genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  186  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52125635--52125780	50	3.0	50	86	2	197	25	27	20	26	1.99
52129148--52129207	30	2.0	30	90	0	93	28	25	6	40	1.80
52136980--52137009	9	3.2	9	95	4	51	63	23	0	13	1.29
52161941--52161990	23	2.2	23	85	7	66	26	12	28	34	1.92
52162432--52162881	225	2.0	225	93	0	774	32	18	21	27	1.97
52177618--52177666	23	2.1	23	81	11	55	42	14	18	24	1.87
52180190--52180273	28	3.0	28	98	0	159	32	26	14	27	1.95
52186965--52187148	48	3.8	48	96	1	323	32	6	26	34	1.82
52186968--52187304	47	7.1	47	89	3	266	31	8	29	31	1.86
52186968--52187258	96	3.1	96	84	9	332	31	7	28	31	1.86
52187122--52187326	47	4.4	47	90	0	311	33	8	29	28	1.87
52191001--52191204	40	5.1	39	85	5	248	23	20	28	27	1.99
52190997--52191209	80	2.7	80	88	2	304	24	20	27	27	1.99
52196695--52196938	84	2.9	84	92	2	404	33	18	20	26	1.96
52198621--52198705	23	3.8	22	71	15	68	47	4	0	48	1.23
52200277--52200362	3	28.3	3	73	19	65	66	1	3	29	1.16
52200277--52200359	12	6.8	12	76	16	73	66	1	3	28	1.16
52200279--52200362	18	4.6	18	79	13	75	66	1	3	28	1.15
52200277--52200363	27	3.4	27	71	19	78	66	1	3	28	1.15
52200919--52200945	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
52209454--52209515	21	2.9	20	74	11	61	25	19	17	37	1.94
52214264--52214337	37	2.0	37	100	0	148	29	16	8	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52217803--52217845	12	3.4	12	80	6	50	2	4	11	81	0.93
52219531--52219585	27	2.1	26	86	6	76	36	3	0	60	1.15
52219614--52219686	20	3.7	19	77	14	76	30	5	0	64	1.16
52219625--52219680	19	2.9	21	79	12	66	26	7	0	66	1.18
52219620--52219688	27	2.6	26	80	11	70	28	5	0	65	1.16
52219807--52219866	29	2.1	29	84	12	79	48	1	0	50	1.11
52219822--52219876	20	2.8	19	78	10	58	47	1	0	50	1.11
52221551--52221582	14	2.3	14	94	0	55	56	6	12	25	1.59
52222142--52222233	3	30.7	3	100	0	184	66	0	0	33	0.92
52223039--52223323	136	2.1	136	97	0	534	32	25	17	24	1.96
52223570--52223623	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
52223587--52223662	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
52225100--52225142	14	3.2	14	75	24	56	41	16	4	37	1.69
52225100--52225209	26	4.2	26	91	0	166	37	22	5	34	1.78
52225100--52225140	12	3.2	13	77	22	50	41	17	4	36	1.71
52227283--52227314	13	2.5	13	94	0	55	62	9	6	21	1.47
52227391--52228037	170	3.7	174	83	8	753	35	18	17	28	1.94
52227391--52227949	88	6.4	87	83	8	626	35	18	16	28	1.93
52227391--52228050	258	2.5	256	81	7	668	35	18	17	28	1.94
52227391--52228037	88	7.4	85	84	7	441	35	18	17	28	1.94
52228896--52228927	16	2.0	16	93	0	55	0	15	0	84	0.63
52240736--52240767	14	2.3	14	94	0	55	56	6	12	25	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52240751--52240878	49	2.7	45	79	11	132	56	7	4	32	1.47
52241315--52241400	3	28.7	3	100	0	172	66	0	0	33	0.92
52243044--52243148	26	4.0	26	93	0	183	32	7	23	36	1.83
52245816--52245857	12	3.5	12	84	12	59	16	2	0	80	0.81
52245819--52245871	24	2.2	24	82	0	61	22	3	1	71	1.12
52247184--52247296	53	2.1	53	86	0	154	34	8	12	44	1.73
52247654--52247689	16	2.2	16	90	0	54	77	5	5	11	1.10
52256151--52256184	18	1.9	18	88	5	52	67	2	20	8	1.31
52258412--52258481	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
52262793--52262945	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
52262794--52262975	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
52270886--52270996	39	2.8	39	90	1	168	25	20	29	24	1.99
52270890--52271026	39	3.5	40	85	1	134	24	22	30	22	1.99
52273395--52273419	11	2.3	11	100	0	50	44	32	0	24	1.54
52276614--52276648	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
52276818--52276846	10	3.0	10	95	5	51	37	0	0	62	0.96
52276997--52277037	18	2.2	18	86	4	55	29	4	12	53	1.58
