genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  48  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11557695--11557912	94	2.3	94	90	2	332	47	15	15	22	1.82
11560508--11560536	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
11561717--11562023	43	7.2	42	95	2	517	22	19	32	25	1.97
11561717--11562001	85	3.3	85	97	0	543	21	19	34	24	1.96
11562074--11562140	31	2.2	31	83	0	80	59	17	4	17	1.53
11562075--11562153	31	2.5	31	79	4	77	62	18	3	15	1.47
11562397--11562442	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
11568086--11568292	9	22.6	9	72	11	116	38	0	13	47	1.49
11568086--11568323	62	3.9	63	75	7	222	38	1	12	47	1.50
11568062--11568265	105	1.9	105	86	3	286	38	0	12	48	1.48
11568086--11568296	26	8.0	27	72	12	143	38	0	12	47	1.48
11568191--11568292	53	1.9	52	88	4	143	36	0	14	48	1.51
11568196--11568312	27	4.4	27	83	5	69	38	1	12	47	1.52
11568397--11568452	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
11568628--11568677	24	2.1	23	92	3	82	48	12	14	26	1.78
11568759--11570039	370	3.5	371	99	0	2530	38	10	14	36	1.80
11571068--11571107	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
11574748--11575058	131	2.4	131	85	2	383	34	19	18	26	1.96
11576266--11576476	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
11576232--11576518	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
11576765--11576816	25	2.0	26	82	10	63	25	15	23	36	1.93
11578279--11578414	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11582199--11582253	26	2.1	27	93	3	94	30	18	16	34	1.93
11582744--11582789	23	2.0	24	91	4	76	45	13	6	34	1.69
11586517--11586581	32	2.0	32	96	0	121	32	6	23	38	1.79
11588363--11588649	137	2.1	137	98	0	547	25	19	24	31	1.98
11591167--11591206	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
11591268--11591382	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
11591268--11591382	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
11592991--11593100	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
11596903--11596942	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
11597004--11597118	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
11597004--11597118	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
11598726--11598835	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
11600467--11600528	26	2.3	26	77	2	61	32	22	14	30	1.94
11605762--11605898	58	2.3	59	79	12	147	27	19	25	27	1.99
11607344--11607451	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
11611976--11612022	16	2.9	16	84	9	60	17	10	12	59	1.60
11613142--11613186	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
11614874--11614941	23	3.0	23	93	2	111	38	17	7	36	1.78
11614897--11615042	19	7.8	19	86	12	196	36	14	10	37	1.81
11614934--11615042	17	6.4	15	87	8	85	36	13	11	38	1.81
11614920--11615042	54	2.3	54	98	0	237	36	13	11	38	1.81
11614920--11615039	35	3.3	35	88	9	188	36	14	11	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11615609--11615740	41	3.1	41	67	21	119	36	25	12	25	1.92
11615580--11615958	87	4.4	87	90	1	566	32	27	15	25	1.95
11615580--11616045	174	2.7	174	86	5	554	30	26	15	26	1.96
11615924--11616265	44	7.8	44	81	8	378	27	26	16	29	1.97
11615834--11616265	218	2.0	218	90	2	679	28	27	15	28	1.96
11617233--11617273	20	2.1	19	95	4	73	0	12	0	87	0.53
11624034--11624109	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
11624070--11624192	19	6.8	19	87	10	195	35	14	12	37	1.84
11624070--11624192	54	2.3	54	98	0	237	35	14	12	37	1.84
11624084--11624192	17	6.4	15	85	8	76	35	14	11	37	1.83
11624070--11624189	35	3.3	36	87	6	181	35	15	12	36	1.85
11629445--11629498	27	2.0	28	92	3	92	18	11	16	53	1.72
11631092--11631162	23	3.1	23	95	0	133	25	4	18	52	1.63
11633675--11633722	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
