genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.376.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  376  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109291499--109291651	20	7.7	19	74	19	118	59	1	5	33	1.28
109293194--109293276	43	1.9	43	82	2	103	26	28	16	27	1.97
109296215--109296786	48	11.9	48	93	0	937	34	7	28	29	1.84
109296831--109296943	37	3.1	37	93	0	190	22	19	31	26	1.97
109300908--109301480	48	12.0	48	93	1	927	35	6	28	29	1.83
109301525--109301632	37	2.9	37	85	0	153	24	21	31	23	1.98
109302411--109303030	205	3.0	205	92	0	1017	27	22	19	30	1.98
109305613--109305745	20	6.9	18	71	22	78	60	1	4	33	1.26
109305613--109305711	11	8.4	12	68	17	57	62	1	4	32	1.20
109305691--109305755	20	3.2	19	71	23	53	55	1	4	38	1.30
109308215--109308262	3	16.0	3	82	0	60	33	35	6	25	1.81
109312004--109312061	30	1.9	30	92	0	98	37	20	8	32	1.83
109313625--109313791	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
109313625--109313791	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
109314617--109314662	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
109321642--109321808	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
109321642--109321808	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
109326125--109326170	22	2.1	22	84	4	58	23	0	28	47	1.52
109328013--109328105	43	2.2	42	82	5	107	29	17	24	29	1.97
109333553--109333841	46	6.5	45	87	10	380	38	15	24	21	1.92
109333502--109333807	84	3.5	84	91	5	454	36	16	24	22	1.94
109333517--109333841	130	2.5	133	86	8	431	38	15	24	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109351148--109351209	31	2.0	31	96	0	115	33	22	22	20	1.97
109355452--109355649	43	4.6	43	93	0	324	12	24	32	30	1.92
109355979--109356086	45	2.5	42	83	8	119	24	24	25	25	2.00
109372462--109372522	32	1.9	32	86	6	88	26	13	13	47	1.79
109375093--109375146	20	2.5	22	88	5	76	14	37	33	14	1.88
109376582--109376622	22	2.0	20	85	9	55	51	14	0	34	1.43
109385733--109385761	13	2.1	14	93	6	51	72	0	13	13	1.13
109398824--109398875	25	2.1	25	100	0	104	44	3	28	23	1.71
109404150--109404174	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
109421825--109421853	6	4.8	6	100	0	58	34	13	51	0	1.42
109423059--109423165	53	2.0	53	100	0	214	26	27	26	20	1.99
109424734--109424774	21	2.0	21	95	0	73	31	19	29	19	1.96
109426684--109426730	24	2.0	24	86	0	67	46	6	21	25	1.74
109427925--109427959	1	35.0	1	100	0	70	0	100	0	0	0.00
109428186--109428221	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
109429794--109429851	28	2.1	28	100	0	116	31	6	25	36	1.83
109437517--109437556	20	2.1	18	86	9	53	47	0	7	45	1.31
109437555--109437588	8	4.5	8	85	14	54	23	0	0	76	0.79
109437557--109437596	14	2.8	14	92	3	62	22	0	0	77	0.77
109437555--109437597	22	2.0	22	86	9	61	25	0	0	74	0.82
109437983--109438029	13	4.0	13	76	21	50	55	0	29	14	1.40
109439414--109439671	46	6.0	45	76	14	204	41	12	23	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109439446--109439603	76	2.1	76	85	0	208	41	12	24	22	1.88
109453669--109453736	5	13.6	5	84	6	93	41	17	2	38	1.65
109453669--109453744	15	5.1	15	86	0	80	39	17	3	39	1.68
109455541--109455573	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
109461459--109461488	14	2.1	14	100	0	60	20	6	13	60	1.55
109467057--109467312	53	4.8	53	81	8	256	36	17	25	21	1.94
109467064--109467265	108	1.8	111	89	5	322	34	17	25	22	1.96
109467381--109467425	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
109467502--109467532	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
109469352--109469401	24	2.0	25	88	11	77	78	18	4	0	0.91
109469354--109469402	5	10.0	5	86	8	66	79	18	2	0	0.83
109470787--109470848	25	2.5	24	80	19	58	32	3	3	61	1.28
109470857--109470913	10	5.5	10	74	14	53	28	3	1	66	1.18
109470977--109471011	14	2.4	15	90	4	54	34	0	2	62	1.10
109470965--109471039	23	3.3	24	80	10	77	30	1	4	64	1.20
109470973--109471034	18	3.5	17	72	16	54	33	0	4	61	1.17
