801062	27	3.7	26	89	5	126	27	7	19	45	1.76
24800965--24801076	27	4.2	27	85	6	113	28	7	21	42	1.79
24801055--24801292	54	4.4	54	94	0	377	39	8	23	28	1.84
24801055--24801292	27	8.8	27	90	0	341	39	8	23	28	1.84
24801298--24801387	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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