genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  190  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53122670--53122776	27	4.0	26	81	12	119	16	23	23	36	1.94
53122670--53122776	53	2.0	53	82	7	128	16	23	23	36	1.94
53122894--53122981	6	14.3	6	72	17	65	18	19	14	47	1.82
53122897--53122960	25	2.6	25	87	0	92	17	21	15	45	1.85
53124652--53124689	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
53126309--53126405	28	3.5	28	95	4	171	45	26	9	18	1.80
53127871--53128038	53	3.1	54	79	4	162	37	23	10	29	1.87
53127914--53128082	27	6.3	27	81	6	157	37	23	8	29	1.85
53127888--53128082	53	3.7	53	73	8	153	37	23	9	29	1.86
53127938--53128121	80	2.3	81	80	3	194	36	22	8	31	1.85
53127865--53128118	27	9.5	27	75	9	155	36	22	9	31	1.86
53128103--53128243	27	5.2	27	93	1	203	35	16	19	28	1.94
53128980--53129083	27	3.9	26	76	6	91	19	19	21	40	1.92
53129205--53129271	25	2.7	26	83	6	93	17	19	14	47	1.82
53131246--53131299	27	2.0	26	92	3	90	37	20	11	31	1.88
53131308--53131476	27	6.3	26	82	6	160	39	23	8	28	1.85
53131332--53131515	79	2.3	81	79	7	196	37	22	8	30	1.85
53131256--53131512	27	9.6	27	76	9	152	38	22	9	29	1.86
53131497--53131624	54	2.4	54	91	0	202	35	16	18	28	1.93
53131497--53131637	27	5.2	27	88	0	183	36	15	19	28	1.93
53132422--53132480	27	2.2	26	85	5	82	18	23	20	37	1.94
53132601--53132664	25	2.6	25	89	0	101	14	23	18	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53134344--53134552	46	4.5	46	79	9	203	26	19	30	22	1.98
53136273--53136407	43	3.2	42	79	8	159	33	26	15	24	1.95
53139142--53139171	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
53142091--53142211	43	2.9	42	78	3	127	19	18	32	29	1.96
53145757--53145843	27	3.2	27	85	8	115	32	19	25	22	1.98
53146810--53146861	25	2.1	25	85	3	70	25	19	21	34	1.96
53147068--53147183	27	4.3	27	79	7	130	26	21	15	36	1.93
53147162--53147369	54	3.9	54	80	6	210	29	10	21	39	1.86
53147177--53147369	27	7.2	27	82	1	190	30	9	20	39	1.85
53147362--53147545	54	3.4	54	90	0	278	39	7	23	29	1.82
53147362--53147545	81	2.3	81	91	1	298	39	7	23	29	1.82
53147245--53147569	27	12.1	27	83	3	179	34	8	22	34	1.84
53147362--53147572	81	2.6	81	86	1	226	38	8	22	30	1.83
53150582--53150611	15	2.0	15	93	0	51	73	3	0	23	0.98
53153778--53154180	201	2.0	201	88	1	603	28	23	13	34	1.93
53157496--53157556	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
53161331--53161442	44	2.5	44	81	9	122	27	30	16	25	1.96
53163010--53163092	24	3.5	24	86	3	114	33	2	38	25	1.69
53163006--53163106	24	4.2	24	84	2	105	33	2	39	23	1.70
53163010--53163104	48	2.0	48	83	4	120	33	3	37	25	1.72
53164510--53164617	27	4.0	27	85	1	137	16	23	21	38	1.92
53164509--53164615	54	2.0	53	88	1	160	17	23	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53166346--53166529	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
53166386--53166574	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
53174467--53174650	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
53174507--53174695	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
53182585--53182768	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
53182625--53182813	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
53189967--53190067	24	4.2	24	88	2	132	32	2	41	22	1.69
53191476--53191562	27	3.2	27	80	6	104	17	21	21	39	1.93
53191476--53191586	54	2.1	53	84	1	141	17	21	20	40	1.91
53193903--53193973	32	2.2	32	87	0	97	33	8	28	29	1.86
53193918--53193994	32	2.4	32	91	0	118	35	9	24	31	1.87
53195578--53195633	2	28.0	2	78	7	51	44	3	5	46	1.43
53196779--53196871	39	2.4	39	90	0	141	27	19	29	23	1.98
53207346--53207414	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
53208032--53208092	26	2.3	26	88	2	86	27	14	16	40	1.88
53208032--53208173	54	2.7	55	78	5	139	28	11	18	42	1.84
53208049--53208173	27	4.7	26	83	6	126	27	8	20	44	1.80
53208049--53208173	54	2.3	53	82	4	144	27	8	20	44	1.80
