genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.357.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  357  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103493763--103493811	23	2.1	23	100	0	98	26	20	12	40	1.87
103495037--103495089	25	2.1	25	82	10	63	54	5	1	37	1.35
103497156--103497245	45	2.0	45	97	0	171	34	25	22	17	1.96
103503525--103503569	22	2.0	22	100	0	90	40	13	26	20	1.89
103517517--103517672	43	3.7	43	78	10	144	27	20	26	25	1.99
103517517--103517672	85	1.8	85	84	5	217	27	20	26	25	1.99
103526263--103526392	40	3.2	40	81	4	156	24	28	24	22	1.99
103526263--103526426	40	4.1	40	77	4	136	22	28	25	24	2.00
103528734--103528854	47	2.6	44	81	11	136	28	18	30	23	1.97
103541194--103541326	40	3.3	40	85	8	148	26	21	27	25	1.99
103541234--103541345	40	2.8	40	86	5	120	26	21	27	24	1.99
103542985--103543133	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
103543026--103543133	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
103551098--103551246	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
103551139--103551246	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
103558554--103558695	26	5.7	26	72	12	100	16	26	21	35	1.94
103558615--103558683	24	2.8	24	74	12	77	18	30	20	30	1.97
103558675--103558818	25	5.9	24	68	5	67	18	25	22	34	1.96
103559118--103559163	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
103562946--103563091	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
103562978--103563129	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
103571030--103571175	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103571062--103571213	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
103576601--103576868	40	6.5	40	82	10	292	22	22	27	27	1.99
103576659--103576757	49	2.0	49	98	0	189	21	18	28	32	1.96
103579009--103579087	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
103579727--103579762	2	18.0	2	88	0	54	44	2	2	50	1.31
103583347--103583451	48	2.2	48	84	0	138	28	19	23	28	1.98
103590996--103591129	55	2.4	55	81	2	162	14	25	32	28	1.94
103593030--103593100	36	2.0	36	97	0	133	19	29	11	39	1.87
103597201--103597269	30	2.3	30	97	0	129	15	36	24	23	1.94
103604721--103604792	3	24.0	3	100	0	144	66	0	0	33	0.92
103605219--103605345	48	2.6	48	86	2	175	23	14	32	29	1.95
103611204--103611238	4	8.2	4	96	3	52	31	0	22	45	1.53
103611720--103611761	19	2.3	19	84	16	61	45	11	16	26	1.82
103627680--103627846	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	26	2.00
103630013--103630162	43	3.5	43	77	6	135	27	15	24	32	1.95
103651460--103651499	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
103670031--103670133	28	3.5	30	84	6	120	30	13	26	30	1.94
103670060--103670133	31	2.5	28	87	10	96	31	13	25	29	1.94
103676700--103676825	43	2.9	43	81	6	139	26	15	24	33	1.95
103680894--103680972	34	2.3	34	84	4	97	30	17	22	29	1.97
103682519--103682636	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
103682487--103682650	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103690077--103690194	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
103690045--103690208	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
103692481--103692687	40	5.2	40	83	2	220	25	26	22	26	2.00
103700482--103700688	40	5.2	40	83	2	220	25	26	22	26	2.00
103707792--103707848	28	2.0	29	96	3	107	52	8	0	38	1.33
103710090--103710145	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
103710090--103710145	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
103710197--103710330	26	5.3	25	80	5	130	25	19	24	30	1.98
103710197--103710313	52	2.3	51	83	5	157	23	21	24	29	1.99
103714991--103715018	13	2.2	13	100	0	56	21	14	35	28	1.92
103718174--103718230	9	5.8	10	76	15	57	36	8	21	33	1.84
103718192--103718247	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
103718192--103718247	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
103718296--103718404	25	4.6	24	84	8	129	26	21	23	28	1.99
103726210--103726266	9	5.8	10	76	15	57	36	8	21	33	1.84
