genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  126  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32879849--32879875	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
32880989--32881031	21	2.0	21	100	0	86	39	13	23	23	1.90
32884524--32884774	27	9.3	27	85	6	312	28	23	8	39	1.84
32884535--32884863	27	12.2	27	81	1	102	31	23	8	36	1.84
32884524--32884773	54	4.6	54	91	0	392	28	24	8	39	1.84
32884524--32884774	81	3.1	81	85	4	362	28	23	8	39	1.84
32884767--32884916	27	5.6	27	83	0	201	40	20	7	31	1.80
32884765--32884936	81	2.1	80	80	4	193	39	19	10	30	1.85
32884767--32884916	54	2.8	54	92	0	246	40	20	7	31	1.80
32888380--32888630	27	9.3	27	85	6	312	28	23	8	39	1.84
32888391--32888719	27	12.2	27	81	1	102	31	23	8	36	1.85
32888380--32888629	54	4.6	54	91	0	401	28	23	8	39	1.84
32888380--32888630	81	3.1	81	85	4	371	28	23	8	39	1.84
32888623--32888776	27	5.7	27	83	0	209	39	20	7	31	1.81
32888616--32888776	81	2.0	81	87	0	232	39	20	8	32	1.82
32888623--32888773	54	2.8	54	92	0	248	40	21	7	31	1.80
32890532--32890650	42	2.8	42	77	5	114	23	23	34	18	1.96
32891977--32892030	28	1.9	28	88	0	81	38	18	3	38	1.69
32892199--32892340	18	7.9	18	81	0	140	35	16	11	37	1.84
32892191--32892340	36	4.2	36	82	0	183	34	16	11	38	1.84
32892199--32892340	54	2.6	54	89	0	212	35	16	11	37	1.84
32892468--32892576	45	2.3	46	82	4	121	41	20	21	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32892728--32892762	17	2.0	18	88	5	54	37	11	2	48	1.54
32893562--32893602	19	2.1	20	90	4	66	0	26	0	73	0.84
32893656--32893697	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
32893717--32893758	15	2.6	16	85	14	52	50	9	0	40	1.35
32895873--32896064	18	10.1	18	71	11	125	42	16	8	32	1.79
32896186--32896287	53	1.9	53	91	0	168	40	17	19	22	1.92
32896189--32896306	53	2.2	53	84	0	155	41	19	18	20	1.91
32896180--32896316	53	2.4	58	73	14	140	42	18	18	20	1.90
32896860--32896891	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
32897698--32897741	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
32899361--32899398	19	2.0	19	100	0	76	26	0	0	73	0.83
32901501--32901638	68	2.0	68	100	0	276	37	14	20	27	1.91
32901908--32902075	40	4.2	40	78	6	153	23	25	22	27	2.00
32901924--32902073	80	1.9	80	84	8	207	22	26	23	28	1.99
32909129--32909259	40	3.3	40	79	6	158	24	27	22	25	2.00
32909145--32909296	40	3.8	40	77	10	141	23	26	22	27	1.99
32911747--32911841	32	3.0	32	88	0	127	28	24	10	36	1.88
32911919--32912014	28	3.4	28	79	0	111	22	25	20	31	1.98
32911884--32912045	56	2.9	56	81	3	184	24	27	17	30	1.97
32911944--32912045	28	3.6	28	81	5	125	24	31	16	27	1.96
32913809--32913833	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
32918372--32918502	40	3.3	40	79	6	158	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32918388--32918538	40	3.8	40	77	11	141	23	26	23	27	2.00
32920989--32921083	32	3.0	32	88	0	127	28	24	10	36	1.88
32921161--32921256	28	3.4	28	79	0	111	22	25	20	31	1.98
32921126--32921287	56	2.9	56	81	3	184	24	27	17	30	1.97
32921186--32921287	28	3.6	28	81	5	125	24	31	16	27	1.96
32927613--32927822	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
32947945--32948127	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
32955369--32955550	39	4.6	39	86	2	231	23	30	21	24	1.99
32957847--32957896	26	2.0	26	84	4	66	56	2	0	42	1.11
32958670--32958728	30	2.0	30	83	6	75	45	11	10	32	1.74
32966027--32966077	22	2.5	20	73	14	50	49	5	3	41	1.45
32966033--32966073	22	1.9	21	85	5	55	51	7	4	36	1.51
32968383--32968467	24	3.5	24	90	3	118	25	17	23	32	1.97
32976211--32976297	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
32976211--32976319	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
