genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  311  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89779687--89779800	38	3.0	38	98	0	219	22	26	19	31	1.98
89783304--89783577	50	5.5	50	87	0	361	28	20	27	24	1.99
89785509--89785770	48	5.5	48	80	4	284	21	28	21	29	1.98
89785509--89785770	142	1.9	140	87	4	384	21	28	21	29	1.98
89785549--89785768	94	2.3	93	88	5	327	20	29	21	29	1.98
89787950--89787984	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
89789324--89789350	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
89790688--89790723	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
89795501--89795612	49	2.3	50	80	10	124	24	27	17	30	1.97
89795631--89795845	46	4.6	48	75	9	176	24	26	20	28	1.99
89795631--89795844	94	2.3	93	82	8	238	24	26	20	28	1.99
89799258--89799309	21	2.5	22	81	12	65	57	1	0	40	1.10
89799207--89799300	34	2.8	32	73	17	84	51	3	3	42	1.34
89799372--89799449	22	3.5	23	74	10	65	62	0	0	37	0.95
89799402--89799432	10	3.2	10	90	9	55	61	0	0	38	0.96
89799381--89799444	32	2.0	32	85	11	87	64	0	0	35	0.94
89799427--89799460	14	2.5	13	86	9	50	76	0	2	20	0.92
89799494--89799553	17	3.3	18	77	9	61	76	11	6	5	1.13
89800448--89800475	8	3.5	8	100	0	56	28	14	35	21	1.92
89805504--89805551	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
89805595--89805653	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
89805705--89805871	23	7.1	23	95	2	280	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89805704--89805893	24	8.0	23	91	4	265	27	22	22	27	1.99
89805703--89805892	71	2.7	70	90	4	292	27	22	22	27	1.99
89806084--89806147	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
89808275--89808316	3	14.0	3	89	0	66	30	0	4	64	1.14
89810435--89810490	20	2.8	20	94	0	94	35	12	21	30	1.90
89810543--89810732	24	8.0	24	92	4	289	27	22	22	28	1.99
89810545--89810711	23	7.1	23	95	2	280	27	22	21	28	1.99
89810544--89810732	71	2.7	70	90	4	290	27	22	22	28	1.99
89810924--89810987	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
89813031--89813075	23	2.0	23	86	8	65	40	22	0	37	1.54
89813398--89813530	39	3.4	39	95	0	221	36	23	27	12	1.91
89816565--89816598	17	2.0	17	88	0	50	8	20	38	32	1.84
89818903--89818981	41	1.9	41	97	0	149	30	13	10	45	1.77
89832153--89832177	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
89843105--89843440	170	2.0	170	96	0	627	34	22	11	31	1.89
89845585--89845619	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
89848819--89848870	24	2.2	24	100	0	104	42	44	5	7	1.57
89855222--89855250	15	2.0	15	93	6	51	10	13	27	48	1.75
89856252--89856280	12	2.4	12	100	0	58	6	13	31	48	1.69
89856308--89856559	113	2.2	114	77	8	253	33	21	22	22	1.97
89857229--89857346	28	4.1	28	77	13	109	16	0	38	43	1.55
89857232--89857362	7	18.6	7	71	16	56	19	1	37	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89857519--89857585	28	2.4	29	82	7	77	16	1	34	47	1.56
89857554--89857603	21	2.4	21	90	3	75	22	2	36	40	1.65
89857372--89857865	202	2.4	199	89	4	749	26	2	27	43	1.69
89857755--89857810	21	2.7	21	83	2	69	28	0	32	39	1.57
89857772--89857844	28	2.6	29	80	12	96	28	0	28	42	1.56
89858441--89858483	10	4.2	10	85	8	52	20	48	2	27	1.62
89859461--89859510	26	2.0	26	84	7	68	36	2	2	60	1.20
89859626--89859685	22	2.7	22	84	5	77	11	40	21	26	1.88
89860953--89861388	106	4.1	106	91	2	700	33	5	4	55	1.44
89861499--89861710	9	22.9	9	69	18	100	48	15	0	35	1.51
89861496--89861673	18	9.7	18	70	13	121	48	15	1	34	1.53
89861456--89861729	74	3.7	74	98	0	530	48	14	1	34	1.55
89861646--89861751	56	2.1	49	84	15	135	47	15	0	36	1.52
89863482--89863506	12	2.1	12	100	0	50	32	8	28	32	1.86
89865836--89865946	47	2.4	47	77	8	120	36	21	14	27	1.92
89872691--89872745	21	2.6	21	86	11	85	30	20	49	0	1.49
