genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  36  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8831403--8831447	10	4.6	10	84	13	58	62	4	2	31	1.27
8840451--8840513	21	3.2	20	72	17	60	63	1	26	7	1.31
8851545--8851573	12	2.4	12	100	0	58	41	0	17	41	1.49
8853044--8853074	14	2.2	14	94	0	53	61	0	16	22	1.34
8853083--8853163	42	1.9	42	94	0	144	58	8	28	4	1.49
8853922--8854032	47	2.4	47	80	6	136	25	14	23	36	1.93
8855279--8855324	22	2.1	22	84	15	60	32	10	15	41	1.82
8859397--8859453	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
8860881--8860941	3	20.0	3	96	3	113	65	0	0	34	0.93
8861256--8861312	19	2.9	20	73	5	71	54	10	5	29	1.56
8861567--8861637	3	23.3	3	97	2	133	66	0	0	33	0.92
8862518--8862588	26	2.7	27	88	4	108	16	29	0	53	1.44
8863652--8863723	31	2.3	31	100	0	144	19	30	15	34	1.93
8864084--8864550	133	3.5	132	72	10	410	30	22	17	29	1.96
8863988--8864418	135	3.2	134	71	12	423	30	20	16	31	1.95
8863979--8864550	268	2.1	268	90	0	885	29	22	17	30	1.96
8868755--8868843	46	2.0	45	91	4	144	28	25	13	32	1.94
8878600--8878707	42	2.5	43	86	4	157	31	28	18	21	1.97
8883888--8883932	14	3.2	14	90	0	63	48	31	0	20	1.49
8883937--8883976	19	2.0	21	85	9	57	50	2	0	47	1.14
8884384--8884412	14	2.0	15	93	6	51	41	31	0	27	1.56
8884473--8884516	18	2.5	19	75	24	51	43	22	4	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8884703--8884920	41	5.3	41	91	3	350	19	27	23	29	1.98
8885075--8885376	132	2.4	120	73	14	282	33	21	18	26	1.96
8885119--8885363	132	1.9	132	86	0	355	36	20	17	24	1.95
8885670--8885744	3	24.7	3	91	2	123	65	1	0	33	1.01
8886385--8886433	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
8887314--8887384	26	2.7	27	88	4	108	16	29	0	53	1.44
8900074--8900247	70	2.5	69	85	4	217	28	13	23	34	1.93
8900267--8900397	70	1.9	70	95	0	235	23	16	25	34	1.95
8900337--8901105	139	5.5	140	96	2	1424	25	17	20	37	1.94
8900802--8900826	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
8900337--8901105	416	1.8	420	96	2	1433	25	17	20	37	1.94
8901025--8901249	72	3.0	72	84	10	283	30	16	18	34	1.93
8901203--8901298	49	2.0	49	95	0	174	30	15	20	33	1.94
8901131--8901370	121	2.0	121	94	0	417	31	16	18	34	1.93
8901252--8901604	75	4.7	75	87	5	455	30	17	19	32	1.95
8901598--8902190	88	7.2	77	72	17	394	27	17	18	36	1.93
8901598--8901979	79	4.7	76	75	13	280	28	17	18	34	1.94
8901379--8902190	253	3.3	240	84	7	928	28	17	19	34	1.94
8901961--8902022	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
8903625--8903654	13	2.3	13	94	0	51	26	0	10	63	1.26
8905645--8905678	17	2.0	17	100	0	68	23	11	23	41	1.87
8908790--8908847	25	2.3	25	82	8	64	37	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8910294--8910396	43	2.4	43	88	3	145	32	7	14	45	1.73
8912390--8912713	156	2.1	156	86	0	450	36	12	20	30	1.90
8915537--8915566	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
8916411--8916445	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
8917089--8917667	88	7.0	83	71	15	299	36	18	16	27	1.93
8917257--8917318	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
8917428--8917808	79	5.0	76	79	6	375	33	18	16	30	1.94
8917467--8917994	72	6.8	73	75	12	423	33	19	17	29	1.95
8917833--8917994	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
8917988--8918159	73	2.3	77	84	6	235	32	20	19	27	1.97
8917664--8918320	165	4.0	165	90	3	929	33	20	18	27	1.96
8918139--8918173	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
8917664--8918585	330	2.9	326	83	8	1036	33	21	17	27	1.96
8918343--8918447	53	2.0	53	85	9	142	39	19	13	28	1.89
8918149--8918603	72	6.3	72	71	14	305	37	21	16	25	1.94
8918603--8918865	70	3.7	71	83	5	347	38	22	14	25	1.91
