genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20158694--20158931	48	5.0	48	81	2	298	24	20	29	25	1.99
20158707--20159026	48	6.7	47	77	5	187	26	20	29	24	1.99
20158705--20159025	144	2.2	144	84	1	428	26	20	28	24	1.99
20160647--20160794	77	1.9	77	88	0	224	41	18	13	25	1.87
20165131--20165171	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
20168351--20168398	22	2.1	23	92	3	80	25	14	29	31	1.95
20170176--20170227	17	3.0	17	80	11	52	75	3	11	9	1.18
20170267--20170597	152	2.2	153	91	1	531	57	4	7	29	1.47
20171162--20171209	24	1.9	26	87	8	73	10	14	2	72	1.19
20176445--20176479	18	1.9	18	88	0	52	57	8	28	5	1.52
20178832--20178889	29	2.0	29	93	0	98	22	8	25	43	1.82
20181369--20181420	26	2.0	27	85	7	72	40	5	9	44	1.61
20183418--20183614	43	4.6	42	82	3	180	30	24	15	28	1.96
20186675--20186713	20	2.0	21	85	14	57	2	28	5	64	1.28
20186732--20186760	14	2.0	15	93	6	51	0	24	0	75	0.80
20190522--20190563	22	2.0	21	85	4	57	40	38	0	21	1.53
20190778--20190825	22	2.1	22	84	3	60	29	0	20	50	1.49
20190867--20191062	41	4.9	40	83	6	211	20	22	22	33	1.98
20190870--20190983	36	3.0	36	87	6	138	20	25	25	28	1.99
20190870--20191024	77	2.0	77	84	2	204	21	23	24	29	1.99
20191418--20191475	15	3.8	15	77	22	50	43	5	3	48	1.42
20191435--20191473	10	3.9	10	83	10	53	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20191435--20191474	20	2.0	20	90	4	64	42	5	0	52	1.23
20192688--20192722	17	2.1	17	100	0	70	54	5	28	11	1.59
20205814--20205843	5	5.8	5	96	4	51	23	0	0	76	0.78
20205893--20205924	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
20217873--20217917	17	2.6	17	85	0	72	71	0	28	0	0.87
20218447--20218488	14	3.2	13	77	16	50	52	0	9	38	1.34
20219025--20219058	14	2.2	16	90	10	54	29	17	11	41	1.85
20222105--20222131	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
20223281--20223333	25	2.0	26	85	10	72	3	22	0	73	0.99
20237082--20237111	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
20243502--20243557	28	2.0	28	100	0	112	50	7	0	42	1.30
20248683--20248729	19	2.5	19	96	0	85	42	10	21	25	1.85
20250413--20250440	12	2.3	12	100	0	56	50	7	0	42	1.30
20250518--20250551	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
20250702--20250726	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
20253402--20253454	26	2.1	24	83	13	63	37	0	1	60	1.08
20259413--20259482	13	5.6	11	73	20	50	82	2	8	5	0.91
20260779--20260840	31	2.0	31	100	0	124	32	19	16	32	1.94
20261051--20261094	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
20261115--20261156	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
20261119--20261155	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
20265673--20265749	23	3.4	24	79	13	67	54	2	5	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20265816--20265851	4	8.5	4	88	11	54	69	0	30	0	0.89
20265817--20265852	9	4.1	9	92	7	65	66	0	33	0	0.92
20265816--20265852	13	2.8	13	84	15	58	67	0	32	0	0.91
20265816--20265858	13	3.4	12	81	9	50	67	0	32	0	0.91
20267040--20267081	5	8.2	5	91	2	57	38	0	23	38	1.55
20267484--20267684	45	4.5	45	88	0	285	19	19	19	40	1.91
20267870--20268060	18	10.6	18	78	10	167	34	10	16	38	1.84
20267858--20268140	54	5.1	55	73	14	222	35	10	15	38	1.83
20268077--20268140	18	3.6	18	86	0	65	35	7	15	40	1.76
20267858--20268140	36	7.6	36	72	12	223	35	10	15	38	1.83
20271033--20271092	21	2.9	21	84	0	84	43	26	16	13	1.85
20272467--20272548	32	2.6	30	84	11	94	48	6	3	41	1.45
20273669--20273748	19	4.3	19	84	6	101	37	7	16	38	1.77
20280073--20280097	7	3.6	7	100	0	50	64	0	24	12	1.27
20281075--20281827	82	9.2	82	94	0	1272	30	21	24	24	1.99
20282148--20282224	19	4.2	19	90	3	113	35	10	18	36	1.85
20288172--20288230	32	1.9	32	83	10	79	67	1	1	28	1.10
