genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128407--2128446	12	3.4	12	82	3	55	37	0	2	60	1.11
2128508--2128538	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
2128737--2128819	10	7.4	12	69	22	56	36	6	1	56	1.32
2141580--2141644	33	2.0	33	87	6	96	36	6	35	21	1.79
2145824--2146342	189	2.7	189	91	0	833	31	19	19	30	1.96
2159445--2159501	27	2.2	26	81	9	62	43	10	7	38	1.66
2162483--2162678	43	4.5	43	84	0	257	25	20	31	23	1.98
2162654--2162701	23	2.1	23	88	0	69	16	25	41	16	1.89
2162611--2162734	66	1.9	66	93	0	212	20	20	35	23	1.96
2162678--2162811	43	3.1	43	89	2	189	23	19	33	23	1.97
2162568--2162787	109	2.0	109	86	0	305	23	20	32	22	1.98
2162525--2162814	152	1.9	152	88	1	438	23	20	32	23	1.98
2162886--2162966	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
2168300--2168474	46	3.8	46	80	10	212	28	29	21	21	1.98
2168307--2168478	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
2171660--2171885	9	24.6	9	74	9	134	38	1	13	46	1.51
2171660--2171916	71	3.8	69	77	9	242	38	1	12	47	1.52
2171660--2171885	18	12.3	18	75	9	152	38	1	13	46	1.51
2171713--2171885	27	6.2	27	76	10	150	38	1	13	45	1.54
2171636--2171857	114	1.9	114	86	3	313	38	0	13	47	1.49
2171989--2172018	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
2173655--2173694	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175744--2176018	134	2.1	134	93	1	471	50	18	10	20	1.75
2179965--2180224	41	6.4	41	88	1	326	18	22	24	34	1.96
2187441--2187500	31	1.9	31	100	0	120	43	10	16	30	1.81
2189807--2189832	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2191619--2191643	12	2.1	12	100	0	50	28	40	16	16	1.89
2191971--2192050	39	2.1	39	92	0	133	17	30	21	31	1.96
2195782--2195816	16	2.2	16	90	5	54	45	0	0	54	0.99
2197583--2197607	8	3.1	8	100	0	50	24	52	12	12	1.72
2207086--2207275	72	2.6	71	84	4	245	25	15	22	36	1.93
2207175--2207521	116	2.8	123	78	10	388	25	15	22	36	1.94
2206978--2207983	315	3.2	315	96	0	1843	26	15	22	36	1.93
2207401--2207590	72	2.6	71	84	4	245	26	15	22	35	1.94
2207490--2207836	116	2.8	123	79	11	381	26	15	22	35	1.94
2207716--2207904	72	2.6	71	84	6	229	26	14	22	36	1.93
2207855--2207963	53	2.0	54	85	5	150	25	16	19	38	1.92
2207617--2207989	198	1.9	188	82	8	464	26	16	22	35	1.94
2208081--2208200	55	2.2	55	96	1	224	28	15	18	38	1.91
2208868--2208938	32	2.2	33	80	7	94	66	26	4	2	1.24
2208940--2208964	8	3.1	8	100	0	50	24	52	12	12	1.72
2209471--2209529	2	30.5	2	80	13	61	45	5	0	49	1.24
2210702--2210736	5	7.0	5	100	0	70	20	0	0	80	0.72
2221599--2221631	15	2.2	15	100	0	66	42	30	27	0	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238149--2238226	39	2.0	39	82	2	93	32	12	19	35	1.89
2239350--2239459	26	4.2	26	97	0	193	32	5	25	36	1.79
2244826--2244876	24	2.3	22	83	10	59	49	1	13	35	1.54
2244871--2244922	16	3.4	16	76	10	63	57	3	3	34	1.35
2245433--2245530	3	32.0	3	77	10	92	60	2	4	33	1.27
2245782--2245845	31	2.1	31	100	0	128	34	15	29	20	1.94
2248938--2248991	26	2.1	26	96	0	99	51	14	14	18	1.76
2253827--2253876	22	2.3	22	75	0	55	42	4	22	32	1.72
2253928--2254045	38	2.9	43	78	12	165	47	11	9	32	1.71
2254969--2255014	19	2.4	18	86	13	58	45	8	39	6	1.61
2255102--2255241	62	2.3	62	83	7	185	43	3	33	19	1.68
2255366--2255659	115	2.6	115	85	2	383	35	15	17	30	1.92
2255366--2255705	115	3.0	113	81	5	353	34	15	18	31	1.93
2255874--2255927	7	7.6	7	85	4	54	22	0	29	48	1.51
2255867--2255935	21	3.2	21	83	4	84	21	0	30	47	1.51
2255896--2255988	14	6.7	14	71	14	59	18	0	36	45	1.50
2256629--2256708	7	11.3	7	77	7	63	43	32	0	23	1.54
2256656--2256740	15	5.9	15	79	10	61	38	38	0	22	1.54
