Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  53  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12798740--12798793
2
27.0
2
100
0
108
50
0
0
50
1.00
12808038--12808125
43
2.0
43
100
0
176
39
21
11
27
1.87
12815981--12816144
42
3.7
42
81
8
177
29
27
14
29
1.95
12816051--12816156
49
2.2
48
89
3
158
32
28
12
27
1.92
12816066--12816237
46
3.7
46
82
6
159
30
27
14
26
1.95
12816255--12816368
31
3.7
31
85
0
156
28
26
17
27
1.98
12816379--12816474
50
1.9
50
97
0
183
26
21
16
35
1.95
12816586--12816659
18
3.2
24
64
26
61
54
16
4
25
1.60
12816592--12816680
44
2.0
44
100
0
178
57
13
4
24
1.55
12818656--12818684
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
12818927--12818991
17
3.8
17
74
6
60
26
21
20
32
1.97
12818961--12819002
17
2.4
18
88
4
59
35
23
14
26
1.93
12829196--12829370
46
3.8
46
76
10
167
30
28
17
23
1.97
12829206--12829376
93
1.8
93
85
0
243
29
28
19
22
1.98
12831300--12831388
30
3.0
30
79
11
94
56
15
17
10
1.67
12831300--12831382
15
5.6
14
73
10
58
55
16
18
9
1.68
12831311--12831388
15
5.2
15
75
9
70
55
15
17
11
1.69
12834325--12834496
93
1.8
93
86
0
245
27
27
20
23
1.99
12840094--12840171
37
2.1
37
95
0
138
23
11
12
52
1.72
12844302--12844326
6
4.2
6
100
0
50
20
0
0
80
0.72
12845771--12845903
38
3.4
38
80
5
133
28
27
20
23
1.99
12846979--12847010
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12848159--12848337
3
59.0
3
65
17
50
58
2
9
30
1.42
12848235--12848293
27
2.2
25
80
14
66
61
0
11
27
1.31
12848523--12848572
13
3.7
14
76
15
52
62
2
8
28
1.35
12848561--12848596
18
1.9
18
88
5
54
47
2
19
30
1.64
12850644--12850696
26
2.0
27
85
7
74
24
13
22
39
1.90
12852035--12852303
43
6.1
45
69
11
128
32
17
22
27
1.96
12851932--12852844
176
5.2
176
90
0
1405
31
17
22
27
1.97
12852736--12852832
43
2.2
45
81
5
110
30
15
24
28
1.96
12854474--12854523
18
2.8
18
76
11
57
30
4
8
58
1.45
12864199--12864329
60
2.2
60
83
6
149
41
13
6
38
1.72
12866088--12866155
3
22.7
3
90
0
109
1
0
61
36
1.05
12872401--12872456
27
2.1
27
100
0
112
39
12
16
32
1.85
12876988--12877022
14
2.3
16
90
9
56
80
0
2
17
0.84
12880967--12881004
20
1.9
20
89
10
60
26
2
5
65
1.27
12884461--12884509
19
2.5
19
84
12
64
57
0
6
36
1.24
12884469--12884507
20
2.0
19
90
5
60
58
0
5
35
1.20
12884484--12884522
14
2.8
14
84
0
51
58
0
2
38
1.12
12885992--12886195
101
2.0
100
96
0
372
46
5
5
42
1.52
12888920--12889143
57
4.4
50
83
11
283
35
15
23
25
1.94
12888920--12889110
104
1.9
97
88
7
283
34
15
22
27
1.94
12889126--12889239
31
3.8
31
89
4
164
27
14
28
29
1.96
12889258--12889381
47
2.6
48
81
2
133
29
8
28
33
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12890922--12890974
20
2.7
19
83
13
63
41
3
0
54
1.18
12890973--12891017
20
2.2
20
84
7
56
22
6
2
68
1.24
12892233--12892650
3
135.7
3
68
12
154
30
8
3
56
1.47
12894785--12894864
41
2.0
41
97
0
151
52
11
1
35
1.45
12894960--12894989
6
5.0
6
100
0
60
66
0
0
33
0.92
12896099--12896148
24
2.1
24
100
0
100
24
52
4
20
1.63
12896504--12896699
3
65.7
3
81
7
195
30
2
2
64
1.20
12897258--12897491
126
1.9
126
91
0
387
27
16
17
39
1.90
12899886--12900021
26
5.2
26
97
0
245
33
4
24
37
1.75
12901959--12902002
19
2.3
19
84
0
52
22
13
18
45
1.84
12901969--12902008
19
2.1
19
95
0
71
22
10
17
50
1.76
12901822--12902116
156
1.9
156
95
0
536
24
17
24
33
1.97
12904448--12904490
21
2.1
20
91
4
68
86
0
6
6
0.72
12906414--12907293
85
10.4
85
94
1
1522
27
23
28
20
1.99
12906414--12907293
169
5.2
170
94
1
1522
27
23
28
20
1.99
12906592--12906726
44
3.1
44
61
21
104
28