32976211--32976319	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
32978271--32978306	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
32978669--32979767	367	3.0	367	96	0	2013	34	21	18	25	1.96
32986502--32986539	18	2.1	18	100	0	76	47	0	10	42	1.38
32994117--32994181	3	21.7	3	100	0	130	67	0	32	0	0.91
32995822--32995854	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
32997968--32998010	21	2.0	21	100	0	86	55	0	16	27	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32999922--33000001	31	2.7	28	80	7	79	51	3	2	42	1.33
33000315--33000357	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
33000482--33000512	6	5.3	6	96	3	55	51	0	12	35	1.40
33000668--33000703	10	3.8	10	85	14	58	44	5	0	50	1.25
33000668--33000704	18	2.1	18	100	0	74	45	5	0	48	1.25
33001450--33001548	30	3.3	30	91	0	171	26	49	6	18	1.70
33002023--33002152	25	5.5	23	73	10	86	36	6	2	55	1.38
33002097--33002198	25	3.9	26	74	10	84	36	4	2	55	1.36
33002142--33002233	24	3.9	23	78	13	89	32	5	5	56	1.45
33002216--33002274	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
33002393--33002427	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
33008419--33008521	43	2.5	41	84	10	131	45	15	24	14	1.83
33009382--33009548	73	2.3	73	90	1	253	27	17	20	33	1.96
33009528--33009572	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
33009459--33009749	100	2.9	100	90	2	435	24	17	18	39	1.92
33009741--33010009	76	3.7	70	83	11	330	32	14	18	33	1.92
33009753--33010048	76	4.0	75	81	12	260	30	16	19	33	1.94
33010059--33010229	87	2.0	85	83	6	218	28	15	17	38	1.90
33010234--33010592	76	4.9	76	84	7	447	27	17	22	32	1.96
33010531--33010732	85	2.4	83	80	7	232	33	14	18	33	1.91
33011471--33011566	30	3.2	30	93	0	174	26	50	6	17	1.70
33012187--33012292	22	4.9	22	70	12	67	30	7	4	57	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33012407--33012441	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
33017109--33017146	11	3.3	12	82	10	53	76	0	18	5	0.97
33021278--33021399	50	2.5	48	82	5	140	27	21	14	36	1.92
33021396--33021424	10	2.9	10	100	0	58	0	31	20	48	1.50
33023041--33023215	46	3.8	45	76	7	181	28	30	21	20	1.98
33023048--33023220	93	1.9	93	92	0	292	27	30	21	20	1.98
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33061558--33061719	42	3.8	42	82	1	180	28	24	13	33	1.93
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33083335--33083579	47	5.2	47	89	1	384	27	30	8	33	1.86
33086636--33086789	28	5.5	28	67	9	107	27	31	19	20	1.97
33086636--33086842	56	3.7	55	91	5	321	28	29	18	22	1.98
33086801--33086855	25	2.2	25	87	6	76	27	29	12	30	1.93
33087024--33087254	40	5.8	40	95	0	408	25	29	23	20	1.99
33087290--33087402	38	3.0	38	78	8	88	28	30	15	25	1.96
33087312--33087424	38	3.0	38	86	0	154	24	29	16	29	1.97
33087919--33087948	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
33088161--33088280	42	2.8	42	84	1	141	26	25	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33094968--33094998	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
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33101481--33102247	393	1.9	395	89	1	1200	31	20	16	31	1.94
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33105738--33105793	28	2.0	28	96	0	103	35	23	10	30	1.89
33106935--33106991	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
33107172--33107405	116	2.0	116	99	0	459	33	3	13	49	1.61
33107530--33107704	46	3.8	46	74	14	180	21	20	29	29	1.98
33107527--33107697	92	1.8	93	91	1	281	21	21	29	28	1.98
33113858--33114021	40	4.1	40	92	1	249	23	28	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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