genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18881301--18881353	21	2.5	21	82	11	56	18	47	1	32	1.60
18882565--18882678	51	2.2	51	93	0	192	28	22	14	34	1.93
18886314--18886379	18	3.8	18	67	15	57	27	3	16	53	1.58
18887329--18887356	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
18887910--18888042	60	2.2	60	90	0	203	28	12	12	46	1.78
18888309--18888342	10	3.4	10	83	0	50	85	0	11	2	0.71
18894243--18894306	31	2.1	31	88	8	96	26	4	10	57	1.52
18899198--18899258	30	2.0	30	93	0	104	44	11	16	27	1.82
18906610--18906749	21	6.8	21	83	2	122	17	20	15	46	1.84
18906610--18906722	42	2.7	42	87	0	145	17	19	15	47	1.82
18906622--18906741	63	1.9	61	83	3	150	18	20	15	45	1.85
18906611--18906750	63	2.2	64	77	8	146	17	20	15	46	1.84
18906759--18906824	21	3.2	20	71	12	62	18	19	13	48	1.81
18909128--18909312	50	3.7	51	76	11	184	33	8	16	41	1.78
18909128--18909316	100	1.9	100	83	4	247	33	8	16	40	1.80
18913419--18913547	50	2.5	51	87	5	190	36	16	21	25	1.94
18913523--18913702	31	5.8	31	90	2	272	27	19	27	26	1.99
18913728--18913892	47	3.7	46	80	11	171	29	15	24	30	1.95
18913821--18913932	42	2.7	43	85	4	147	30	14	25	29	1.95
18914648--18914718	37	1.9	37	91	0	115	61	2	7	28	1.36
18914573--18914721	3	49.3	3	76	7	115	63	3	6	26	1.35
18918386--18918427	15	2.8	15	82	7	50	40	4	19	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18918644--18918678	17	2.0	18	88	5	54	31	0	2	65	1.07
18918716--18918753	18	2.1	18	90	0	58	26	13	21	39	1.89
18918771--18918835	28	2.3	28	81	5	78	36	13	20	29	1.91
18918991--18919032	15	2.8	15	82	10	50	52	2	0	45	1.13
18928351--18928397	23	2.0	23	84	8	60	36	2	0	61	1.08
18929006--18929051	18	2.7	18	86	6	60	84	0	6	8	0.77
18930228--18930284	19	3.0	19	97	0	105	31	22	10	35	1.88
18945995--18946166	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
18945988--18946163	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
18953575--18953746	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
18953568--18953743	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
18955742--18955775	14	2.4	14	90	9	52	44	23	0	32	1.54
18955942--18956183	41	5.9	41	91	0	376	19	25	21	33	1.97
18955937--18956237	82	3.7	82	86	3	389	18	23	21	35	1.96
18955942--18956175	123	1.9	123	94	0	414	18	25	22	33	1.97
18957355--18957381	9	3.0	9	100	0	54	22	22	33	22	1.97
18963383--18963461	19	4.2	19	88	9	117	34	16	11	37	1.85
18963405--18963461	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
18963798--18964008	89	2.4	87	75	10	221	27	21	19	31	1.97
18963814--18964975	220	5.3	220	94	0	1918	27	21	18	32	1.97
18964254--18964448	89	2.2	89	80	11	222	29	23	17	28	1.97
18964482--18964642	89	1.8	89	86	5	238	27	22	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18964978--18965134	44	3.7	44	80	9	155	24	21	21	32	1.98
18966085--18966147	30	2.0	31	87	6	92	4	14	0	80	0.86
18966091--18966148	13	4.8	12	80	16	59	3	13	0	82	0.79
18966085--18966146	22	2.8	23	82	4	83	4	14	0	80	0.87
18968602--18968641	2	21.0	2	85	10	57	0	45	0	55	0.99
18970075--18970107	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
18970894--18971007	28	3.9	27	72	19	79	25	26	21	27	1.99
18970871--18971015	61	2.3	61	86	8	188	26	26	20	26	1.99
18971036--18971091	20	2.8	20	78	2	60	33	21	16	28	1.95
18971691--18971722	8	4.0	8	91	0	55	0	21	25	53	1.46
18971692--18971722	16	1.9	16	100	0	62	0	19	25	54	1.44
18975466--18975526	19	3.0	21	85	9	63	37	18	9	34	1.83
18975478--18975539	19	3.2	19	95	4	106	35	17	9	37	1.83
18986715--18986778	28	2.3	28	80	0	83	37	7	23	31	1.83
18987188--18987228	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
19000480--19000537	30	1.9	30	82	6	73	15	31	22	31	1.95
