genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  299  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86437330--86437369	18	2.3	18	86	4	55	12	7	0	80	0.91
86438026--86438078	28	2.0	27	82	10	65	39	5	0	54	1.24
86438251--86438335	36	2.4	36	76	7	93	30	9	2	57	1.43
86453022--86453056	17	2.1	17	100	0	70	34	25	5	34	1.80
86456528--86456817	41	7.1	39	86	7	332	34	24	23	17	1.95
86456529--86456817	82	3.5	81	85	6	370	34	24	23	16	1.95
86456871--86456903	15	2.1	16	88	5	50	51	33	0	15	1.43
86457180--86457223	14	3.2	13	81	12	52	18	0	43	38	1.50
86457775--86457837	19	3.3	19	95	2	108	66	6	4	22	1.33
86457862--86457913	15	3.5	15	78	5	61	21	0	32	46	1.52
86460212--86460321	26	4.2	26	95	0	193	33	3	23	39	1.72
86460229--86460321	13	7.2	13	65	26	54	33	4	22	39	1.74
86466033--86466115	26	3.2	26	96	1	150	33	3	24	38	1.73
86467596--86467647	25	2.0	26	85	3	70	36	23	13	26	1.92
86471801--86471907	26	4.2	26	96	3	184	33	3	25	37	1.74
86477585--86477694	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
86483367--86483474	26	4.2	26	94	3	184	33	4	25	37	1.76
86489136--86489241	25	4.2	25	96	2	187	33	3	25	36	1.74
86494228--86494329	23	4.4	23	89	0	168	36	3	20	39	1.71
86494801--86494989	43	4.4	43	93	0	317	17	20	31	30	1.96
86495443--86495550	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
86498309--86498349	20	2.0	20	100	0	82	39	4	9	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86501096--86501372	146	1.9	146	94	0	491	39	7	17	35	1.79
86503963--86504033	9	8.2	8	71	13	52	30	2	1	64	1.16
86503964--86504033	25	2.7	25	80	10	79	31	2	1	64	1.17
86505023--86505079	28	2.0	28	93	0	96	24	22	24	28	2.00
86509938--86509972	17	2.1	17	100	0	70	28	17	22	31	1.96
86511670--86511732	27	2.3	26	78	5	63	26	28	0	44	1.55
86513610--86513660	26	2.0	26	88	3	77	64	1	0	33	1.05
86513622--86513670	26	2.0	24	92	8	80	63	4	0	32	1.13
86513653--86513685	12	2.8	12	86	4	50	75	6	0	18	1.00
86513625--86513686	26	2.6	25	80	12	67	69	4	0	25	1.08
86513657--86513699	21	2.0	21	86	4	59	72	9	0	18	1.11
86516483--86516603	42	2.9	42	90	3	181	28	21	21	28	1.99
86517066--86517106	18	2.2	19	95	4	75	58	4	12	24	1.53
86517476--86517524	20	2.3	20	82	6	62	34	2	2	61	1.19
86517613--86517806	99	2.0	99	84	4	257	37	15	11	34	1.85
86518115--86518152	19	1.9	20	89	10	60	55	0	5	39	1.23
86519466--86519544	28	2.8	28	94	1	131	31	17	25	25	1.97
86519466--86519556	28	3.2	27	89	4	119	31	20	24	23	1.98
86519662--86519726	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
86526309--86526343	16	2.2	16	89	0	52	37	5	5	51	1.50
86527305--86527395	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
86527501--86527565	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86539291--86539337	23	2.0	23	83	8	58	27	10	14	46	1.78
86541296--86541358	29	2.2	29	97	0	117	30	6	17	46	1.73
86542869--86542936	5	13.6	5	72	17	52	63	4	0	32	1.14
86542905--86542937	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
86543045--86543077	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
86545017--86545391	177	2.1	175	79	7	393	29	22	17	30	1.97
86545302--86545493	94	2.1	94	91	3	307	24	20	20	34	1.97
86557220--86557286	5	13.6	5	72	20	52	62	4	0	32	1.15
86557255--86557287	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
86557395--86557427	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
86562462--86563123	236	2.9	232	84	7	797	30	14	11	42	1.82
86562727--86563123	220	1.8	216	87	2	587	31	15	11	40	1.83
86564289--86564414	54	2.3	54	78	2	146	34	23	7	34	1.82
86564306--86564406	27	3.7	27	85	5	141	30	22	7	38	1.83
86565074--86565138	27	2.4	27	89	5	96	43	24	9	23	1.83
86567909--86567969	19	3.3	19	72	9	72	18	22	44	14	1.86
86567908--86567986	36	2.2	36	97	0	149	18	24	41	15	1.89
86567928--86567990	17	3.6	17	77	8	72	19	25	38	17	1.93
86568170--86568284	27	4.3	25	76	9	86	35	26	9	28	1.88