8918441--8919032	262	2.3	257	94	2	1024	36	22	14	25	1.93
8924153--8924189	12	3.1	12	88	0	56	43	5	27	24	1.76
8924149--8924189	16	2.5	17	84	11	59	41	7	26	24	1.81
8926423--8926452	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
8927294--8927327	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
8927294--8927330	17	2.2	17	90	9	58	0	8	2	89	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8936521--8936563	13	3.4	13	80	3	52	37	0	0	62	0.95
8936716--8936748	14	2.4	14	94	0	57	69	6	0	24	1.10
8941803--8941880	29	2.6	31	80	8	81	53	6	14	25	1.64
8944373--8944424	25	2.1	25	82	7	61	53	1	5	38	1.36
8951798--8951872	32	2.3	32	93	0	123	24	16	44	16	1.86
8952368--8952414	20	2.4	19	89	10	69	46	4	2	46	1.34
8953061--8953111	24	2.1	24	82	13	61	13	11	0	74	1.07
8955045--8955108	24	2.7	23	79	13	67	62	0	3	34	1.11
8955057--8955103	18	2.7	17	80	9	51	61	0	2	36	1.08
8966449--8966540	46	2.0	46	97	0	175	35	6	15	42	1.73
8966447--8966525	23	3.4	23	71	15	81	37	5	15	41	1.69
8979756--8979793	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
8993046--8993091	22	2.1	22	88	8	67	41	0	6	52	1.27
8993884--8994087	69	2.9	68	86	2	282	24	11	16	47	1.80
8995325--8995352	11	2.5	11	100	0	56	10	28	0	60	1.30
8995412--8995474	30	2.1	30	90	0	99	26	3	12	57	1.51
8995555--8995597	18	2.3	19	80	15	54	23	0	11	65	1.25
8995598--8995631	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
9003223--9003266	11	4.0	11	78	0	52	22	4	0	72	1.02
9009759--9009816	19	3.3	19	63	22	54	29	12	6	51	1.65
9009764--9009826	33	1.9	33	100	0	126	31	14	6	47	1.69
9010241--9010298	28	2.1	28	90	0	89	65	5	6	22	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9014693--9014767	30	2.5	29	78	18	82	60	2	2	34	1.25
9014815--9014840	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9020689--9020835	60	2.4	62	79	5	147	21	16	13	48	1.80
9021292--9021363	32	2.3	32	85	2	92	44	8	18	29	1.78
9021875--9021899	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9025998--9026024	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
9027347--9027396	24	2.1	24	100	0	100	38	12	12	38	1.80
9030068--9030127	7	8.6	7	100	0	120	58	0	0	41	0.98
9030468--9030519	25	2.0	26	85	10	72	53	3	13	28	1.57
9030601--9030652	26	2.0	26	100	0	104	38	11	19	30	1.87
9033107--9033167	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
9038062--9038090	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
9039561--9039600	17	2.5	16	88	8	55	67	0	0	32	0.91
9039797--9039828	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9044351--9044377	12	2.2	12	100	0	54	77	0	0	22	0.76
9046099--9046138	21	2.0	20	85	5	53	40	22	12	25	1.89
9046530--9046936	88	4.6	88	86	0	503	20	23	22	33	1.97
9046608--9046840	44	5.3	44	64	13	120	20	24	22	33	1.97
9046819--9046936	43	2.7	43	80	1	137	20	24	22	33	1.97
9046784--9046934	44	3.5	43	75	2	140	22	23	21	32	1.98
9055341--9055385	22	2.0	22	83	8	56	17	22	2	57	1.50
9071341--9071383	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9074000--9074031	14	2.1	16	88	11	50	53	15	12	18	1.73
9076066--9076108	18	2.3	19	88	4	61	65	0	4	30	1.13
9076506--9076555	24	2.1	24	85	7	66	52	2	10	36	1.47
9080548--9080585	2	19.5	2	83	5	51	50	5	0	44	1.24
9082241--9082292	24	2.2	24	82	0	59	53	5	3	36	1.43
9083647--9083687	20	2.0	21	90	9	68	56	21	4	17	1.60
9087019--9087077	23	2.5	25	82	17	74	52	1	1	44	1.21
9087009--9087073	30	2.3	27	78	7	67	53	1	1	43	1.19
9087610--9087662	12	4.1	14	71	24	53	37	0	1	60	1.08
9087610--9087661	18	2.7	21	77	17	58	36	0	1	61	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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