genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  218  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61228471--61228558	40	2.2	41	85	4	124	48	12	9	29	1.71
61231420--61231476	24	2.4	24	82	8	71	5	21	0	73	1.02
61234098--61234207	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
61234098--61234246	40	3.8	39	79	7	124	26	22	26	24	2.00
61241069--61241120	24	2.1	25	96	3	97	53	3	13	28	1.57
61241721--61241794	24	3.2	24	71	23	77	31	13	13	41	1.83
61241732--61241802	24	3.1	24	76	19	87	29	14	14	42	1.84
61249748--61249820	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
61257671--61257743	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
61270066--61270120	28	2.0	28	100	0	110	47	21	10	20	1.80
61274331--61274399	28	2.5	28	85	2	104	43	24	10	21	1.83
61276701--61276788	40	2.2	41	85	4	124	51	10	9	29	1.67
61280957--61281020	22	2.9	22	79	9	76	34	21	21	21	1.97
61282369--61282437	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
61284065--61284102	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
61290373--61290441	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
61292711--61292842	29	4.6	29	80	3	126	25	17	31	25	1.97
61296019--61296113	39	2.4	39	87	3	129	25	26	24	24	2.00
61296044--61296126	39	2.1	39	93	0	139	28	24	18	28	1.98
61298416--61298538	41	3.0	41	90	0	192	26	28	21	22	1.99
61298796--61298832	18	2.1	18	89	0	56	35	16	16	32	1.91
61298825--61299140	54	5.8	54	80	4	287	29	8	20	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61298825--61299139	81	3.9	81	75	8	264	29	8	20	41	1.82
61298851--61299140	27	10.7	27	82	6	239	30	9	20	40	1.84
61298810--61299164	27	13.1	27	78	5	180	30	9	19	40	1.83
61299262--61299292	8	3.8	8	95	4	53	9	35	38	16	1.81
61303307--61303356	18	2.8	18	78	9	66	38	18	22	22	1.94
61303749--61303868	27	4.4	27	80	6	118	22	21	17	38	1.93
61303825--61303879	27	2.0	27	86	6	76	23	18	18	40	1.91
61303859--61304007	27	5.5	27	81	0	181	36	16	14	32	1.89
61303862--61304037	27	6.4	27	77	6	156	38	15	13	32	1.86
61303979--61304038	30	2.0	30	90	0	93	43	16	11	28	1.83
61305472--61305509	11	3.4	11	96	3	67	26	44	7	21	1.79
61309122--61309224	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
61314394--61314585	40	4.8	40	82	6	212	23	23	28	24	2.00
61314394--61314585	79	2.4	81	82	6	223	23	23	28	24	2.00
61314446--61314611	79	2.1	79	79	4	183	25	22	27	24	2.00
61316868--61317043	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
61316865--61317036	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
61323978--61324153	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
61323975--61324146	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
61331867--61332057	40	4.8	39	78	7	181	25	22	28	23	1.99
61338495--61338658	71	2.3	71	98	0	319	19	28	17	35	1.94
61340722--61340824	29	3.6	29	89	2	145	25	32	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61342766--61342841	23	3.4	22	78	14	75	31	18	23	26	1.97
61347190--61347251	24	2.5	24	82	7	72	20	19	19	40	1.92
61349335--61349482	77	1.9	79	84	5	203	23	25	22	27	2.00
61349303--61349482	40	4.6	40	82	7	172	23	26	22	27	2.00
61357268--61357487	39	5.6	40	90	4	342	26	28	20	24	1.99
61357284--61357600	118	2.7	116	82	6	302	28	28	19	23	1.98
61357272--61357603	40	8.5	39	82	8	237	27	28	20	23	1.99
61359575--61359935	49	7.4	49	94	0	569	30	29	8	31	1.87
61365714--61365881	40	4.2	40	84	5	189	26	27	22	23	1.99
61365714--61365881	80	2.1	80	85	4	223	26	27	22	23	1.99
61379253--61379331	27	3.2	27	60	29	66	29	31	15	24	1.95
61379230--61379349	47	2.6	47	100	0	240	30	31	15	22	1.95
61382674--61382837	27	6.1	27	77	8	129	37	21	8	32	1.84
61382662--61382821	54	3.0	52	80	6	169	39	21	8	30	1.83
61382799--61382971	27	6.4	27	89	0	256	29	22	6	41	1.80
61382745--61382929	81	2.3	81	79	3	185	33	21	7	37	1.82
61382963--61383045	27	3.1	26	71	13	69	38	25	10	25	1.88
61382984--61383385	27	15.0	27	83	2	488	34	19	19	25	1.96
61383626--61383677	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
61383607--61383827	67	3.3	67	98	0	424	17	28	22	31	1.97
61383930--61384107	6	28.8	6	75	16	159	17	19	15	47	1.82
61383933--61383997	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61383931--61384096	62	2.7	62	97	0	305	16	19	16	47	1.83
61383995--61384059	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
61383931--61384112	37	4.5	37	72	21	143	17	18	15	47	1.82
61386067--61386218	27	5.7	26	73	14	96	38	21	9	30	1.85
61386088--61386250	27	6.1	27	76	9	129	36	21	9	32	1.85
61386089--61386230	53	2.7	53	78	9	153	39	20	9	30	1.85
61386212--61386384	27	6.4	27	91	0	265	30	23	6	39	1.79
61386389--61386771	27	14.3	27	81	3	414	35	19	18	26	1.95
61386385--61386743	134	2.7	134	83	4	413	35	19	18	26	1.95
61386962--61387013	27	2.0	26	84	3	68	17	23	23	36	1.95
61386957--61387096	67	2.1	67	94	0	244	19	26	22	32	1.97
61387199--61387380	6	29.8	6	74	15	160	17	19	15	47	1.82
61387200--61387389	61	3.1	61	91	4	287	17	18	15	47	1.82
61387200--61387375	37	4.5	37	75	14	156	17	19	15	47	1.82
61393024--61393196	46	3.7	46	72	13	156	31	27	18	22	1.97
61400924--61400957	18	1.9	17	88	5	50	50	11	5	32	1.63
61408389--61408484	41	2.4	40	89	3	147	37	21	22	17	1.94
61408400--61408487	41	2.1	41	95	0	158	37	23	21	17	1.94
61408649--61408682	14	2.4	15	85	14	54	32	0	23	44	1.54
61409543--61409574	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
61409901--61410313	199	2.1	199	95	0	754	33	17	20	28	1.95
61412555--61412804	134	1.9	133	94	0	437	20	9	18	52	1.73
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61442227--61442397	93	1.8	93	89	0	270	28	27	21	23	1.99
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61458187--61458455	141	1.9	145	81	6	334	27	28	19	25	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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