2256649--2256740	7	12.9	7	75	13	71	39	38	0	22	1.55
2256629--2256740	14	7.9	14	75	12	68	42	34	0	22	1.54
2256653--2256726	28	2.6	28	89	2	112	35	41	0	22	1.54
2258960--2258986	6	4.5	6	100	0	54	85	14	0	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272095--2272155	19	3.2	18	75	11	59	62	3	14	19	1.46
2275093--2275250	81	2.0	81	91	5	257	27	23	11	37	1.89
2278390--2278468	40	2.0	39	85	5	104	54	0	12	32	1.38
2278406--2278464	21	2.9	19	70	20	57	54	0	11	33	1.37
2279448--2279480	15	2.2	15	100	0	66	39	15	15	30	1.88
2280094--2280170	40	1.9	40	86	0	109	51	25	7	14	1.68
2283133--2283168	18	2.0	18	94	0	63	25	5	2	66	1.27
2284147--2284177	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2289043--2289083	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
2289046--2289085	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
2289110--2289188	9	8.8	9	81	5	88	26	8	20	44	1.80
2289110--2289188	18	4.4	18	83	0	104	26	8	20	44	1.80
2289103--2289189	27	3.2	27	76	11	106	26	9	18	45	1.79
2294301--2294330	14	2.1	14	100	0	60	23	30	20	26	1.98
2298178--2298236	23	2.6	23	97	0	109	18	33	0	47	1.49
2300722--2300893	64	2.8	60	90	5	245	16	16	13	52	1.75
2304841--2304957	59	2.0	58	88	1	171	32	11	26	29	1.91
2305197--2305238	22	1.9	22	85	9	59	35	7	7	50	1.57
2308874--2308974	49	2.0	50	86	5	143	37	8	6	46	1.62
2312819--2312858	16	2.4	17	83	12	55	47	0	0	52	1.00
2317718--2317883	35	4.6	35	82	8	190	31	10	24	33	1.90
2317718--2317888	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319085--2319140	31	1.9	29	86	13	80	32	0	21	46	1.52
2319271--2319516	126	2.0	126	87	1	359	36	17	15	29	1.91
2325355--2325384	13	2.3	13	94	0	51	43	10	0	46	1.37
2326689--2326745	18	3.1	18	76	5	60	45	3	0	50	1.18
2328870--2329108	3	80.3	3	67	14	75	56	2	8	31	1.45
2328825--2328885	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
2329002--2329083	36	2.2	38	82	8	107	53	1	10	34	1.44
2329108--2329139	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
2329243--2329285	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
2329380--2329415	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2329509--2329543	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2330019--2330074	24	2.3	24	87	3	76	50	19	5	25	1.69
2330661--2331857	205	5.8	205	95	0	1965	29	22	18	29	1.97
2336660--2336684	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2341159--2341396	3	80.3	3	67	14	75	57	2	8	31	1.43
2341114--2341174	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
2341267--2341300	17	2.0	17	100	0	68	70	0	0	29	0.87
2341290--2341371	36	2.2	38	82	8	107	53	1	10	34	1.44
2341396--2341427	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
2341531--2341573	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
2341670--2341705	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2341799--2341827	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342299--2342362	24	2.7	24	85	7	78	45	20	4	29	1.71
2354639--2354670	14	2.4	14	94	5	57	46	6	6	40	1.54
2360152--2360207	26	2.2	25	81	12	62	58	10	10	19	1.60
2360107--2360267	87	1.9	86	81	6	200	50	11	13	23	1.74
2367249--2367614	122	3.0	121	77	4	376	37	19	15	27	1.92
2369568--2369640	38	1.9	37	86	2	101	50	13	0	35	1.42
2370731--2370771	21	2.0	21	85	9	57	48	4	0	46	1.23
2372402--2372557	78	2.0	78	96	0	285	30	8	8	51	1.64
2372904--2372942	2	19.5	2	94	0	60	53	0	0	46	1.00
2382704--2382825	60	2.0	60	82	6	149	40	17	4	37	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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