genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  208  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57900470--57900590	40	3.2	39	82	10	146	23	22	26	28	1.99
57908982--57909202	40	5.6	40	87	2	313	22	22	25	29	1.99
57913727--57913902	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
57913724--57913895	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	28	1.98
57916164--57916320	43	3.7	43	78	4	174	29	24	19	26	1.98
57916745--57916781	17	2.2	17	100	0	74	43	24	5	27	1.76
57919776--57919819	13	3.4	13	77	0	52	40	4	15	38	1.68
57919764--57919826	26	2.5	26	94	2	110	41	3	12	42	1.59
57927945--57927998	27	2.0	27	82	3	65	31	18	20	29	1.96
57927959--57928101	27	5.3	27	84	5	132	32	14	15	37	1.88
57927959--57928235	54	5.1	54	79	8	142	31	11	18	38	1.87
57927999--57928258	81	3.2	77	81	9	265	31	10	19	39	1.84
57928038--57928258	27	8.2	27	84	6	270	31	9	19	39	1.84
57930509--57930593	43	2.0	43	83	4	109	27	16	27	29	1.97
57937907--57938094	40	4.7	40	86	2	236	27	29	19	23	1.98
57937887--57938094	80	2.6	78	85	5	265	28	28	19	23	1.98
57940253--57940326	28	2.6	28	91	4	114	28	14	25	31	1.95
57948060--57948235	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
57948056--57948227	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
57951181--57951249	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
57951172--57951259	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
57954199--57954366	40	4.2	40	82	4	187	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57962305--57962472	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
57971033--57971199	40	4.2	40	79	5	162	23	26	23	26	2.00
57978634--57978887	40	6.4	40	94	0	429	27	29	21	22	1.99
57990238--57990465	40	5.7	40	92	1	341	26	29	21	22	1.99
57994356--57994468	43	2.6	44	76	4	115	30	24	17	27	1.97
57998224--57998248	13	1.9	13	100	0	50	28	32	16	24	1.96
58007689--58007714	13	2.0	13	100	0	52	0	38	23	38	1.55
58008939--58008964	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
58015191--58015343	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
58019715--58019815	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
58019738--58019831	31	3.1	31	96	1	172	23	22	14	39	1.91
58020023--58020141	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
58020023--58020141	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
58020192--58020251	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
58020294--58020341	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
58021570--58021911	27	12.8	27	86	4	401	40	7	22	28	1.82
58021863--58022138	27	10.3	27	83	3	224	31	8	21	38	1.83
58021972--58022138	53	3.1	54	90	3	232	31	7	20	40	1.79
58021907--58022138	80	2.9	80	83	5	256	30	8	21	39	1.83
58021989--58022155	27	6.3	26	84	3	156	31	7	20	40	1.79
58023345--58023517	27	6.4	27	79	6	181	29	14	19	36	1.91
58023345--58023517	54	3.2	54	82	1	213	29	14	19	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58026026--58026170	40	3.8	39	80	5	147	27	22	26	22	1.99
58026026--58026173	77	1.9	78	84	8	203	27	22	27	22	2.00
58029043--58029156	43	2.7	43	86	9	146	22	20	27	29	1.98
58031221--58031346	40	3.2	39	78	10	130	23	28	24	23	1.99
58031237--58031346	39	2.8	39	84	5	132	21	29	25	23	1.99
58031237--58031385	79	1.9	79	83	8	196	22	26	24	26	2.00
58038407--58038536	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
58038423--58038574	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
58038423--58038572	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
58040565--58040705	70	2.1	67	85	6	185	19	26	22	31	1.98
58040673--58040732	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
58052074--58052240	40	4.2	40	76	6	151	26	21	27	23	1.99
58056317--58056461	27	5.4	27	73	6	123	29	17	16	36	1.92
58056317--58056462	54	2.7	54	76	6	152	29	17	17	36	1.92
58056315--58056509	81	2.4	81	80	6	198	29	17	17	34	1.94
58061276--58061312	20	2.0	20	84	10	51	13	45	0	40	1.43