20288193--20288230	19	2.0	19	100	0	76	68	0	0	31	0.90
20289348--20289394	23	2.0	23	83	0	58	27	2	2	68	1.13
20290489--20290532	16	2.7	16	80	13	54	27	0	2	70	0.99
20294655--20294691	9	4.1	9	89	0	56	29	10	10	48	1.72
20295248--20295287	19	2.1	19	90	4	62	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20295250--20295292	22	2.0	22	81	9	52	81	0	18	0	0.69
20300699--20300741	20	2.2	20	91	8	70	60	0	4	34	1.17
20303285--20303309	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
20308440--20308550	38	3.1	38	61	26	87	19	21	36	21	1.95
20308419--20308572	70	2.2	70	94	2	265	20	22	35	21	1.96
20309012--20309049	19	2.0	20	89	5	60	28	13	18	39	1.88
20310875--20310928	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
20310892--20310967	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
20312414--20312547	26	5.2	26	93	0	232	36	25	5	32	1.80
20312414--20312547	52	2.6	52	98	0	259	36	25	5	32	1.80
20316665--20316730	11	5.8	11	73	10	53	65	3	6	25	1.30
20318644--20318694	13	3.7	13	78	19	50	5	1	9	82	0.91
20320859--20320894	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
20322324--20322362	17	2.5	15	84	12	51	30	2	2	64	1.21
20326410--20326465	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
20334366--20334421	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
20334376--20334428	26	2.2	23	83	12	63	33	22	3	39	1.72
20335569--20335613	20	2.2	20	80	7	56	40	0	0	60	0.97
20335761--20335788	11	2.5	11	100	0	56	57	0	0	42	0.99
20340610--20340671	30	2.0	31	90	3	99	48	3	0	48	1.17
20343659--20343701	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
20346815--20346875	31	2.0	31	81	9	72	54	3	3	39	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20347600--20347649	20	2.6	19	81	6	64	34	34	2	30	1.69
20361471--20361608	27	5.1	27	83	11	176	34	21	24	18	1.96
20361471--20361608	54	2.6	54	94	2	233	34	21	24	18	1.96
20363228--20363334	26	4.2	26	95	2	198	35	27	6	30	1.82
20363228--20363334	51	2.1	52	96	1	198	35	27	6	30	1.82
20368561--20368716	27	5.8	27	84	11	196	34	21	24	19	1.96
20368579--20368716	54	2.6	54	96	2	251	34	23	23	18	1.96
20370336--20370416	26	3.2	26	98	1	155	35	27	6	30	1.81
20373043--20373095	18	3.0	17	84	13	63	39	0	0	60	0.97
20373043--20373084	9	4.9	8	91	8	57	38	0	0	61	0.96
20379036--20379168	26	5.2	26	93	0	223	36	25	7	30	1.84
20387763--20387806	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
20391446--20391505	28	2.1	29	87	3	86	48	28	0	23	1.51
20391475--20391519	22	2.1	22	87	4	65	53	22	0	24	1.46
20393287--20393413	65	2.0	65	96	0	236	36	6	13	44	1.69
20398160--20398196	16	2.3	16	100	0	74	27	13	16	43	1.85
20399792--20399911	30	3.9	30	77	15	129	53	5	1	40	1.33
20403867--20403899	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
20405627--20405862	46	5.2	45	88	3	319	43	15	22	18	1.87
20405627--20405839	92	2.3	92	93	1	356	42	15	23	18	1.88
20408258--20408325	34	2.1	34	83	10	88	64	0	4	30	1.13
20408577--20408626	24	2.0	25	88	3	75	64	0	2	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20408642--20408867	3	71.3	3	66	23	65	59	1	3	34	1.26
20408672--20408756	19	4.6	18	73	15	59	60	2	2	35	1.23
20408643--20408727	21	4.1	20	76	22	77	60	2	3	34	1.27
20408647--20408761	43	2.8	40	80	10	110	60	2	2	34	1.25
20408715--20408775	25	2.4	25	78	13	72	62	3	1	32	1.21
20408710--20408791	36	2.4	33	86	9	112	62	2	1	34	1.16
20408691--20408888	80	2.5	81	77	9	210	60	1	3	35	1.19
20408730--20408904	99	1.8	94	83	12	232	60	0	4	34	1.20
20410425--20411192	210	3.7	208	88	2	1001	29	21	18	31	1.97
20419215--20419264	15	3.5	15	82	15	61	42	10	24	24	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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