11633770--11633825	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
11633759--11633825	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
11633875--11633994	24	5.1	23	90	2	168	28	20	20	30	1.97
11633874--11634001	47	2.7	48	87	3	179	28	20	21	29	1.98
11634208--11634268	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
11644598--11644691	6	15.3	6	71	16	68	50	15	14	19	1.79
11644612--11644691	31	2.6	31	85	0	115	50	16	15	18	1.79
11644812--11644917	27	4.0	26	87	3	140	38	21	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11644812--11644917	53	2.0	53	86	0	149	38	21	22	16	1.93
11645076--11645139	22	2.9	22	77	9	67	31	20	25	23	1.98
11645528--11646130	27	22.3	27	87	0	760	24	19	20	35	1.95
11646169--11646433	27	9.9	27	79	5	252	30	9	21	38	1.85
11648383--11648476	6	15.3	6	70	16	59	50	13	15	20	1.78
11648406--11648476	31	2.3	31	90	0	115	50	15	15	18	1.78
11648596--11648703	27	4.0	26	84	5	108	37	21	22	18	1.94
11648596--11648703	54	2.0	53	83	1	135	37	21	22	18	1.94
11648862--11648925	22	2.9	22	79	9	76	31	21	25	21	1.98
11649316--11649745	27	15.9	27	84	0	518	26	20	18	35	1.95
11649737--11650027	27	10.9	27	74	7	182	32	8	20	38	1.84
11649775--11650027	107	2.4	106	79	4	265	32	9	19	39	1.83
11649800--11650039	81	3.0	82	81	6	274	32	9	20	38	1.84
11649737--11650040	134	2.3	134	80	3	308	31	9	21	38	1.85
11649790--11650048	27	9.6	27	78	0	232	30	8	21	39	1.84
11649854--11650067	107	2.0	107	84	1	277	31	8	20	39	1.83
11650945--11650988	22	2.0	22	86	8	63	43	0	4	52	1.22
11656966--11656998	12	2.8	12	95	0	57	9	21	42	27	1.83
11664158--11664258	31	3.3	30	79	5	103	19	27	37	14	1.91
11669548--11669831	136	2.1	136	96	2	518	31	25	18	24	1.98
11671609--11671743	26	5.2	26	94	1	218	36	23	5	34	1.77
11673265--11673431	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11673281--11673431	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
11674621--11674729	54	2.0	53	82	8	132	28	15	18	37	1.91
11681255--11681384	40	3.3	37	75	8	116	26	28	22	22	1.99
11687317--11687369	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
11688847--11688956	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
11694571--11694684	26	4.2	26	89	8	156	36	23	5	34	1.78
11694571--11694684	56	2.1	52	87	6	156	36	23	5	34	1.78
11697159--11697208	19	2.7	18	80	14	66	54	0	0	46	1.00
11705552--11705587	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
11706159--11706206	6	7.7	6	77	9	51	75	0	2	22	0.91
11709486--11709535	24	2.1	24	100	0	100	42	24	16	18	1.89
11714088--11714118	9	3.3	9	95	4	53	19	0	0	80	0.71
11722690--11722730	19	2.2	19	86	8	57	31	19	7	41	1.79
11731193--11731343	45	3.4	45	73	5	135	31	16	21	30	1.95
11731245--11731452	45	4.7	44	74	8	145	31	16	23	29	1.96
11735556--11735660	51	2.1	51	100	0	210	31	28	11	28	1.92
11736065--11736090	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
11736400--11736444	22	2.0	23	86	4	65	35	26	24	13	1.92
11736401--11736449	22	2.3	21	82	10	55	32	22	28	16	1.95
11737657--11737690	16	2.1	17	88	5	52	29	5	2	61	1.34
11739456--11739568	43	2.6	44	75	12	117	35	3	0	60	1.20
11739522--11739573	19	2.6	20	82	14	63	32	1	1	63	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11745232--11745401	90	1.9	89	86	3	243	38	15	18	26	1.91
11745224--11745416	90	2.2	90	81	8	241	37	15	20	26	1.92
11748482--11748524	17	2.4	18	84	7	52	62	0	2	34	1.08
11748460--11748524	20	3.5	19	78	14	64	63	0	4	32	1.15
11752527--11752572	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
11756423--11756546	64	1.9	64	88	3	187	30	17	15	36	1.91
11756634--11756971	89	3.9	87	79	6	351	35	20	22	21	1.96
11756614--11756983	87	4.2	87	78	5	334	34	20	23	21	1.97
11756614--11756942	176	1.9	176	85	2	464	35	19	23	21	1.96
11756909--11757059	76	2.0	76	86	0	212	28	23	24	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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