genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  185  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51860786--51860925	56	2.6	54	82	9	153	29	20	8	41	1.82
51866370--51866402	16	2.1	16	94	0	57	54	3	0	42	1.15
51866834--51867017	29	6.3	29	78	7	192	22	26	11	39	1.88
51866855--51866928	30	2.5	30	86	2	96	22	29	9	37	1.86
51866834--51866957	59	2.1	59	86	4	171	20	27	12	40	1.87
51866834--51867019	88	2.1	89	86	5	254	22	26	11	39	1.88
51866917--51867054	59	2.4	57	83	11	181	24	23	10	41	1.86
51866946--51867045	29	3.4	29	79	2	119	26	24	9	41	1.84
51874453--51874483	16	1.9	16	100	0	62	58	9	6	25	1.54
51887012--51887233	40	5.7	40	91	3	346	25	22	27	25	2.00
51894621--51894828	40	5.2	40	90	2	314	24	21	27	26	1.99
51896214--51896435	46	4.8	46	83	9	290	20	20	29	29	1.98
51900790--51900960	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
51908884--51909054	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
51922767--51922867	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
51922767--51922917	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
51922763--51922934	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
51929175--51929273	45	2.2	45	87	5	137	20	21	29	29	1.98
51934038--51934196	43	3.7	41	80	6	149	32	25	16	25	1.97
51936100--51936138	20	2.0	20	89	0	60	35	35	20	7	1.81
51936476--51936506	14	2.3	14	94	5	55	45	19	6	29	1.75
51939018--51939069	25	2.1	25	85	0	68	25	19	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51943845--51944070	40	5.7	40	86	4	219	25	26	20	27	1.99
51943873--51944070	80	2.5	80	85	8	276	25	26	20	28	1.99
51944777--51944802	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
51945927--51946056	43	3.0	43	73	14	108	31	25	18	24	1.97
51952559--51952699	74	1.9	75	86	1	203	50	11	13	24	1.74
51952556--51952717	74	2.2	75	82	5	202	50	12	13	23	1.75
51952671--51952764	48	2.0	48	82	0	116	52	14	10	22	1.73
51962925--51962962	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
51963191--51963373	39	4.7	39	84	2	208	28	28	19	22	1.98
51972648--51972933	27	10.7	27	82	4	310	27	15	17	38	1.91
51972663--51972960	80	3.7	79	82	6	341	26	15	18	38	1.91
51972648--51972921	107	2.6	107	84	3	363	28	15	17	37	1.91
51980042--51980238	27	7.5	27	79	10	219	26	15	18	39	1.91
51980042--51980270	81	2.9	81	78	8	247	25	16	18	39	1.91
51985049--51985104	27	2.1	27	96	0	103	48	19	21	10	1.79
51986967--51987190	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
51986967--51987190	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
51995203--51995426	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
51995203--51995426	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
52003094--52003285	50	3.9	49	85	4	224	24	18	28	29	1.98
52003094--52003285	99	1.9	100	85	6	264	24	18	28	29	1.98
52007838--52007969	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52015717--52015790	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
52015774--52015849	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
52015717--52015849	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
52020645--52020870	50	4.5	50	75	8	208	23	18	26	30	1.97
52022981--52023006	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
52027109--52027351	38	5.9	38	68	16	144	29	15	25	29	1.96
52027139--52027230	48	1.9	48	90	0	148	32	15	22	29	1.95
52027109--52027348	86	2.8	86	87	0	329	29	15	25	29	1.96
52031884--52032038	46	3.4	45	77	14	181	21	21	28	29	1.98
52034992--52035060	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
52034983--52035070	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
52037446--52037618	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
52041678--52041876	38	5.0	38	82	10	245	28	16	26	29	1.96
52043603--52043638	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
52047300--52047472	44	3.9	42	79	15	197	21	20	28	29	1.98