58061633--58061700	30	2.3	30	92	0	109	27	35	22	14	1.93
58063154--58063215	25	2.5	25	100	0	124	33	19	16	30	1.94
58066655--58066695	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
58067905--58067934	15	1.9	16	93	6	53	20	20	3	56	1.56
58070750--58070906	39	4.0	39	85	0	215	25	19	30	24	1.98
58082948--58083166	40	5.6	40	85	6	272	26	27	23	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58082948--58083166	79	2.8	79	86	4	293	26	27	23	22	2.00
58083711--58083746	17	2.1	17	100	0	72	50	11	0	38	1.38
58089370--58089502	66	2.0	66	100	0	266	50	15	12	22	1.76
58089776--58089950	46	3.8	46	77	10	194	28	29	21	21	1.99
58089783--58089955	93	1.9	93	91	0	283	27	29	21	21	1.99
58094298--58094516	40	5.6	40	86	6	281	26	28	23	21	1.99
58101522--58101584	27	2.3	27	83	0	81	36	14	19	30	1.91
58102200--58102262	25	2.5	25	89	0	90	19	20	14	46	1.84
58106909--58107031	55	2.2	55	92	0	201	24	26	23	26	2.00
58122479--58122535	30	1.9	30	85	0	78	29	22	8	38	1.85
58126831--58126945	27	4.3	26	85	5	149	18	24	21	35	1.95
58127435--58127467	16	2.1	16	100	0	66	36	6	18	39	1.75
58130036--58130105	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
58130036--58130117	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
58134340--58134507	40	4.2	39	76	15	148	23	20	27	27	1.99
58141036--58141105	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
58141036--58141117	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
58147733--58147822	40	2.2	40	84	7	121	26	28	22	22	1.99
58150635--58150724	39	2.3	39	86	3	119	31	20	24	24	1.98
58150717--58151078	39	9.3	39	92	0	571	19	21	28	30	1.98
58153525--58153626	42	2.4	42	91	3	161	21	21	26	30	1.98
58170029--58170138	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58178078--58178187	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
58184422--58184510	40	2.2	40	88	2	126	37	19	23	20	1.94
58185846--58185920	37	2.0	37	92	0	123	33	18	22	25	1.97
58188027--58188125	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
58195710--58195808	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
58201954--58202184	50	4.7	49	80	6	250	30	25	17	25	1.97
58201954--58202184	99	2.3	99	85	3	313	30	25	17	25	1.97
58210806--58210832	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
58216297--58216466	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
58223645--58223803	43	3.7	42	78	7	144	28	18	23	29	1.98
58223648--58223785	44	3.2	43	81	9	140	29	18	22	28	1.98
58226865--58226934	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
58226865--58226946	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58230819--58230888	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
58230819--58230900	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58238888--58238957	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
58238888--58238969	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58250993--58251031	21	1.9	20	84	5	51	20	28	35	15	1.93
58253799--58253889	29	3.2	29	80	7	105	29	13	27	29	1.94
58255158--58255372	46	4.6	47	76	9	170	24	26	20	29	1.99
58255159--58255329	94	1.8	94	89	0	270	24	25	19	29	1.99
58255158--58255372	94	2.3	93	82	6	256	24	26	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58261148--58261355	40	5.2	39	82	1	209	25	26	22	25	2.00
58261148--58261353	80	2.6	81	83	3	238	25	26	22	25	2.00
58264808--58264937	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
58272857--58273064	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
58272857--58273062	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
58279726--58279855	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
58287760--58287889	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
58289471--58289555	39	2.2	39	82	2	98	28	23	27	21	1.99
58289432--58289561	40	3.3	39	78	3	127	26	22	27	23	2.00
58292182--58292316	49	2.8	47	82	7	155	22	27	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444