genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  165  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45494251--45494319	29	2.4	29	87	0	102	20	17	28	33	1.95
45497689--45497812	58	2.2	58	94	1	223	38	26	4	29	1.77
45498415--45498564	43	3.5	43	91	0	246	25	32	20	22	1.98
45501706--45501743	19	2.0	19	89	0	58	44	21	10	23	1.83
45506244--45506274	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
45508270--45508330	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
45511236--45511448	78	2.7	79	78	9	213	25	27	22	24	2.00
45511262--45511452	40	4.8	39	78	10	181	24	28	23	24	2.00
45520417--45520542	40	3.3	39	81	6	143	23	28	25	23	1.99
45533083--45533242	42	3.8	42	86	6	198	31	13	25	29	1.94
45533083--45533248	85	2.0	84	83	5	210	31	13	25	29	1.94
45539631--45539691	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
45540155--45540305	68	2.3	64	79	7	151	29	15	27	27	1.96
45547107--45547151	17	2.6	17	89	6	65	8	28	37	24	1.86
45552189--45552426	47	5.1	47	91	0	341	33	10	28	26	1.90
45552258--45552332	22	3.3	22	66	23	64	32	13	29	25	1.93
45554362--45554765	219	1.8	220	87	1	605	27	21	29	21	1.98
45560287--45560311	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
45560875--45561416	289	1.9	290	98	0	1050	41	10	16	31	1.82
45571724--45572111	47	8.3	47	92	1	629	27	31	9	31	1.89
45571724--45572111	93	4.2	93	93	1	634	27	31	9	31	1.89
45571892--45571966	22	3.3	22	66	23	64	24	32	13	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45571724--45572110	187	2.1	186	93	0	657	27	31	9	31	1.89
45575153--45575299	40	3.7	40	82	3	170	27	26	21	24	1.99
45575355--45575429	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
45577852--45578238	47	8.3	47	92	2	620	27	31	9	31	1.89
45577852--45578238	138	2.8	138	92	2	614	27	31	9	31	1.89
45581266--45581416	40	3.8	40	81	0	167	27	27	20	23	1.99
45583978--45584179	47	4.3	47	89	0	307	28	31	9	30	1.89
45587214--45587370	40	3.9	40	82	0	179	27	27	21	23	1.99
45587428--45587502	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
45589926--45590268	47	7.3	47	92	0	553	27	31	9	31	1.89
45590048--45590122	22	3.3	22	66	23	64	24	32	13	30	1.93
45590070--45590147	25	3.2	25	65	23	67	28	32	8	30	1.88
45589926--45590263	187	1.8	188	96	0	624	26	31	10	31	1.89
45594738--45594816	25	3.3	25	67	22	69	35	11	25	27	1.90
45594712--45594837	47	2.7	47	93	0	207	35	13	26	23	1.92
45594720--45594791	22	3.1	22	68	24	67	33	15	29	22	1.94
45594750--45594826	25	3.2	25	62	23	65	36	15	24	23	1.94
45594807--45595039	48	4.8	48	87	4	333	34	6	27	31	1.83
45594807--45595039	98	2.4	96	84	5	333	34	6	27	31	1.83
45595186--45595257	37	1.9	37	91	5	119	22	18	30	29	1.97
45606660--45606697	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
45613191--45613357	48	3.4	49	87	6	234	31	26	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45613191--45613388	48	4.1	48	82	7	197	30	26	19	22	1.98
45621653--45621714	16	3.9	16	81	12	74	29	24	9	37	1.87
45622323--45622441	48	2.5	48	83	0	130	26	18	24	31	1.98
45623419--45623480	16	3.9	16	81	12	74	29	24	9	37	1.87
45624089--45624207	48	2.5	48	83	0	130	26	18	24	31	1.98
45625183--45625244	16	3.9	16	81	12	74	29	24	9	37	1.87
45625853--45625971	48	2.5	48	83	0	130	26	18	24	31	1.98
45626948--45627009	16	3.9	16	81	12	74	29	24	9	37	1.87
45627618--45627736	48	2.5	48	83	0	130	26	18	24	31	1.98
45628713--45628773	16	3.9	16	79	14	65	29	24	8	37	1.84
45629381--45629499	48	2.5	48	83	0	130	26	18	24	31	1.98
45630477--45630538	16	3.9	16	81	12	74	29	24	9	37	1.87
45636687--45636755	33	2.1	33	100	0	138	26	14	27	31	1.95
45659698--45659830	48	2.8	48	84	0	140	24	21	24	28	1.99
45659744--45659841	48	2.0	48	86	3	135	25	21	27	25	1.99