103726228--103726283	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
103726228--103726283	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
103726332--103726459	23	5.4	24	84	9	149	27	20	24	28	1.99
103726333--103726442	24	4.6	24	86	6	138	25	21	24	28	1.99
103734301--103734367	20	3.3	20	89	4	82	35	10	22	31	1.88
103734312--103734350	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
103734416--103734552	52	2.7	50	87	8	190	29	21	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103734417--103734552	26	5.3	26	83	3	163	29	21	23	25	1.99
103737041--103737105	15	4.5	15	77	11	55	67	1	9	21	1.27
103746533--103746570	20	1.9	20	100	0	76	21	15	18	44	1.86
103753359--103753790	215	2.0	215	98	0	828	38	18	10	32	1.86
103755379--103755421	12	3.6	12	90	0	50	72	0	4	23	1.04
103755387--103755423	6	6.2	6	90	0	56	78	0	2	18	0.87
103757797--103757836	15	2.6	15	84	4	53	82	2	5	10	0.91
103760917--103760948	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
103769138--103769251	43	2.7	42	82	2	156	31	14	23	29	1.95
103770213--103770329	31	3.8	31	95	1	200	24	26	16	32	1.96
103773428--103773488	25	2.4	25	81	10	88	26	21	27	24	1.99
103773428--103773498	24	2.9	24	83	6	88	22	22	25	29	1.99
103777090--103777165	38	2.0	38	97	0	143	28	11	28	30	1.92
103783322--103783645	99	3.3	99	87	2	409	29	25	17	27	1.98
103783322--103783652	49	6.7	49	79	2	365	29	25	17	26	1.98
103788179--103788386	56	3.7	56	85	1	274	37	22	12	27	1.91
103789353--103789382	13	2.3	13	94	0	51	6	23	0	70	1.11
103791496--103791570	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
103791554--103791627	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
103793549--103793679	64	2.0	64	97	0	244	30	4	21	43	1.72
103794242--103794279	18	2.1	19	90	5	60	31	0	26	42	1.56
103798372--103798408	18	2.1	18	100	0	74	16	10	27	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103806626--103806726	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
103814562--103814662	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
103816781--103816836	27	2.1	27	100	0	112	32	3	19	44	1.68
103817016--103817200	101	1.8	101	82	2	237	27	15	24	32	1.95
103817254--103817384	50	2.6	50	83	0	154	27	15	25	31	1.96
103817072--103817334	141	1.9	141	86	0	382	27	16	23	31	1.96
103817595--103817626	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
103821682--103821710	13	2.2	13	100	0	58	31	6	44	17	1.75
103831446--103831528	39	2.1	39	95	0	148	26	12	15	45	1.81
103836482--103836643	39	4.2	39	95	0	252	27	16	25	30	1.97
103839329--103839361	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
103841266--103841300	15	2.2	16	90	5	54	74	0	14	11	1.08
103841273--103841314	20	2.1	20	86	0	57	73	0	14	11	1.09
103841282--103841330	23	2.3	20	82	10	53	71	2	10	16	1.22
103844783--103844965	40	4.6	40	81	8	205	24	22	26	26	2.00
103844783--103844965	79	2.3	81	82	7	223	24	22	26	26	2.00
103844817--103845000	79	2.3	77	77	12	176	27	22	24	26	2.00
103846887--103846932	15	2.8	17	80	16	60	76	2	13	8	1.11
103848936--103848990	27	2.0	27	89	0	83	40	14	16	29	1.88
103851551--103851599	24	2.0	24	100	0	98	20	8	20	51	1.73
103862485--103862539	28	2.0	28	100	0	110	47	21	10	20	1.80
103863511--103863554	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103865337--103865392	27	2.1	27	100	0	112	48	23	10	17	1.79
103867796--103867925	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
103869682--103869729	23	2.1	23	92	0	78	31	6	27	35	1.82
103875659--103875727	28	2.5	28	88	6	97	30	27	14	27	1.95
103883384--103883452	28	2.5	28	88	6	97	30	27	14	27	1.95
103888128--103888177	22	2.3	22	100	0	100	42	26	4	28	1.73
103888982--103889375	195	2.0	195	93	0	680	31	19	12	36	1.89
103890968--103891026	30	2.0	30	82	0	73	27	22	8	42	1.82
103894296--103894348	23	2.2	24	83	9	65	26	1	30	41	1.66
103898635--103898772	44	3.2	42	79	9	129	33	25	16	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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