genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  224  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62956202--62956254	27	2.0	27	96	0	97	15	15	26	43	1.85
62962698--62962728	13	2.4	13	100	0	62	35	6	19	38	1.77
62973939--62974010	23	3.2	21	79	15	74	31	0	4	63	1.13
62973942--62974009	32	2.1	32	86	10	95	32	0	4	63	1.14
62973939--62974006	21	3.1	20	83	14	73	32	0	4	63	1.14
62973939--62973996	12	5.2	12	76	17	54	32	0	3	63	1.11
62981596--62981669	29	2.6	29	85	8	89	27	14	32	25	1.95
62989462--62989564	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
62992981--62993150	47	3.6	47	78	10	204	20	18	30	30	1.97
62992932--62993157	93	2.4	93	89	1	337	20	19	30	29	1.97
62992939--62993102	46	3.5	46	76	12	156	20	20	29	29	1.98
62996398--62996450	27	2.0	27	88	3	81	43	15	7	33	1.74
62997146--62997176	11	2.8	11	100	0	62	6	45	0	48	1.28
62997654--62997699	16	2.9	16	90	0	74	52	21	17	8	1.71
63000724--63000904	48	3.9	48	74	10	158	27	23	22	27	1.99
63008671--63008811	48	2.9	48	89	0	210	30	23	18	27	1.98
63012551--63012720	46	3.7	46	75	10	175	31	27	18	22	1.97
63012559--63012730	93	1.8	93	89	0	272	29	26	19	23	1.98
63020852--63020982	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
63020851--63020982	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
63024649--63025011	47	7.7	48	71	12	213	28	16	28	26	1.97
63026861--63026958	34	2.9	34	81	3	110	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63037086--63037139	25	2.2	25	80	12	58	24	12	20	42	1.87
63039677--63039709	13	2.5	13	100	0	66	45	24	0	30	1.53
63046650--63046767	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
63046618--63046781	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
63054225--63054342	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
63054193--63054356	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
63059495--63059529	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
63061987--63062181	47	4.1	47	80	5	198	24	16	27	31	1.96
63066960--63067169	47	4.4	47	81	3	190	25	14	26	32	1.95
63066989--63067188	93	2.1	93	78	6	206	26	16	27	31	1.96
63069892--63070025	46	2.9	46	82	0	160	26	31	8	33	1.86
63069999--63070495	47	10.6	47	96	0	809	24	30	13	31	1.93
63070162--63070236	23	3.2	23	62	23	57	26	33	10	29	1.90
63076128--63076241	43	2.7	42	80	9	99	29	26	19	24	1.98
63077897--63078105	53	3.9	53	79	10	208	22	25	17	34	1.96
63077909--63078096	55	3.5	54	80	12	199	21	26	18	34	1.96
63078084--63078205	47	2.6	47	92	0	190	26	22	13	36	1.92
63086892--63086940	15	2.9	16	79	14	55	75	0	18	6	1.00
63098999--63099078	37	2.2	37	93	2	135	33	28	17	20	1.95
63108444--63108577	29	4.7	29	85	4	146	23	30	15	29	1.96
63116423--63116557	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
63116369--63116558	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63119745--63119949	40	5.2	40	83	3	209	25	22	26	25	2.00
63119746--63119949	77	2.6	80	84	3	252	25	22	26	25	2.00
63127758--63128004	40	6.2	40	83	3	266	25	22	26	25	2.00
63127760--63127988	79	2.9	79	83	5	266	25	23	26	24	2.00
63136313--63136518	40	5.2	39	83	5	222	25	28	21	24	1.99
63136313--63136518	79	2.6	78	83	5	245	25	28	21	24	1.99
63138656--63138817	45	3.6	45	85	3	204	27	25	22	24	2.00
63142577--63142699	27	4.6	27	70	0	93	36	18	19	25	1.94
63154896--63154998	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
63156941--63157109	49	3.5	49	77	7	150	29	18	27	24	1.98
63160935--63161104	43	4.0	43	73	13	134	29	30	17	23	1.97
63161707--63161766	30	2.0	30	100	0	120	33	16	23	26	1.96
63165254--63165431	40	4.5	40	76	8	150	23	28	23	25	2.00
63165285--63165431	78	1.9	80	84	5	201	23	28	21	25	1.99
63170193--63170280	40	2.2	40	83	0	104	23	31	22	21	1.98
63171663--63171789	40	3.2	40	80	2	148	22	29	24	23	1.99
63171679--63171827	80	1.9	79	83	4	192	22	28	24	25	1.99
63173666--63173828	71	2.3	71	97	1	310	19	26	17	35	1.94
63180689--63180829	40	3.6	39	85	3	162	22	31	21	23	1.98
63180719--63180830	38	2.9	39	88	5	165	23	33	20	23	1.98
63181661--63181837	48	3.7	48	96	0	327	31	6	29	31	1.83
63181877--63181967	37	2.4	37	94	1	155	23	18	34	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63183871--63184087	40	5.5	39	80	7	204	23	20	28	26	1.99
63187708--63187783	22	3.3	22	67	22	66	32	11	27	27	1.92
63187702--63187888	47	4.0	47	92	2	297	32	9	28	29	1.88
63187880--63188128	48	5.2	48	95	0	444	32	6	28	32	1.83
63187844--63188128	96	3.0	94	85	7	324	31	7	28	32	1.84
63188168--63188257	36	2.4	37	92	5	155	23	18	33	24	1.97
63196570--63196750	40	4.6	40	79	8	176	23	28	24	24	2.00
63196601--63196750	77	1.9	80	85	6	209	23	28	22	25	1.99
63200236--63200418	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
63207486--63207653	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
63211738--63211871	56	2.4	56	94	0	232	25	15	25	33	1.95
63222216--63222382	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
63230236--63230402	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
63237305--63237441	46	3.0	46	90	0	211	26	30	8	34	1.87
63237458--63237533	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
63237457--63237793	47	7.2	47	91	0	530	25	28	10	35	1.90
63241738--63242093	40	8.9	40	86	0	460	26	28	19	25	1.99
63243582--63243614	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
63256377--63256506	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
63259025--63259191	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
63259025--63259191	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
63260017--63260062	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
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63273929--63274046	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
63273897--63274060	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
63277465--63277594	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
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63322321--63322450	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63325428--63325496	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
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63327891--63328066	46	3.8	46	74	7	176	22	19	28	29	1.98
63327887--63328058	93	1.8	93	88	2	265	22	19	29	28	1.98
63331774--63332041	46	5.7	46	78	10	242	22	30	20	26	1.98
63331770--63332044	94	2.9	95	80	12	345	23	30	20	26	1.98
63346590--63346747	70	2.3	70	86	0	208	28	24	15	31	1.96
63350300--63350465	40	4.2	40	96	0	289	26	27	22	22	1.99
63360928--63361213	156	1.8	156	84	3	396	30	13	19	36	1.91
63362603--63362703	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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