45659882--45659973	48	1.9	48	88	0	139	25	22	26	26	2.00
45662700--45662740	22	1.9	22	95	5	75	14	29	46	9	1.77
45663862--45664125	47	5.6	45	74	13	162	23	29	18	29	1.98
45663863--45664082	47	4.7	47	76	12	170	23	29	18	28	1.98
45663863--45664125	140	1.9	141	82	7	338	23	29	18	28	1.98
45665400--45665470	28	2.5	28	88	8	117	32	15	23	28	1.95
45665494--45665742	51	4.9	51	92	2	403	31	14	24	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45668537--45668605	21	3.1	22	79	10	70	46	13	11	28	1.78
45668949--45668995	21	2.2	21	84	0	58	12	8	42	36	1.74
45669599--45669744	65	2.3	65	85	4	190	42	10	24	21	1.85
45673391--45673443	22	2.4	22	96	0	97	24	22	16	35	1.95
45677504--45677586	42	2.0	43	83	7	107	15	33	24	26	1.95
45679501--45679550	25	2.0	25	88	0	73	38	20	2	40	1.64
45682327--45682492	27	6.1	27	82	2	181	17	24	22	34	1.96
45682327--45682492	54	3.1	54	92	1	253	17	24	22	34	1.96
45682327--45682492	81	2.0	81	86	4	228	17	24	22	34	1.96
45686137--45686376	79	3.1	78	89	7	353	22	22	28	26	1.99
45686137--45686365	40	5.8	41	91	4	357	22	22	28	26	1.99
45693348--45693557	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
45700566--45700775	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
45703801--45703989	40	4.8	40	92	2	285	23	22	25	28	1.99
45710759--45710924	27	6.1	27	83	2	190	16	24	23	34	1.95
45710759--45710924	54	3.1	54	91	1	253	16	24	23	34	1.95
45710759--45710924	81	2.0	81	86	4	228	16	24	23	34	1.95
45710986--45711025	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
45712116--45712144	14	2.1	14	100	0	58	58	6	0	34	1.25
45716549--45716590	20	2.1	20	100	0	84	28	14	28	28	1.95
45718665--45718721	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
45721360--45721385	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45723617--45723663	19	2.5	19	87	12	71	61	0	12	25	1.31
45724195--45724258	22	3.0	22	81	2	76	10	20	18	50	1.77
45729123--45729147	13	1.9	13	100	0	50	24	0	36	40	1.55
45731875--45731936	22	2.8	22	90	2	79	35	6	3	54	1.42
45731885--45732063	3	58.7	3	71	10	105	32	8	1	56	1.39
45732226--45732436	3	69.7	3	70	7	95	29	8	2	59	1.40
45732275--45732331	29	1.9	30	89	3	89	26	7	0	66	1.17
45742371--45742577	40	5.2	40	86	5	262	27	28	20	23	1.99
45742371--45742581	80	2.7	80	86	8	299	27	28	20	23	1.99
45750418--45750604	40	4.7	40	93	0	313	25	29	21	22	1.99
45750398--45750608	80	2.7	80	90	1	327	26	28	21	23	1.99
45751936--45751993	26	2.1	28	93	6	102	31	25	29	13	1.94
45755735--45756151	44	9.5	44	69	11	253	30	22	20	26	1.98
45755708--45756179	88	5.4	88	86	0	647	29	22	20	27	1.98
45755708--45756179	176	2.7	176	90	0	712	29	22	20	27	1.98
45756148--45756767	45	13.7	45	70	13	308	32	17	20	29	1.96
45756150--45756767	89	6.8	87	68	15	321	32	17	20	29	1.96
45756239--45756767	44	11.8	44	70	12	211	31	17	20	29	1.96
45756151--45756767	181	3.4	180	86	1	833	32	17	20	29	1.96
45759472--45759746	3	90.0	3	73	11	148	62	5	6	26	1.40
45760978--45761144	3	55.7	3	69	10	83	32	8	1	56	1.39
45761090--45761131	17	2.5	17	88	7	59	28	7	2	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45760978--45761148	13	13.0	13	67	18	61	32	8	1	57	1.39
45761236--45761285	26	1.9	26	84	15	68	26	12	2	60	1.43
45761307--45761585	3	92.7	3	78	6	244	30	6	1	61	1.28
45761508--45761607	6	16.5	6	91	2	56	30	4	2	64	1.23
45764693--45764755	29	2.2	28	83	8	74	22	9	1	66	1.29
45766730--45766787	29	2.0	30	82	3	73	60	5	6	27	1.44
45768329--45768363	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
45771762--45771802	20	2.2	19	86	8	57	48	2	12	36	1.54
45771794--45771835	19	2.2	19	83	8	50	54	7	2	35	1.41
45773618--45773649	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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