genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  294  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85069698--85069745	24	2.0	24	95	0	87	39	8	6	45	1.59
85070856--85070886	11	2.8	11	95	0	53	12	0	12	74	1.08
85071234--85071277	23	1.9	23	90	0	70	52	15	13	18	1.75
85072323--85072496	3	55.3	3	72	17	81	31	5	3	60	1.35
85072633--85072678	3	15.3	3	95	0	83	34	0	0	65	0.93
85077610--85077644	3	11.7	3	87	0	52	74	0	25	0	0.82
85077607--85077645	9	4.3	9	81	12	53	76	0	23	0	0.78
85077776--85077817	22	1.9	22	85	9	59	83	2	2	11	0.84
85078344--85078421	5	15.0	5	72	15	52	75	2	19	2	1.03
85078343--85078393	16	3.2	16	76	20	61	80	1	13	3	0.94
85078341--85078421	32	2.5	31	84	4	99	75	3	18	2	1.07
85079311--85080100	45	17.7	45	79	4	674	30	18	21	29	1.97
85079311--85080100	89	8.9	88	79	5	678	30	18	21	29	1.97
85079311--85080101	133	5.9	133	83	4	693	30	18	21	29	1.97
85079314--85080100	178	4.4	178	80	4	746	30	18	21	29	1.97
85080576--85080619	23	1.9	23	95	0	79	52	18	13	15	1.75
85081593--85081620	11	2.5	11	100	0	56	32	17	0	50	1.47
85081634--85081678	3	15.3	3	95	4	83	31	0	0	68	0.89
85081754--85081803	3	16.3	3	79	4	55	30	4	4	62	1.32
85081940--85081987	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
85083736--85084005	136	2.0	136	100	0	540	31	25	18	24	1.97
85085786--85085866	26	3.2	25	94	5	144	37	27	4	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85096624--85097349	362	2.0	363	99	0	1427	34	11	11	41	1.78
85098022--85098063	9	4.7	9	87	0	66	40	21	11	26	1.88
85098260--85098320	31	2.0	30	87	6	88	34	9	13	42	1.77
85103725--85103827	42	2.5	42	84	6	136	22	21	35	20	1.96
85114017--85114111	40	2.4	39	85	3	120	36	38	12	11	1.80
85121390--85121465	33	2.3	33	93	0	125	15	34	23	26	1.95
85122110--85122139	5	5.8	5	96	4	51	76	0	23	0	0.78
85131234--85131264	16	1.9	16	93	0	53	45	3	3	48	1.34
85132501--85132550	20	2.4	21	80	12	59	50	12	4	34	1.58
85134810--85134906	34	2.8	34	81	10	108	59	2	4	34	1.28
85134843--85134896	14	3.5	15	83	11	65	59	1	5	33	1.31
85135010--85135116	45	2.5	43	73	19	105	58	2	2	35	1.27
85135081--85135182	15	7.0	15	66	24	58	62	0	3	33	1.13
85135105--85135175	31	2.4	30	82	17	80	64	0	4	30	1.12
85135041--85135219	45	4.1	44	75	16	133	60	2	3	32	1.29
85135166--85135219	21	2.7	20	77	11	56	61	5	3	29	1.36
85136857--85137527	288	2.3	289	90	1	1094	30	21	16	31	1.96
85137314--85137649	131	2.7	120	77	10	340	27	23	18	30	1.97
85137658--85137856	43	4.7	43	71	16	121	24	20	22	32	1.98
85137652--85137857	87	2.4	84	82	10	256	24	20	22	33	1.97
85152461--85152558	34	2.8	34	80	12	101	59	2	4	34	1.28
85152494--85152549	14	3.7	15	81	13	69	58	1	5	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85152505--85152556	16	3.3	16	79	17	56	57	1	3	36	1.28
85152669--85152840	7	21.9	8	67	25	61	61	1	3	34	1.21
85152673--85152832	37	4.2	38	71	13	125	61	1	3	33	1.21
85152688--85152804	54	2.2	54	81	15	138	61	1	2	34	1.20
85152818--85152876	27	2.3	26	82	8	68	61	6	5	27	1.43
85152827--85152892	27	2.5	26	78	7	69	60	6	6	27	1.44
85157381--85157532	43	3.5	42	73	10	130	27	15	22	34	1.95
85157469--85157551	43	1.9	43	81	13	100	24	16	25	33	1.96
85163247--85163505	46	5.5	47	80	12	250	27	18	30	22	1.98
85163247--85163563	94	3.4	93	80	11	310	26	19	29	23	1.98
85170379--85170418	17	2.4	16	95	4	71	55	10	5	30	1.54
85170382--85170424	17	2.5	17	88	0	68	51	11	6	30	1.65
85171020--85171091	37	1.9	37	83	10	94	58	6	5	29	1.47
85171623--85171655	17	1.9	17	88	11	50	84	3	12	0	0.72
85171805--85171844	14	2.8	14	88	3	53	17	10	25	47	1.78
85171819--85171905	17	5.1	18	86	8	103	12	8	20	58	1.59
85171799--85171977	54	3.5	53	84	12	188	15	7	20	55	1.65