109470989--109471035	22	2.1	22	84	7	60	29	0	4	65	1.11
109483108--109483779	206	3.3	206	93	0	1130	31	18	21	28	1.97
109485348--109485541	46	4.2	46	79	1	219	34	15	24	25	1.95
109485934--109486218	143	2.0	143	80	2	322	30	19	22	28	1.98
109486129--109486602	179	2.6	179	85	3	652	32	20	17	29	1.95
109486720--109486926	44	4.5	44	71	15	148	28	21	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109486595--109487066	143	3.3	142	84	1	559	29	18	23	28	1.98
109488818--109488850	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
109496128--109496176	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
109496397--109496462	30	2.2	30	88	0	105	27	50	4	18	1.66
109496406--109496460	18	3.4	18	67	27	59	25	47	5	21	1.72
109497018--109497088	25	2.9	25	74	12	67	39	4	1	54	1.28
109497099--109497185	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
109497142--109497200	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
109497313--109497353	16	2.7	15	85	10	57	29	2	2	65	1.18
109505383--109505427	23	2.0	23	95	0	81	35	4	37	22	1.74
109507889--109508336	75	6.0	74	85	5	510	30	17	19	32	1.95
109508316--109508360	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
109508255--109508532	99	2.8	101	89	3	404	23	18	19	38	1.93
109508548--109508845	77	4.0	75	81	7	311	30	17	20	31	1.95
109508964--109509101	71	1.9	71	94	0	240	33	17	18	30	1.94
109508858--109509413	155	3.6	154	80	11	532	28	16	19	35	1.94
109509106--109509492	77	5.2	75	84	5	468	27	16	21	34	1.95
109509422--109509736	87	3.6	85	81	7	323	30	16	19	34	1.93
109510372--109510439	30	2.3	30	97	2	129	27	51	5	14	1.65
109510933--109511071	2	74.0	2	68	17	57	39	4	2	53	1.36
109510943--109511071	58	2.3	56	82	5	143	38	4	3	53	1.37
109511001--109511110	56	2.0	53	84	8	139	36	4	2	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109511085--109511148	24	2.8	23	83	6	85	32	4	6	56	1.45
109511128--109511186	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
109511312--109511346	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
109514312--109514336	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
109515400--109515439	20	1.9	22	85	10	57	30	5	10	55	1.54
109519376--109519415	21	1.9	21	94	0	71	22	12	10	55	1.67
109524043--109524074	5	6.8	5	86	13	50	37	0	0	62	0.95
109524171--109524196	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
109527653--109527979	48	6.8	48	84	3	347	25	29	16	29	1.97
109535232--109535576	48	7.2	48	86	2	426	25	27	17	29	1.97
109537647--109537682	18	2.0	18	100	0	72	38	22	11	27	1.88
109540059--109540136	41	1.9	41	81	0	93	35	17	16	29	1.93
109540627--109540681	21	2.7	20	82	5	65	27	0	21	50	1.49
109540628--109540711	35	2.4	35	84	7	100	27	0	21	51	1.48
109540918--109540963	14	3.2	14	81	6	56	19	0	30	50	1.48
109541245--109541606	164	2.2	164	85	1	483	34	17	23	24	1.96
109542584--109542655	34	2.1	34	81	0	81	33	13	8	44	1.74
109544935--109545195	9	29.0	9	80	5	251	44	22	0	32	1.56
109546792--109546877	44	2.0	44	83	4	111	31	23	22	23	1.98
109553343--109553371	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
109553744--109553789	21	2.2	21	92	0	74	41	17	39	2	1.62
109555771--109555877	33	3.3	32	78	10	119	34	22	12	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109555782--109555884	33	3.2	33	80	6	129	33	24	10	31	1.89
109560954--109560987	13	2.6	13	95	0	59	41	8	29	20	1.82
109561054--109561117	26	2.4	26	78	5	65	32	23	12	31	1.92
109561222--109561362	27	5.2	27	78	11	146	16	21	25	36	1.94
109561222--109561362	54	2.6	53	89	2	201	16	21	25	36	1.94
109571086--109571142	28	2.0	28	100	0	114	29	24	7	38	1.82
109571257--109571306	21	2.4	21	89	0	82	32	8	6	54	1.54
109572525--109572610	18	4.8	18	91	0	127	40	27	9	22	1.84
109572525--109572610	27	3.2	27	88	0	127	40	27	9	22	1.84
109572525--109572601	9	8.6	9	94	0	118	38	28	10	22	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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