53208075--53208187	27	4.2	27	85	4	115	28	7	22	42	1.79
53208166--53208376	27	7.8	27	83	3	255	41	8	20	28	1.82
53208382--53208471	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
53208137--53208430	81	3.6	81	81	2	313	38	8	20	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53208365--53208471	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
53208382--53208487	27	3.9	27	79	9	92	33	9	16	39	1.81
53211507--53211569	28	2.3	27	89	5	99	19	7	28	44	1.78
53211519--53211573	28	2.0	28	100	0	110	18	7	25	49	1.73
53212195--53212256	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
53212239--53212336	27	3.7	26	87	4	117	27	6	20	45	1.74
53212212--53212315	54	1.9	54	84	3	138	28	10	19	41	1.84
53212211--53212336	54	2.3	52	80	10	137	27	8	19	43	1.81
53212239--53212350	27	4.2	27	85	5	113	28	6	22	42	1.77
53212329--53212538	27	7.8	27	83	3	255	41	8	20	29	1.82
53212329--53212532	81	2.5	80	88	3	284	42	8	19	29	1.81
53212544--53212633	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
53212528--53212633	54	2.0	54	81	9	128	31	10	19	38	1.86
53212329--53212592	81	3.3	81	84	3	282	39	9	20	30	1.83
53212544--53212648	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
53214163--53214201	20	2.0	20	84	0	51	20	2	28	48	1.62
53214580--53214605	11	2.4	11	100	0	52	15	7	38	38	1.76
53218856--53219065	47	4.4	47	84	3	217	32	28	14	24	1.95
53227047--53227222	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
53227043--53227214	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
53230137--53230205	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
53230128--53230215	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53232601--53232776	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
53232597--53232768	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
53236853--53236914	25	2.5	25	84	2	72	33	27	20	17	1.96
53240458--53240661	55	3.8	53	80	7	232	35	17	23	23	1.95
53240461--53240661	108	1.8	110	85	4	282	35	17	23	23	1.96
53243185--53243253	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
53244879--53244916	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
53251189--53251257	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
53253387--53253518	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
53261753--53261934	39	4.6	40	82	4	172	23	26	22	28	1.99
53269789--53269919	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
53269806--53269956	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
53272196--53272263	27	2.5	28	84	11	81	16	20	22	41	1.90
53275718--53275818	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
53275717--53275818	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
53283645--53283745	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
53283644--53283745	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
53290304--53290418	54	2.1	54	85	6	153	14	22	23	39	1.91
53290304--53290418	27	4.3	26	79	11	124	14	22	23	39	1.91
53294590--53294631	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
53294628--53294687	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
53302561--53302660	42	2.4	42	89	1	155	27	34	23	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53306393--53306515	54	2.3	54	81	5	133	39	21	10	28	1.86
53306419--53306679	54	4.8	54	76	9	235	40	18	9	30	1.84
53306419--53306651	81	2.9	80	81	7	265	42	18	9	30	1.82
53306419--53306660	27	9.0	27	76	7	213	40	17	10	30	1.83
53306929--53307040	41	2.7	40	84	2	134	21	25	27	25	1.99
53307182--53307243	22	2.8	22	76	9	63	17	22	25	33	1.96
53311634--53311765	27	5.0	27	83	6	155	30	12	18	37	1.89
53315602--53315689	25	3.5	25	73	14	74	27	21	23	27	1.99
53317931--53317997	33	2.0	33	97	0	125	32	17	10	38	1.84
53319690--53319790	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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