85171799--85171958	19	9.4	17	76	15	120	15	8	20	56	1.64
85171880--85171984	53	2.0	54	90	1	167	17	12	18	52	1.74
85173003--85173027	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
85173335--85174078	74	10.2	74	73	9	582	33	22	16	28	1.95
85173332--85174055	219	3.3	219	96	0	1317	33	22	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85185705--85185744	17	2.4	16	95	4	71	55	10	5	30	1.54
85185708--85185750	17	2.5	17	88	0	68	51	11	6	30	1.65
85186354--85186425	37	1.9	37	83	10	94	58	6	5	29	1.47
85187136--85187175	14	2.8	14	88	3	53	17	10	25	47	1.78
85187131--85187322	15	11.8	16	73	21	143	15	8	20	55	1.66
85187150--85187268	17	7.0	18	78	13	96	14	8	21	56	1.64
85187130--85187301	32	5.2	34	80	16	145	15	8	20	55	1.65
85187150--85187301	51	3.0	48	78	19	152	15	8	21	55	1.66
85187133--85187317	33	5.7	32	83	14	197	16	8	21	54	1.67
85187153--85187317	33	4.9	33	83	15	214	16	8	21	53	1.68
85188503--85188536	13	2.4	14	90	9	52	26	0	0	73	0.83
85188503--85188543	15	2.8	15	82	17	59	29	0	0	70	0.87
85188621--85188711	46	2.0	46	100	0	182	37	10	14	37	1.81
85190437--85190485	19	2.4	20	80	13	55	69	0	6	24	1.11
85190773--85190815	19	2.3	19	84	8	52	48	0	6	44	1.29
85191979--85192009	15	2.1	15	100	0	62	19	0	25	54	1.44
85196754--85196784	14	2.2	14	94	0	53	22	9	32	35	1.87
85202526--85202551	11	2.4	11	100	0	52	42	7	15	34	1.75
85204438--85204478	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
85205154--85205229	37	2.1	37	92	0	125	31	6	21	40	1.78
85207670--85208040	141	2.6	143	81	11	440	24	12	10	52	1.71
85207766--85208035	149	1.8	145	83	7	357	25	11	12	51	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85208579--85208845	139	1.9	140	88	0	401	53	13	11	22	1.71
85210602--85210643	22	1.9	22	90	0	66	40	16	7	35	1.76
85213868--85213911	5	8.6	5	85	5	61	40	0	18	40	1.50
85214367--85214438	25	2.8	25	75	8	65	22	26	19	31	1.97
85214523--85214580	24	2.4	24	100	0	116	20	22	17	39	1.92
85222046--85222203	68	2.3	68	77	13	153	20	27	15	35	1.94
85224829--85224950	43	2.8	43	79	7	131	26	18	25	30	1.98
85238696--85238774	40	2.0	40	85	5	106	39	20	12	27	1.89
85241448--85241501	20	2.7	20	85	0	72	42	5	25	25	1.77
85248787--85248927	27	5.2	27	81	14	175	19	24	21	34	1.97
85248784--85248927	54	2.7	54	93	2	236	18	25	22	34	1.96
85257969--85257996	13	2.2	13	100	0	56	7	21	39	32	1.80
85275114--85275267	79	1.9	79	84	2	202	30	11	16	42	1.82
85275748--85275793	15	3.1	15	77	0	56	2	21	21	54	1.56
85281793--85281819	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
85287762--85287827	33	2.0	34	84	3	89	57	0	9	33	1.30
85287979--85288074	31	2.9	31	81	13	86	58	5	4	32	1.39
85290175--85290208	14	2.4	14	90	0	50	61	5	14	17	1.52
85290101--85290267	88	1.9	87	92	1	280	34	21	17	26	1.95
85290194--85290338	71	2.0	71	86	0	200	33	22	15	28	1.95
85290265--85290607	87	3.9	87	93	1	537	37	17	16	29	1.91
85290421--85290456	15	2.6	13	87	12	54	61	0	13	25	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85290423--85290454	15	2.2	14	94	5	55	65	0	12	21	1.25
85301922--85302132	3	70.7	3	73	11	134	29	5	3	61	1.34
85301922--85302132	23	9.1	23	69	18	125	29	5	3	61	1.34
85301922--85302041	17	6.4	19	72	18	83	32	4	3	60	1.32
85301926--85302046	32	3.9	30	74	12	111	32	4	3	60	1.32
85301923--85302132	26	7.7	28	71	14	111	29	5	3	61	1.33
85306462--85306500	20	2.0	20	84	0	51	53	2	12	30	1.52
85306495--85306538	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
85306534--85306566	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
85316354--85316388	14	2.5	14	85	0	52	45	25	20	8	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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