52047300--52047464	90	1.8	91	92	3	280	21	21	28	29	1.98
52050412--52050480	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
52050403--52050490	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
52052873--52053045	46	3.7	46	80	10	217	21	21	27	28	1.99
52052870--52053040	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
52057110--52057308	38	5.0	38	82	10	245	28	16	26	29	1.96
52058726--52059012	40	7.3	39	87	5	400	26	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52058726--52059015	119	2.4	120	89	5	439	26	26	21	25	1.99
52067085--52067116	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
52068121--52068190	27	2.6	26	82	8	79	35	21	25	17	1.95
52068296--52068358	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
52075066--52075195	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
52083122--52083251	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
52090412--52090571	56	2.9	54	83	3	194	18	17	33	30	1.94
52092042--52092071	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
52096443--52096485	6	7.0	6	80	15	52	46	13	18	20	1.83
52096604--52096737	27	5.0	26	88	4	160	36	21	23	18	1.95
52096896--52096953	22	2.6	22	97	0	107	29	20	29	20	1.98
52097364--52097439	38	2.0	38	92	0	125	22	19	26	31	1.98
52097403--52097504	27	3.8	27	98	0	195	21	20	22	35	1.96
52098153--52098351	6	32.3	6	73	17	142	48	15	18	18	1.81
52098153--52098351	25	8.1	24	77	12	142	48	15	18	18	1.81
52098185--52098351	62	2.7	62	91	0	262	47	16	18	17	1.82
52098174--52098300	37	3.4	37	82	10	145	48	15	18	17	1.82
52098247--52098323	37	2.1	37	87	4	111	48	18	18	15	1.82
52098469--52098528	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
52098496--52098637	67	2.1	67	84	5	176	30	21	27	20	1.98
52098863--52099087	27	8.3	27	80	8	192	25	19	18	36	1.94
52098863--52099085	54	4.1	53	80	3	248	25	19	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52098867--52099085	81	2.7	81	86	0	278	25	20	18	36	1.95
52099121--52099436	27	11.7	27	83	1	265	30	9	21	38	1.85
52099178--52099436	27	9.6	27	85	1	340	30	8	21	39	1.84
52099177--52099436	54	4.8	54	89	2	398	30	8	21	39	1.84
52099177--52099436	108	2.4	108	94	0	439	30	8	21	39	1.84
52101413--52101611	6	32.3	6	73	17	142	48	15	18	18	1.81
52101413--52101611	25	8.1	24	77	12	142	48	15	18	18	1.81
52101445--52101611	62	2.7	62	91	0	262	47	16	18	17	1.82
52101434--52101560	37	3.4	37	82	10	145	48	15	18	17	1.82
52101507--52101583	37	2.1	37	87	4	111	48	18	18	15	1.82
52101730--52101789	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
52101757--52101898	67	2.1	67	86	5	194	30	21	28	19	1.97
52102128--52102337	81	2.6	81	85	3	282	26	20	17	36	1.94
52102124--52102345	27	8.3	27	82	0	239	26	19	18	36	1.94
52102330--52102399	27	2.6	27	72	0	68	31	7	24	37	1.82
52102383--52102513	27	4.8	26	75	10	86	30	8	21	39	1.83
52102438--52102696	27	9.6	27	84	1	340	30	9	20	38	1.84
52102437--52102696	54	4.8	54	89	2	398	31	9	20	38	1.84
52102437--52102696	108	2.4	108	94	0	439	31	9	20	38	1.84
52103567--52103668	27	3.8	27	89	0	150	28	12	17	41	1.86
52103652--52103724	27	2.7	26	72	8	65	30	5	24	39	1.78
52105802--52105930	42	3.0	42	81	6	136	28	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52108105--52108134	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
52115576--52115836	81	3.2	81	87	1	335	39	22	9	28	1.86
52115576--52115887	27	11.6	27	82	3	263	38	22	9	29	1.85
52115903--52116026	27	4.6	27	78	1	124	33	17	23	25	1.97
52115903--52116027	54	2.3	53	81	1	142	33	17	23	25	1.96
52116456--52116517	22	2.9	21	80	7	70	20	22	22	33	1.97
52116683--52116777	27	3.5	27	84	8	113	20	23	18	37	1.94
52116937--52117023	6	14.2	6	77	13	79	20	19	13	45	1.84
52116927--52117023	31	3.1	31	92	0	149	20	19	13	46	1.83
52123147--52123272	40	3.2	39	78	6	130	20	25	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444