genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  195  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54461756--54461937	39	4.6	39	86	2	231	24	22	30	23	1.99
54465138--54465342	47	4.4	47	91	0	320	28	29	8	32	1.87
54465316--54465499	48	3.8	48	95	1	323	34	26	6	32	1.82
54465167--54465493	94	3.4	97	86	8	358	30	28	8	32	1.86
54465138--54465397	141	1.8	141	79	8	305	30	29	8	32	1.86
54469300--54469398	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
54476980--54477078	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
54478634--54478783	39	3.9	38	80	10	117	25	20	28	26	1.99
54478631--54478811	40	4.6	39	78	11	183	24	20	28	26	1.99
54486747--54486929	40	4.6	39	82	8	167	24	20	28	26	1.99
54486747--54486923	77	2.2	79	82	8	209	24	21	28	24	1.99
54494640--54494773	47	2.9	47	75	10	141	31	27	18	22	1.97
54495193--54495252	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
54496186--54496230	17	2.6	17	100	0	90	35	24	8	31	1.86
54496588--54496627	21	1.9	21	85	10	55	35	27	10	27	1.89
54499758--54499938	40	4.6	40	90	2	260	20	27	24	28	1.99
54505182--54505219	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
54505449--54505619	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
54505444--54505616	46	3.7	46	79	10	199	29	28	20	21	1.98
54506038--54506097	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
54511342--54511430	34	2.6	34	79	10	92	26	23	24	24	2.00
54513727--54513899	46	3.7	46	79	10	208	22	21	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54513724--54513894	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
54514124--54514161	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
54516614--54516779	40	4.2	40	79	6	160	24	27	22	25	2.00
54517967--54518078	56	2.1	53	81	11	129	27	16	17	37	1.92
54522097--54522138	19	2.2	19	86	0	57	19	14	28	38	1.90
54526881--54526925	23	2.0	23	82	8	56	48	31	0	20	1.49
54531792--54531887	25	3.9	25	74	8	88	30	20	23	25	1.99
54531792--54531892	49	2.1	49	86	3	141	31	20	22	24	1.98
54542868--54543031	80	2.0	80	84	4	215	22	24	28	24	1.99
54542868--54543010	40	3.6	40	92	1	216	21	24	28	25	1.99
54548253--54548433	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
54548255--54548425	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
54551350--54551418	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
54551341--54551428	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
54553748--54553919	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
54553740--54553915	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
54556295--54556335	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
54556297--54556344	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
54559251--54559379	46	2.8	46	92	0	213	30	27	20	20	1.98
54561768--54561808	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
54561770--54561817	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
54564741--54564866	46	2.7	46	93	0	207	31	28	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54570730--54570767	19	2.0	19	89	0	58	21	10	31	36	1.87
54579240--54579283	22	2.0	22	100	0	88	36	18	13	31	1.90
54580302--54580546	49	4.9	49	81	3	292	30	26	17	25	1.97
54580301--54580546	100	2.5	99	83	4	307	30	26	17	25	1.97
54583672--54583831	49	3.3	49	70	11	148	23	28	19	29	1.98
54583721--54583900	48	3.7	48	70	12	152	22	30	17	30	1.96
54583671--54583880	97	2.2	97	90	0	330	22	29	18	30	1.97
54583873--54584172	46	6.5	46	74	9	236	23	29	18	29	1.97
54583920--54584175	93	2.7	93	87	1	361	23	29	18	29	1.97
54585509--54585619	29	3.9	29	83	1	125	27	34	13	25	1.93
54585508--54585619	58	1.9	57	83	1	143	26	34	13	25	1.93
54588481--54588702	40	5.6	40	92	2	360	22	22	27	27	1.99
54591122--54591306	40	4.6	39	84	7	189	25	21	26	26	1.99
54592141--54592189	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
54593012--54593178	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
54603449--54603669	40	5.6	40	92	2	367	23	23	26	27	2.00
54603449--54603669	79	2.8	80	94	3	385	23	23	26	27	2.00
54606623--54606661	20	2.1	19	85	9	53	53	17	25	2	1.56
54619954--54620007	23	2.3	23	96	0	99	22	20	20	37	1.95
54621422--54621516	29	3.3	29	83	1	120	26	27	14	31	1.95
54621393--54621509	58	2.0	57	83	4	146	25	29	17	28	1.97
54621733--54621770	16	2.4	16	90	0	58	5	23	23	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54625893--54625986	39	2.4	40	82	5	120	24	26	23	25	2.00
54625856--54626039	40	4.6	39	75	8	156	25	27	23	23	2.00
54631256--54631482	46	5.0	46	91	2	341	22	23	14	39	1.91
54631256--54631482	91	2.5	92	90	2	341	22	23	14	39	1.91
54633611--54633662	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
54636232--54636344	40	2.8	40	86	0	154	23	23	29	23	1.99
54641464--54641595	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
54648381--54648525	40	3.8	38	77	10	145	25	28	22	23	1.99
54656483--54656633	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
54656487--54656673	80	2.3	81	81	13	226	25	26	22	26	2.00
54665083--54665107	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
54666109--54666214	54	1.9	55	94	5	187	40	22	8	28	1.83
54666838--54666953	43	2.7	43	81	10	139	24	26	21	27	1.99
54666838--54666967	43	3.0	43	76	8	138	26	26	21	26	2.00
54672287--54672338	27	1.9	27	92	0	86	28	13	17	40	1.87
54672288--54672351	27	2.4	27	83	0	83	31	14	17	37	1.89
54672738--54672776	18	2.2	18	85	0	51	20	23	12	43	1.86
54688596--54688765	93	1.8	93	89	2	270	30	26	20	22	1.99
54688591--54688763	46	3.7	46	74	14	167	30	26	20	23	1.98
54692420--54692610	39	4.8	40	80	7	203	24	22	28	24	1.99
54692420--54692611	79	2.4	78	83	6	208	23	22	28	24	1.99
54700370--54700558	39	4.8	39	78	8	145	24	23	28	23	2.00
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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54786929--54787006	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
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54792670--54792893	40	5.6	40	82	3	252	24	22	26	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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