genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  179  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49953649--49953717	28	2.5	28	93	4	115	30	27	14	27	1.95
49959649--49959751	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
49966249--49966414	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
49966249--49966398	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
49973366--49973533	40	4.2	40	78	3	178	25	21	27	25	1.99
49973366--49973533	80	2.1	80	83	3	205	25	21	27	25	1.99
49977332--49977496	39	4.2	40	78	4	149	23	27	23	26	2.00
49984790--49984997	40	5.2	40	84	2	249	24	21	27	26	1.99
49990245--49990462	40	5.5	40	88	2	307	24	22	27	25	2.00
49992170--49992201	4	8.2	4	93	6	57	21	0	0	78	0.76
49993213--49993302	29	3.1	28	87	7	128	28	13	27	30	1.94
49996981--49997009	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
49998206--49998384	27	6.6	27	88	2	225	41	21	7	29	1.81
49998214--49998385	54	3.2	53	89	1	254	40	20	8	30	1.82
49998206--49998455	27	9.3	27	82	4	222	40	20	8	30	1.82
49998457--49998626	27	6.3	27	87	0	232	30	22	5	41	1.77
49998441--49998626	81	2.3	81	85	3	266	30	21	6	41	1.78
49998863--49998914	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
49999133--49999253	6	19.8	6	72	16	88	19	19	12	47	1.81
49999166--49999236	19	3.8	19	80	10	83	19	22	12	45	1.84
49999160--49999241	37	2.2	37	93	0	137	19	21	12	46	1.82
49999133--49999241	31	3.4	31	77	15	121	20	20	12	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49999140--49999253	37	3.2	36	78	12	130	19	20	12	48	1.80
50000699--50000806	56	1.9	56	85	7	148	25	15	28	29	1.96
50007222--50007399	81	2.2	81	83	3	225	32	21	6	39	1.80
50007233--50007385	27	5.7	27	85	1	182	31	24	5	39	1.77
50007388--50007544	27	5.8	27	72	8	113	40	20	10	28	1.86
50007661--50007737	27	2.9	28	81	11	90	33	18	23	24	1.96
50008535--50008604	25	2.8	24	84	4	86	24	24	24	27	2.00
50008535--50008617	25	3.4	24	82	11	80	27	21	24	26	1.99
50008751--50008884	42	3.2	42	95	0	241	32	14	19	34	1.91
50008908--50009022	31	3.7	31	87	1	160	26	14	29	28	1.95
50016131--50016603	47	10.1	47	89	1	671	33	11	28	25	1.91
50016577--50016713	46	3.0	46	88	2	204	33	8	32	25	1.87
50019801--50019848	21	2.3	21	82	7	53	64	2	22	10	1.35
50019837--50019901	15	4.0	16	72	16	62	66	3	21	9	1.34
50019839--50019892	18	3.3	16	82	12	65	66	3	20	9	1.35
50021629--50021737	38	2.8	39	91	2	175	33	10	12	43	1.77
50025076--50025150	34	2.2	34	90	2	125	28	25	21	25	1.99
50027830--50027875	19	2.4	19	82	10	58	71	0	26	2	0.97
50031708--50031775	35	1.9	35	93	0	118	50	20	8	20	1.75
50034956--50034988	17	2.0	17	88	5	50	27	15	12	45	1.81
50035268--50035341	34	2.2	34	85	2	105	31	22	21	24	1.99
50037587--50037635	16	3.3	15	85	5	55	44	4	0	51	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50037814--50037871	23	2.4	23	78	16	57	46	10	1	41	1.48
50038149--50038198	3	16.3	3	95	4	91	66	0	0	34	0.92
50047827--50047862	18	2.0	18	100	0	72	11	16	22	50	1.77
50058234--50058302	34	2.0	34	100	0	138	52	5	27	14	1.64
50060700--50060885	40	4.6	40	85	7	193	25	20	26	27	1.99
50060734--50060904	40	4.3	40	85	5	118	27	20	25	26	1.99
50060734--50060918	80	2.3	80	78	11	193	28	20	25	25	1.99
50062621--50062669	8	5.9	8	90	7	71	28	0	0	71	0.86
50069014--50069217	45	4.5	45	91	1	329	25	20	18	36	1.95
50068961--50069217	90	2.9	90	86	3	331	23	19	18	37	1.94
50076205--50076404	45	4.4	45	81	5	224	26	19	16	37	1.93
50076236--50076406	90	1.9	90	92	2	290	28	20	16	35	1.94
50078847--50078906	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
50079553--50079796	49	4.9	50	83	2	303	25	18	27	28	1.98
50082795--50082851	19	3.1	19	82	12	66	36	0	5	57	1.21
50087888--50088143	55	4.8	54	78	10	246	35	17	24	22	1.95
50087896--50088096	108	1.8	110	87	4	300	34	16	24	24	1.96
50088335--50088365	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