22
28
20
1.99
12907340--12907649
133
2.3
135
81
6
380
31
19
20
27
1.97
12907965--12908014
24
2.1
24
96
0
91
24
50
4
22
1.66
12908369--12908562
3
64.7
3
75
10
157
30
2
2
64
1.18
12908779--12908817
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
12917543--12917588
18
2.7
18
76
6
51
56
2
4
36
1.31
12917814--12917845
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12924948--12924992
4
11.2
4
100
0
90
24
0
24
51
1.49
12936079--12936114
18
2.0
18
89
10
56
22
0
0
77
0.76
12944664--12944723
31
2.0
31
83
6
79
53
8
3
35
1.48
12946479--12946646
40
4.2
40
82
3
178
25
26
22
26
2.00
12950307--12950379
32
2.4
31
82
8
87
57
8
4
30
1.47
12953463--12953510
24
2.0
24
100
0
96
33
4
16
45
1.67
12953773--12953873
50
2.0
50
96
0
184
33
20
12
32
1.91
12954459--12954490
3
10.7
3
100
0
64
68
0
0
31
0.90
12970076--12970138
21
3.0
21
71
0
63
49
19
17
14
1.80
12970055--12970159
42
2.5
42
80
9
108
44
16
20
19
1.86
12970125--12970195
21
3.5
20
80
18
67
46
15
16
21
1.84
12975574--12975607
12
2.9
12
86
4
52
32
0
0
67
0.91
12975732--12975789
30
1.9
30
89
0
89
56
10
3
29
1.49
12975804--12975846
22
2.0
22
85
0
59
58
11
11
18
1.63
12975811--12975851
11
3.7
11
80
0
55
56
9
14
19
1.66
12977959--12977984
13
2.0
13
100
0
52
76
23
0
0
0.78
12980951--12981012
32
1.9
32
86
0
88
45
12
1
40
1.52
12982798--12982872
39
1.9
39
100
0
150
28
17
10
44
1.82
12985444--12985476
4
8.2
4
100
0
66
51
0
24
24
1.48
12987888--12987942
26
2.0
27
82
10
67
40
0
1
58
1.09
12991480--12991504
13
1.9
13
100
0
50
36
8
0
56
1.29
12996273--12996593
133
2.4
133
88
0
473
30
21
20
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12996516--12996614
44
2.2
44
81
0
117
28
22
23
26
1.99
12996406--12997357
177
5.5
173
81
6
930
31
18
21
27
1.97
12996273--12996636
133
2.7
133
84
3
412
30
21
20
27
1.98
12998823--12998847
13
1.9
13
100
0
50
36
8
0
56
1.29
12999000--12999041
2
21.0
2
100
0
84
50
0
0
50
1.00
13001888--13001926
19
2.0
20
85
5
53
76
2
10
10
1.10
13005498--13005578
41
2.0
41
83
9
103
55
14
3
25
1.56
13006644--13006696
26
2.1
25
86
10
72
20
11
5
62
1.49
13007035--13007195
61
2.8
57
78
11
157
54
9
12
22
1.67
13007094--13007182
26
3.3
25
70
20
63
62
8
7
20
1.49
13013744--13013768
11
2.3
11
100
0
50
36
36
12
16
1.85
13014639--13015047
38
11.2
37
72
12
254
35
13
20
30
1.91
13014777--13014979
75
2.7
75
79
5
214
37
13
19
29
1.90
13019296--13019328
17
1.9
17
93
0
57
66
24
3
6
1.28
13024586--13024635
19
2.6
19
100
0
100
16
34
34
16
1.90
13029366--13029417
23
2.3
23
100
0
104
69
7
23
0
1.14
13030718--13030775
7
8.1
7
80
3
53
46
31
0
22
1.52
13030694--13030770
29
2.7
29
78
8
84
48
29
0
22
1.51
13030928--13030971
7
6.0
7
87
10
61
43
40
0
15
1.47
13031081--13031419
130
2.5
130
82
8
342
33
23
15
27
1.95
13031199--13031803
264
2.3
266
87
4
862
33
24
15
25
1.95
13031699--13031894
91
2.2
91
91
1
313
31
23
16
27
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13031299--13031803
132
3.8
131
91
1
769
35
24
14
25
1.94
13031815--13032032
120
1.8
119
87
3
321
30
24
16
28
1.96
13033551--13033592
21
2.0
22
85
4
59
35
9
0
54
1.33
13034851--13035108
129
2.0
129
99
0
507
27
25
15
31
1.96
13036680--13036717
19
2.0
19
89
0
58
68
0
0
31
0.90
13036690--13036726
12
3.1
13
85
14
53
64
0
0
35
0.94
13036711--13036773
16
3.9
16
69
23
51
53
0
3
42
1.16
13036764--13036825
21
2.9
21
77
17
65
48
9
0
41
1.36
13036773--13036827
13
4.0
13
78
19
58
45
12
0
41
1.42
13043080--13043170
41
2.2
41
100
0
182
41
10
6
40
1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444