19002925--19003310	27	14.3	27	78	5	174	38	19	7	34	1.80
19003047--19003366	54	5.9	55	76	6	224	40	19	8	31	1.82
19003061--19003293	81	2.9	80	90	1	351	42	19	8	30	1.80
19003332--19003383	27	1.9	27	88	7	79	38	9	13	38	1.77
19003437--19003528	27	3.4	27	85	8	125	34	20	25	19	1.96
19004328--19004499	26	6.7	26	87	0	240	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19004328--19004497	52	3.3	52	95	1	299	27	21	22	28	1.99
19004647--19004734	42	2.1	42	89	0	131	31	13	18	36	1.90
19004762--19004838	31	2.5	31	89	0	118	28	20	23	27	1.99
19010819--19011191	125	3.0	125	90	1	595	43	19	9	27	1.82
19014237--19014308	25	2.8	25	87	10	101	38	11	19	30	1.86
19017931--19018006	27	2.8	27	85	0	98	28	18	17	35	1.93
19017975--19018301	27	12.1	27	85	2	372	32	10	18	38	1.85
19018433--19018595	85	1.9	85	97	0	308	28	31	11	28	1.91
19018715--19018834	28	4.3	28	88	4	170	29	35	15	20	1.93
19021122--19021181	27	2.3	26	82	8	68	31	26	16	25	1.96
19021704--19021783	27	3.0	27	83	0	88	32	15	17	35	1.91
19021762--19022063	27	11.2	27	87	3	421	32	8	20	38	1.83
19021737--19022075	81	4.2	80	87	2	446	31	9	20	38	1.84
19022392--19022455	28	2.3	28	88	0	92	28	37	18	15	1.92
19022883--19022957	28	2.7	28	85	0	96	22	13	33	30	1.92
19023892--19023929	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
19025727--19025773	21	2.2	21	92	0	76	14	23	42	19	1.88
19026449--19026490	22	1.9	22	90	0	66	76	7	16	0	1.00
19034382--19034420	20	2.0	20	90	10	62	28	10	10	51	1.68
19047766--19047842	9	8.6	9	81	5	93	44	18	9	28	1.80
19047921--19047958	18	2.1	18	90	0	58	10	2	44	42	1.52
19049244--19049268	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19052183--19052249	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
19052300--19052418	23	5.1	23	93	2	202	26	21	22	30	1.99
19052633--19052696	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
19054735--19054759	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
19062918--19062969	13	4.0	13	89	0	77	17	30	28	23	1.97
19063909--19063987	31	2.5	31	97	0	149	24	26	20	29	1.99
19064011--19064102	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
19064248--19064344	25	3.8	26	94	1	162	26	23	23	25	2.00
19064235--19064345	51	2.2	49	89	9	170	27	23	21	27	1.99
19064235--19064344	25	4.4	25	90	4	152	26	23	21	28	1.99
19065147--19065230	27	3.1	27	93	3	134	20	26	22	30	1.98
19065270--19065521	27	9.3	27	79	3	218	32	7	19	40	1.80
19065270--19065521	81	3.1	80	77	4	263	32	7	19	40	1.80
19065499--19065683	27	6.9	27	84	0	217	40	7	22	29	1.80
19065297--19065548	81	3.1	79	74	8	220	33	7	19	40	1.79
19065500--19065683	81	2.3	81	88	0	260	40	7	22	29	1.81
19065660--19065778	27	4.4	27	78	5	116	31	10	19	38	1.86
19078461--19078487	13	2.1	13	100	0	54	48	7	29	14	1.71
19092637--19092701	32	2.0	32	100	0	130	29	12	18	40	1.87
19105678--19105715	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
19107117--19107269	42	3.6	42	77	5	148	30	16	22	29	1.96
19116930--19116954	9	2.8	9	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19123898--19123960	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
19125884--19125992	56	1.9	56	98	0	209	39	17	13	29	1.88
19125959--19126437	88	5.6	84	73	17	332	37	20	16	25	1.93
19126089--19126258	74	2.3	75	87	3	236	37	18	17	26	1.93
19126166--19126435	94	3.0	90	81	8	304	40	20	15	23	1.90
19134754--19134785	4	8.0	4	100	0	64	50	0	25	25	1.50
19138486--19138699	45	4.7	46	90	2	308	39	15	23	21	1.91
19138486--19138699	91	2.4	91	88	4	306	39	15	23	21	1.91
19143776--19143991	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
19143726--19143991	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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