50091655--50091827	46	3.7	46	79	14	203	21	20	27	30	1.98
50091652--50091822	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
50092052--50092089	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
50098241--50098495	55	4.8	53	79	9	247	36	17	25	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50098248--50098448	108	1.8	110	89	4	318	34	17	25	22	1.95
50098687--50098717	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
50102418--50102503	44	2.0	44	92	0	145	31	30	18	19	1.96
50109603--50109912	47	6.6	46	70	15	172	26	20	29	23	1.99
50109606--50109821	94	2.3	91	80	6	220	25	20	29	24	1.99
50109788--50109913	49	2.6	50	82	8	145	27	19	30	22	1.98
50116402--50116621	47	4.7	46	75	14	164	25	18	30	25	1.98
50116402--50116567	47	3.6	44	76	12	165	24	17	30	27	1.97
50116305--50116621	94	3.4	94	80	6	315	27	20	28	23	1.99
50117379--50117497	55	2.2	54	79	8	125	23	21	28	26	1.99
50126635--50126732	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
50134692--50134899	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
50134692--50134898	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
50142718--50142925	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
50142718--50142924	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
50144766--50144896	49	2.7	49	84	3	174	25	24	18	32	1.97
50144766--50144954	98	1.9	97	80	5	220	23	23	19	33	1.97
50144866--50145039	46	3.7	45	78	9	145	23	25	19	31	1.98
50145689--50145739	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
50149132--50149165	18	1.9	18	88	5	52	41	5	8	44	1.60
50158398--50158445	23	2.1	23	85	11	64	35	2	4	58	1.29
50158397--50158445	22	2.1	24	78	17	59	34	2	4	59	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50160308--50160425	58	2.0	58	100	0	236	45	16	9	27	1.78
50162785--50162823	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
50164178--50164237	11	5.4	11	77	2	57	20	6	6	66	1.38
50166114--50166157	23	2.0	21	86	8	61	63	6	2	27	1.31
50166145--50166178	16	2.1	16	94	0	59	50	8	2	38	1.49
50171136--50171177	19	2.2	19	86	0	57	23	30	28	16	1.96
50174965--50175058	43	2.2	43	92	0	152	25	12	23	38	1.90
50174976--50175119	43	3.3	43	82	3	157	28	15	21	34	1.94
50177407--50177523	58	2.0	58	100	0	234	28	22	22	27	1.99
50177485--50177665	48	3.9	48	75	11	187	28	24	20	26	1.99
50195179--50195308	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
50203203--50203332	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
50208853--50209030	52	3.5	51	87	6	238	28	15	28	28	1.96
50211766--50211932	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
50211766--50211932	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
50218964--50219130	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
50218964--50219130	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
50221163--50221232	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
50228971--50229040	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
50237629--50237653	10	2.5	10	100	0	50	40	28	0	32	1.57
50238405--50238483	26	3.0	26	90	0	122	36	25	20	17	1.94
50238405--50238510	26	4.1	26	83	2	97	36	23	20	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50238636--50238687	27	1.9	27	84	7	70	30	19	21	28	1.97
50250051--50250234	49	3.7	49	81	5	224	28	27	20	24	1.99
50250044--50250232	102	1.9	102	94	0	333	28	26	20	24	1.99
50250480--50250533	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
50252983--50253047	29	2.3	29	86	2	87	44	3	24	27	1.68
50253592--50253721	47	2.8	47	79	8	138	23	16	25	34	1.95
50256328--50256492	45	3.7	44	80	6	179	32	28	16	21	1.96
50256682--50256720	14	2.6	16	88	8	55	38	17	2	41	1.64
50259720--50259944	40	5.7	39	85	7	267	24	22	26	26	2.00
50267940--50268161	39	5.7	40	85	8	278	24	22	27	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444