genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.329.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  329  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94907331--94907456	23	5.1	23	84	13	162	30	20	20	28	1.98
94907350--94907451	53	1.9	54	95	2	188	29	21	21	27	1.99
94907507--94907573	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
94912339--94912588	48	5.4	47	77	11	203	24	27	17	30	1.97
94912379--94912548	90	1.9	89	85	7	234	25	28	18	27	1.98
94912379--94912588	46	4.6	45	79	8	185	25	27	18	29	1.98
94914283--94914423	43	3.3	43	81	9	162	27	17	24	29	1.97
94916175--94916379	54	3.8	53	75	3	185	38	18	23	19	1.93
94919547--94919863	27	11.7	27	88	2	395	28	23	8	39	1.84
94919788--94920009	27	8.2	27	81	4	162	36	20	7	35	1.81
94919761--94920009	81	3.1	81	78	2	221	35	20	8	35	1.82
94919857--94920036	81	2.2	81	85	3	238	39	20	8	31	1.82
94919856--94920037	27	6.7	27	79	2	204	39	20	8	31	1.82
94920056--94920132	27	2.9	27	81	11	95	36	20	19	23	1.95
94921377--94921433	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
94921375--94921445	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
94921386--94921440	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
94921492--94921702	23	9.0	24	91	5	335	27	20	22	28	1.99
94921492--94921702	47	4.5	47	94	4	347	27	20	22	28	1.99
94921492--94921681	70	2.7	71	93	4	325	28	20	21	29	1.98
94921895--94921958	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
94942137--94942287	40	3.8	39	82	2	142	23	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94946913--94947013	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
94946942--94947017	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
94955032--94955132	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
94955061--94955136	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
94976608--94977184	47	12.3	47	94	0	969	32	9	29	27	1.88
94977302--94977384	37	2.2	37	86	0	112	25	21	31	21	1.98
94979284--94979485	40	5.1	40	92	1	307	27	19	25	27	1.99
94982625--94983202	47	12.3	47	94	0	944	32	9	29	27	1.89
94983317--94983399	37	2.2	37	89	0	121	24	21	32	21	1.98
94996691--94996864	45	3.8	44	80	9	206	21	20	29	28	1.98
94999779--94999847	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
94999770--94999857	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
95002229--95002402	45	3.8	44	80	9	206	21	20	29	28	1.98
95005484--95005603	46	2.6	47	81	5	127	30	17	27	24	1.97
95005881--95006013	49	2.7	50	80	6	155	26	18	30	25	1.98
95007871--95007960	40	2.2	40	80	7	112	23	24	28	23	1.99
95016298--95016441	40	3.6	40	82	3	121	27	24	27	20	1.99
95016335--95016464	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
95024229--95024358	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
95026369--95026571	40	5.1	40	89	4	286	26	29	23	21	1.99
95026369--95026568	79	2.5	78	88	4	276	26	29	22	22	1.99
95026355--95026571	119	1.8	119	85	5	305	25	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95032359--95032428	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
95037187--95037388	40	5.1	40	90	4	295	26	29	21	22	1.99
95037187--95037387	79	2.5	78	89	4	289	26	29	21	22	1.99
95057724--95057968	39	6.5	39	80	13	282	19	22	28	29	1.98
95057752--95057807	27	2.1	27	96	0	103	14	17	32	35	1.90
95071102--95071160	29	2.0	29	100	0	118	27	20	13	38	1.90
95084826--95084900	29	2.6	29	85	4	98	26	17	30	25	1.97
95085142--95085235	47	2.0	47	100	0	188	40	4	21	34	1.73
95086861--95087296	83	5.2	83	92	1	676	27	19	19	33	1.96
95087220--95087692	119	4.0	119	95	0	788	30	18	16	34	1.94
95096506--95096568	30	2.1	30	85	5	83	60	0	6	33	1.22
95098299--95098337	19	1.9	20	85	15	53	33	46	2	17	1.62
95098399--95098459	27	2.3	27	88	0	95	34	24	22	18	1.96
95100077--95100186	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
95104116--95104256	34	4.2	34	75	3	142	31	12	12	43	1.80
95107111--95107154	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
95116153--95116208	15	3.7	15	77	15	62	14	8	0	76	1.00
95116167--95116210	10	4.4	10	77	11	54	13	9	0	77	0.99
95116152--95116230	25	3.2	25	89	3	115	16	7	0	75	1.01
95120058--95120197	57	2.4	58	88	3	203	32	21	18	27	1.97
95122443--95122486	23	2.0	22	90	4	70	27	13	27	31	1.94
95122550--95122598	17	2.9	17	93	0	80	38	6	12	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95122553--95122617	17	3.9	16	88	8	69	35	9	9	46	1.68
95129095--95129281	33	5.6	32	73	6	140	28	17	25	28	1.97
95129102--95129331	101	2.3	101	94	0	406	29	16	26	28	1.97
95129490--95129519	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
95132248--95132366	59	2.1	57	87	4	168	33	5	7	52	1.54
95134466--95134557	46	2.0	46	95	0	166	28	17	28	26	1.98
95135936--95135996	28	2.2	28	85	5	88	39	22	0	37	1.55
95143658--95143682	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
95153641--95153666	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
95161691--95161729	6	6.5	6	87	0	60	15	5	0	79	0.90
95161697--95161737	18	2.3	19	79	12	50	14	7	0	78	0.96
95175809--95175862	27	2.0	28	82	7	67	29	14	5	50	1.66
95182454--95182486	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
95182580--95182615	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
95187856--95187909	26	2.0	29	85	10	78	64	0	0	35	0.94
95189359--95189402	22	2.0	22	100	0	88	40	18	0	40	1.50
95190078--95190115	20	1.9	20	94	0	67	47	28	5	18	1.70
95191912--95191950	20	2.0	20	89	0	60	84	0	12	2	0.72
95191912--95191950	12	3.2	12	85	3	51	84	0	12	2	0.72
95192480--95192527	26	1.9	26	87	8	73	35	2	2	60	1.20
95192507--95192541	16	2.2	16	90	10	54	31	0	0	68	0.90
95192444--95192608	24	7.3	23	70	19	105	35	3	3	58	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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