89880006--89880062	30	1.9	30	92	0	96	56	8	7	28	1.56
89880100--89880142	22	2.0	22	86	9	61	58	13	9	18	1.62
89881180--89881243	29	2.2	30	86	8	87	45	12	7	34	1.71
89881675--89881703	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
89885416--89885458	20	2.2	20	100	0	86	39	11	13	34	1.82
89885877--89885910	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89886472--89886556	41	2.1	41	100	0	170	27	11	14	47	1.78
89888407--89888465	31	1.9	31	86	6	84	11	33	35	18	1.88
89899878--89899986	42	2.6	42	80	2	130	31	23	15	29	1.95
89904139--89904593	46	9.6	49	78	7	311	23	28	19	28	1.98
89904139--89904583	94	4.7	96	79	7	301	23	28	19	28	1.98
89904139--89904543	49	8.5	46	76	6	260	22	28	19	28	1.98
89904231--89904487	94	2.7	94	87	1	343	22	28	20	28	1.98
89907128--89907245	42	2.8	42	83	2	139	29	23	17	28	1.97
89910802--89910856	24	2.3	23	79	14	58	34	3	1	60	1.25
89917696--89917725	15	2.0	15	93	0	51	43	13	0	43	1.43
89923680--89923867	42	4.5	42	85	1	225	18	23	14	43	1.87
89923680--89923862	84	2.2	84	86	3	253	18	23	14	43	1.86
89923678--89923867	21	9.0	21	72	4	150	19	23	14	43	1.87
89925744--89926027	135	2.1	136	97	0	534	31	24	18	25	1.98
89926275--89926328	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
89927807--89927941	26	5.2	26	92	1	227	37	24	5	33	1.78
89927807--89927941	51	2.6	52	95	2	245	37	24	5	33	1.78
89931622--89931904	135	2.1	135	95	1	514	31	24	18	24	1.98
89932152--89932205	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
89933682--89933792	26	4.3	26	95	0	195	36	26	4	33	1.77
89942476--89942529	22	2.5	22	91	5	85	61	3	0	35	1.14
89943284--89943328	23	2.0	23	86	0	63	33	0	4	62	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89943714--89943740	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
89949935--89949963	14	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
89952746--89952863	43	2.8	41	81	10	148	31	20	15	33	1.93
89955347--89955383	19	1.9	20	88	5	58	35	2	8	54	1.44
89956230--89956254	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
89958690--89958729	18	2.2	18	90	0	62	52	17	15	15	1.75
89963898--89963936	13	3.0	13	88	0	60	25	33	28	12	1.93
89964122--89964147	13	2.0	13	100	0	52	15	30	23	30	1.95
89968650--89968689	19	2.1	19	90	0	62	35	25	10	30	1.88
89970731--89970829	30	3.3	30	95	0	171	19	35	27	18	1.95
89972298--89972335	18	2.1	18	95	0	67	36	10	7	44	1.68
89992126--89992184	19	3.1	19	73	11	57	49	6	0	44	1.29
89992456--89992526	18	3.7	18	70	17	54	22	5	2	69	1.23
89993132--89993212	22	3.8	22	83	8	87	66	3	2	27	1.21
89993323--89993365	18	2.4	18	78	17	54	69	0	9	20	1.15
89993510--89993567	30	1.9	30	83	13	75	36	5	5	53	1.46
90006500--90006533	10	3.4	10	83	0	50	50	0	5	44	1.26
90006502--90006628	20	6.6	19	69	20	77	45	3	8	42	1.50
90006586--90006652	19	3.5	19	69	17	57	46	5	5	41	1.53
90006573--90006646	38	1.9	38	88	0	112	50	4	9	36	1.54
90009757--90009861	45	2.3	45	86	0	138	46	19	15	19	1.84
90009850--90009949	45	2.2	45	82	3	112	40	16	19	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90009909--90010045	45	3.0	44	78	8	123	46	16	18	18	1.84
90009926--90010052	46	2.8	46	86	1	166	48	15	18	17	1.82
90015766--90015945	46	3.9	47	85	7	228	21	23	13	41	1.88
90015766--90015945	91	2.0	92	84	5	240	21	23	13	41	1.88
90015979--90016119	54	2.6	54	100	0	282	30	26	19	24	1.98
90018137--90018188	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
90020857--90021014	43	3.7	43	77	8	151	32	24	15	27	1.95
90024020--90024100	38	2.1	38	93	4	137	23	33	28	14	1.94
90025251--90025484	48	4.8	48	82	3	200	25	26	16	31	1.97
90025251--90025484	96	2.4	97	80	2	265	25	26	16	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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