genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  210  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58616959--58617102	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
58617153--58617191	20	2.0	20	94	0	69	28	23	12	35	1.91
58618522--58619128	27	22.6	27	85	4	735	41	9	22	27	1.84
58621172--58621210	20	2.0	20	100	0	78	25	28	10	35	1.89
58621177--58621246	20	3.5	20	84	3	86	21	21	17	40	1.92
58627933--58628096	40	4.1	40	81	6	179	25	21	28	24	1.99
58636013--58636176	40	4.1	40	81	6	179	25	21	28	24	1.99
58644074--58644236	40	4.1	40	80	7	179	25	22	28	24	1.99
58648006--58648129	46	2.7	44	82	7	133	31	19	26	22	1.98
58648192--58648322	49	2.7	49	84	9	178	28	21	27	22	1.99
58659735--58660143	49	8.4	49	95	0	631	29	29	9	32	1.88
58659715--58660130	195	2.1	197	89	1	629	29	29	9	31	1.89
58665401--58665504	29	3.6	29	79	5	95	25	17	32	25	1.97
58671609--58671738	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
58679538--58679667	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
58684277--58684378	29	3.5	29	100	0	204	29	14	28	27	1.95
58684362--58684438	29	2.7	29	83	0	100	24	18	32	24	1.97
58684273--58684438	58	2.9	59	84	6	198	28	15	30	25	1.96
58684471--58684515	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
58686069--58686246	40	4.5	38	79	5	151	24	20	29	25	1.99
58686069--58686246	78	2.2	80	83	6	220	24	20	29	25	1.99
58689942--58689992	25	2.0	25	96	0	93	21	33	15	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58691471--58691602	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
58699402--58699568	40	4.2	40	79	2	149	22	27	23	26	1.99
58713849--58713880	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
58715916--58716132	78	2.7	78	84	10	255	25	26	21	26	2.00
58715949--58716132	40	4.7	40	84	8	243	25	27	22	25	2.00
58718450--58718629	40	4.6	40	94	1	292	23	21	30	25	1.99
58726416--58726635	40	5.6	40	91	2	338	22	21	30	25	1.99
58726416--58726635	79	2.8	80	90	3	338	22	21	30	25	1.99
58728611--58728680	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
58728611--58728692	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58733389--58733448	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58733445--58733476	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
58737807--58737907	41	2.5	41	88	0	157	22	19	27	29	1.98
58740201--58740382	26	7.1	26	86	1	253	27	22	21	28	1.99
58740201--58740382	52	3.6	52	89	2	289	27	22	21	28	1.99
58740432--58740494	20	3.1	20	86	2	90	30	20	12	36	1.90
58747944--58748125	26	7.1	26	86	3	255	28	22	21	28	1.99
58748175--58748221	20	2.3	20	82	7	60	34	19	12	34	1.89
58751198--58751405	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
58751198--58751404	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
58759372--58759566	106	1.8	108	85	7	281	34	18	24	23	1.96
58759801--58759831	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58762792--58763047	55	4.8	53	77	11	217	36	16	23	22	1.94
58762799--58762998	107	1.8	110	87	5	300	35	17	24	22	1.95
58762954--58763047	49	1.9	49	89	4	145	38	15	22	23	1.93
58763114--58763158	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
58763237--58763267	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
58770513--58770764	54	4.8	53	79	9	250	36	17	24	21	1.94
58770520--58770718	107	1.8	109	86	4	287	35	17	24	23	1.95
58770833--58770880	23	2.0	24	92	4	80	45	10	22	20	1.81
58775491--58775605	48	2.5	46	81	2	140	33	15	20	30	1.94
58781212--58781404	39	4.9	39	94	0	287	21	23	27	26	1.99
58783728--58783823	29	3.3	29	88	1	140	30	32	12	25	1.92
58788080--58788203	29	4.3	29	83	3	162	33	29	11	25	1.91
58789685--58789724	15	2.7	15	88	0	62	17	17	10	55	1.69
58789739--58789782	23	1.9	23	81	9	54	13	11	13	61	1.57
58792110--58792169	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
58792124--58792186	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
58795616--58795742	48	2.7	47	83	3	157	33	14	21	30	1.94
58795706--58795782	38	2.0	38	89	0	118	29	16	25	27	1.97
58800512--58800580	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
58806942--58807009	27	2.6	27	90	6	104	44	26	10	19	1.82
58812639--58812749	27	4.1	27	80	12	113	37	21	24	16	1.93
58812639--58812749	54	2.1	53	86	8	154	37	21	24	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58814154--58814229	24	3.2	24	85	7	102	22	39	3	34	1.73
58814165--58814230	23	2.8	23	88	6	98	22	39	4	33	1.75
58814167--58814238	23	3.1	24	84	9	96	23	38	5	31	1.78
58815966--58816003	20	2.1	19	85	14	53	76	0	15	7	1.01
58817306--58817408	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
58823692--58823729	20	2.1	19	85	14	53	76	0	15	7	1.01
58825033--58825135	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
58828542--58828611	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
58836450--58836519	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
58837815--58837966	26	5.8	26	80	14	179	41	7	22	28	1.81
58837815--58837962	77	1.9	77	82	10	187	41	7	21	29	1.80
58837819--58837966	51	2.8	51	85	10	201	40	7	22	29	1.81
58841066--58841134	22	3.1	22	87	6	104	30	21	18	28	1.97
58841121--58841149	14	2.1	14	100	0	58	20	27	24	27	1.99
58841135--58841236	22	4.6	22	87	10	138	27	22	22	27	1.99
58841135--58841236	45	2.3	43	90	6	152	27	22	22	27	1.99
58841293--58841349	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
58841281--58841351	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
58841286--58841340	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
58842632--58842891	27	9.7	27	86	5	341	40	8	23	28	1.83
58842633--58842891	133	1.9	133	89	5	407	40	8	23	28	1.83
58845990--58846200	23	9.0	24	91	4	317	27	21	22	27	1.99
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58846011--58846199	70	2.7	69	92	3	317	28	21	22	28	1.99
58846256--58846312	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
58846244--58846314	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
58846249--58846303	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
58847604--58847864	27	9.7	27	85	5	332	40	8	22	28	1.83
58847606--58847864	134	1.9	135	90	2	414	40	8	22	28	1.83
58857848--58857981	28	4.7	28	78	10	139	25	32	15	26	1.96
58857847--58857981	29	4.7	29	78	13	138	25	32	15	26	1.95
58858206--58858240	16	2.2	16	89	0	52	17	22	14	45	1.84
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58870950--58871020	33	2.2	33	100	0	142	33	16	8	40	1.79
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58896361--58896549	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
58904441--58904624	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
58904481--58904669	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
58910404--58910533	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
58912564--58912599	18	2.0	18	100	0	72	11	27	33	27	1.91
58922746--58923168	210	2.0	210	98	0	819	40	10	21	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58923970--58924007	15	2.4	16	83	16	53	50	0	5	44	1.24
58923950--58924017	29	2.4	28	76	16	68	50	0	4	45	1.22
58925674--58925722	24	2.0	24	100	0	98	48	0	20	30	1.50
58928225--58928325	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
58933256--58933421	40	4.2	40	81	3	176	24	27	22	25	2.00
58933272--58933383	39	2.8	38	85	4	134	25	28	23	23	1.99
58933272--58933421	79	1.9	78	83	6	196	24	27	22	26	2.00
58934247--58934292	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
58938708--58938866	27	6.0	27	88	5	227	40	20	6	32	1.79
58938709--58938883	52	3.3	53	84	7	205	40	21	7	31	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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