52277070--52277094	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
52277079--52277134	24	2.3	25	78	9	62	35	5	3	55	1.40
52288406--52288448	19	2.2	19	91	4	68	86	0	13	0	0.58
52288406--52288448	14	3.0	15	83	10	54	86	0	13	0	0.58
52288406--52288448	10	4.4	10	85	5	61	86	0	13	0	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52289706--52290073	43	8.5	42	72	9	168	36	23	20	20	1.95
52289750--52290073	43	7.5	42	73	8	256	36	23	20	20	1.95
52289692--52290073	130	2.9	130	89	3	538	36	22	20	20	1.95
52290082--52290106	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
52292133--52292157	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
52292142--52292197	24	2.3	25	78	9	62	35	5	3	55	1.40
52295156--52295250	27	3.5	26	84	8	127	40	22	22	15	1.91
52295156--52295266	27	4.1	26	80	7	114	38	24	20	16	1.92
52295156--52295266	54	2.1	54	86	6	154	38	24	20	16	1.92
52303133--52303362	40	5.8	40	87	3	295	24	23	27	24	2.00
52303172--52303355	79	2.3	80	90	3	284	25	23	26	25	2.00
52303133--52303362	119	1.9	119	84	3	302	24	23	27	24	2.00
52311208--52311397	79	2.4	80	84	3	233	23	24	28	24	2.00
52311208--52311397	40	4.8	40	86	3	233	23	24	28	24	2.00
52315554--52315639	27	3.2	26	83	8	93	16	23	22	38	1.93
52319131--52319194	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
52319386--52319550	47	3.5	48	89	6	248	27	22	21	28	1.99
52319386--52319550	23	7.0	24	90	4	248	27	22	21	28	1.99
52319606--52319793	94	2.0	94	98	0	367	32	19	15	31	1.94
52319758--52319805	25	2.0	24	87	4	69	25	16	25	33	1.96
52321045--52321331	27	10.6	27	85	3	346	39	8	23	28	1.83
52324091--52324154	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52324347--52324511	23	7.0	24	94	4	275	28	21	21	28	1.99
52324347--52324511	47	3.5	48	92	6	275	28	21	21	28	1.99
52324570--52324626	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
52324558--52324628	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
52324563--52324617	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
52324665--52324712	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
52325933--52326214	27	10.6	27	86	5	362	40	8	22	28	1.84
52328965--52329028	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
52329219--52329383	23	7.0	24	90	4	248	27	21	21	28	1.99
52329219--52329383	47	3.5	48	90	6	248	27	21	21	28	1.99
52329442--52329498	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
52329430--52329500	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
52329435--52329489	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
52329537--52329584	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
52330816--52331104	27	10.7	27	84	2	348	39	8	23	28	1.83
52332155--52332265	27	4.1	26	80	7	123	18	22	21	37	1.94
52334176--52334287	27	4.2	26	85	7	134	38	23	23	15	1.92
52334176--52334287	54	2.1	54	86	3	154	38	23	23	15	1.92
52343743--52343803	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
52351792--52351949	71	2.2	72	97	1	300	28	15	29	26	1.96
52357374--52357414	21	1.9	22	85	5	57	31	21	4	41	1.74
52357824--52357898	28	2.7	28	85	8	107	28	22	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52359055--52359094	20	2.1	19	86	13	55	35	42	2	20	1.65
52359081--52359131	17	3.2	17	71	21	56	31	50	1	15	1.55
52359074--52359165	30	3.1	30	88	0	130	31	44	3	20	1.68
52359494--52359640	3	49.0	3	75	14	117	30	4	1	63	1.21
52359496--52359603	29	3.3	32	76	17	91	29	4	0	65	1.12
52361634--52361662	15	1.9	15	100	0	58	20	20	13	44	1.85
52364517--52364565	25	1.9	26	91	4	82	81	6	12	0	0.86
52367667--52367845	40	4.4	40	82	3	198	26	22	25	25	2.00
52367667--52367845	80	2.2	81	85	3	236	26	22	25	25	2.00
52367703--52367885	80	2.3	80	79	4	190	28	22	24	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444