86568925--86568989	27	2.4	27	92	5	105	43	26	9	21	1.82
86571994--86572160	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
86571994--86572160	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86572985--86573030	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
86579997--86580163	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
86579997--86580163	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
86580988--86581033	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
86581808--86581874	31	2.2	31	80	0	80	41	10	11	35	1.76
86582750--86582865	20	5.7	21	83	10	136	28	27	0	43	1.55
86582750--86582865	7	17.1	7	82	13	136	28	27	0	43	1.55
86582750--86582865	27	4.3	27	79	14	132	28	27	0	43	1.55
86582789--86582886	7	14.5	6	84	9	70	28	28	0	42	1.56
86584663--86584823	39	4.2	39	80	7	161	25	28	21	24	1.99
86584679--86584823	36	3.8	37	79	13	136	24	28	21	24	1.99
86585638--86585683	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
86592620--86592786	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
86592620--86592786	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
86593612--86593657	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
86594464--86594530	31	2.2	31	80	0	80	41	10	11	35	1.76
86595414--86595532	7	17.1	7	85	8	154	28	26	0	44	1.55
86595414--86595553	21	6.7	22	84	8	145	28	26	0	45	1.54
86595413--86595554	14	10.2	14	79	8	116	28	27	0	44	1.55
86607706--86607835	64	2.0	64	100	0	260	43	8	7	40	1.64
86607844--86607868	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
86608116--86608154	3	13.0	3	83	0	51	33	5	2	58	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86608116--86608154	12	3.2	12	88	0	60	33	5	2	58	1.33
86615129--86615187	19	3.0	20	83	14	79	23	0	20	55	1.43
86615141--86615176	18	1.9	19	94	5	65	25	0	25	50	1.50
86615211--86615287	40	1.9	40	83	0	100	40	7	15	36	1.76
86615211--86615298	20	4.4	20	71	1	70	43	7	13	35	1.74
86616161--86616210	20	2.5	20	83	3	64	50	10	12	28	1.71
86617674--86617698	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
86618959--86619027	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
86620656--86620693	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
86626954--86627022	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
86629177--86629246	21	3.4	21	73	13	65	61	0	4	34	1.16
86629179--86629239	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
86629266--86629296	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
86629601--86629701	18	5.7	18	87	5	143	37	12	11	37	1.81
86629601--86629701	35	2.8	35	95	3	175	37	12	11	37	1.81
86630087--86630522	83	5.2	83	95	0	764	26	19	21	32	1.97
86634825--86634851	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
86635397--86635503	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
86635435--86635499	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
86635437--86635497	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
86635518--86635548	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
86635523--86635553	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86635858--86635911	17	2.9	18	89	10	83	35	12	11	40	1.79
86635849--86635896	19	2.5	19	75	25	55	33	14	8	43	1.75
86636419--86636443	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
86637837--86637987	43	3.5	44	82	4	191	27	16	24	31	1.96
86638718--86638766	22	2.2	20	77	19	53	18	4	26	51	1.64
86641362--86641406	16	2.8	16	79	0	54	26	4	0	68	1.08
86641430--86641479	12	3.9	13	76	21	52	28	4	2	66	1.21
86641434--86641477	24	2.0	24	86	13	67	27	2	2	68	1.14
86641644--86641719	3	25.3	3	94	0	134	31	1	1	65	1.09
86652785--86652823	19	2.1	19	100	0	78	28	10	10	51	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
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