genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  235  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66471936--66471988	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
66473926--66474108	40	4.6	39	74	8	129	26	23	27	22	1.99
66482034--66482217	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
66482074--66482262	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
66484984--66485132	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
66485025--66485132	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
66493097--66493245	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
66493138--66493245	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
66495512--66495670	45	3.6	44	72	10	126	33	29	15	21	1.94
66495790--66495837	24	2.0	24	100	0	96	25	29	16	29	1.97
66495887--66495925	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
66498216--66498386	46	3.7	46	78	10	195	21	21	28	29	1.98
66498211--66498381	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
66498611--66498648	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
66501038--66501077	21	1.9	21	89	0	62	37	7	12	42	1.71
66501156--66501194	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
66501130--66501258	54	2.4	54	85	2	179	31	10	13	44	1.78
66501311--66501355	19	2.4	19	85	7	56	24	2	20	53	1.57
66501320--66501356	9	3.9	10	82	10	51	24	0	18	56	1.41
66501415--66501502	45	2.0	45	84	4	115	37	13	13	35	1.84
66501974--66502066	48	1.9	48	93	0	159	21	18	16	44	1.87
66502543--66502600	28	2.1	28	100	0	116	44	3	20	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66504939--66504965	13	2.1	13	100	0	54	22	18	37	22	1.95
66509160--66509201	20	2.1	20	82	8	50	19	11	19	50	1.78
66513357--66513420	31	2.1	31	100	0	128	32	25	17	25	1.96
66515624--66515870	27	9.1	27	88	0	341	36	19	19	25	1.95
66515624--66515903	81	3.5	81	84	3	278	35	19	19	25	1.95
66516036--66516064	10	2.9	10	100	0	58	20	37	10	31	1.86
66516264--66516292	8	3.6	8	100	0	58	20	27	41	10	1.85
66516627--66516668	2	21.0	2	95	0	75	47	50	2	0	1.14
66516668--66516699	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
66519740--66519764	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
66525077--66525131	26	2.1	26	100	0	110	29	10	3	56	1.51
66525173--66525213	17	2.3	18	87	4	57	24	24	0	51	1.49
66528716--66528896	46	3.9	46	80	9	224	20	20	29	28	1.98
66528718--66528888	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
66532058--66532109	26	2.0	25	85	14	70	30	26	3	38	1.74
66535256--66535316	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
66539436--66539599	40	4.1	40	88	3	215	24	29	25	21	1.99
66547672--66547871	40	5.0	40	92	3	296	25	28	24	22	1.99
66552320--66552364	20	2.2	20	96	0	81	44	22	4	28	1.72
66554679--66554743	33	2.0	33	84	0	85	24	24	24	26	2.00
66558274--66558313	18	2.2	19	95	4	73	65	5	0	30	1.14
66565461--66565534	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66565461--66565534	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
66566013--66566054	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
66573012--66573110	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
66576206--66576279	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
66576206--66576279	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
66576757--66576804	2	24.0	2	91	0	78	47	0	4	47	1.21
66587104--66587177	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
66587161--66587235	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
66587104--66587235	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
66594976--66595049	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
66595033--66595107	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
66594976--66595107	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
66596676--66596881	53	3.8	54	79	1	234	21	23	17	36	1.94
66600222--66600253	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
66601547--66601621	3	25.0	3	97	0	141	32	0	1	66	1.00
66602771--66602809	18	2.2	18	85	0	51	76	0	5	17	0.96
66605122--66605200	28	2.8	28	80	0	86	36	11	22	29	1.89
66605610--66605650	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
66621289--66621386	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
66630851--66630998	79	1.9	80	81	4	183	22	31	24	21	1.99
66630891--66630998	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
66634891--66634968	28	2.8	27	84	7	93	35	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66638334--66638527	39	4.9	39	92	0	289	24	32	20	22	1.98
66644336--66644416	40	2.0	40	100	0	162	45	9	2	41	1.50
66644560--66644645	43	2.0	43	82	13	106	26	30	18	24	1.98
66655484--66655550	35	1.9	35	100	0	134	50	11	8	28	1.69
66655673--66655879	53	3.8	54	75	4	202	20	24	19	35	1.96
66664203--66664240	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
66671717--66671754	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
66679247--66679284	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
66679513--66679683	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
66679508--66679680	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
66682062--66682246	96	1.9	96	87	0	271	36	16	34	12	1.87
66683683--66683719	9	4.1	9	96	0	65	43	0	0	56	0.99
66684867--66684930	13	4.8	13	69	17	51	40	23	1	34	1.64
66685721--66685757	10	3.5	11	78	14	51	81	0	0	18	0.70
66688834--66688889	18	3.1	18	94	0	103	21	28	23	26	1.99
66693814--66693855	20	2.0	21	86	13	61	30	2	2	64	1.19
66694664--66694705	13	3.2	13	83	9	50	73	4	4	16	1.17
66698438--66698511	29	2.6	29	97	0	139	24	14	32	28	1.95
66698494--66698608	24	4.8	24	97	0	212	20	17	26	35	1.94
66698494--66698630	72	1.9	72	87	3	204	22	17	25	34	1.96
66706226--66706298	29	2.6	28	91	6	112	21	16	32	28	1.95
66706278--66706371	24	3.9	24	97	0	170	20	18	26	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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66710524--66710568	19	2.4	20	78	14	51	17	31	15	35	1.92
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66720045--66720174	55	2.4	55	90	1	208	27	30	20	21	1.98
66720933--66721249	47	6.7	46	75	9	237	22	28	20	29	1.99
66721042--66721252	95	2.3	91	83	5	271	24	29	19	26	1.98
66725659--66725835	49	3.7	47	78	9	160	27	19	28	24	1.98
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66737627--66737776	40	3.8	40	76	14	134	27	24	26	22	2.00
66737663--66737792	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
66740851--66740876	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
66750816--66750961	37	3.9	37	93	0	229	26	29	19	24	1.99
66751108--66751197	46	2.0	46	88	0	135	27	30	7	34	1.85
66751171--66751794	47	13.1	47	89	3	906	25	29	12	31	1.93
66751252--66751323	24	3.1	22	66	24	58	25	31	9	33	1.88
66751171--66751772	194	3.1	192	89	5	914	25	29	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66751171--66751794	241	2.6	239	92	0	1041	25	29	12	31	1.93
66751720--66751795	23	3.3	23	63	23	59	28	31	10	28	1.90
66755092--66755248	29	5.4	29	80	3	165	25	15	32	26	1.96
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66765823--66765974	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
66768020--66768291	40	6.8	40	89	4	406	25	27	22	25	2.00
66769561--66769702	37	3.8	37	93	0	221	26	30	17	24	1.97
66769853--66769981	46	2.8	46	80	8	129	27	30	8	34	1.86
66769916--66770467	47	11.5	47	86	6	750	25	29	12	32	1.93
66770188--66770259	24	3.1	22	66	24	58	25	31	9	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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