genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  212  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59255499--59255683	99	1.9	100	97	1	354	29	26	18	24	1.98
59255932--59255985	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
59261036--59261140	27	3.9	27	80	9	115	38	20	23	17	1.93
59261048--59261140	27	3.4	28	82	10	120	37	23	23	15	1.93
59264428--59264601	46	3.8	45	78	10	190	28	28	20	22	1.99
59264435--59264606	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.98
59264430--59264621	46	4.2	45	73	14	124	28	28	20	22	1.99
59267740--59267765	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
59270576--59270675	34	2.9	35	77	14	100	28	23	25	24	2.00
59274130--59274313	40	4.6	40	85	2	244	25	26	22	25	2.00
59274109--59274313	80	2.6	80	83	6	240	27	26	21	23	1.99
59276154--59276254	27	3.8	26	86	5	121	36	18	23	20	1.95
59276413--59276455	22	2.0	22	95	0	77	34	25	20	18	1.96
59276817--59277163	27	13.0	27	83	6	366	26	18	20	34	1.96
59276791--59277171	107	3.6	107	82	7	447	26	18	19	34	1.96
59276805--59277171	134	2.7	135	84	7	475	26	18	20	34	1.96
59277180--59277331	27	5.7	27	86	1	180	39	4	24	31	1.76
59277180--59277334	81	1.9	80	87	6	224	39	5	23	31	1.77
59277176--59277347	80	2.1	81	84	7	199	38	6	23	30	1.81
59277326--59277387	26	2.3	27	86	2	81	30	12	16	40	1.86
59280231--59280279	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
59280310--59280363	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59280410--59280490	25	3.2	24	79	12	83	32	19	23	24	1.98
59280675--59280757	31	2.7	31	92	3	143	32	16	27	22	1.96
59281455--59281489	10	3.6	10	88	3	54	62	8	0	28	1.24
59281454--59281514	20	3.0	20	80	4	68	59	4	0	36	1.19
59285487--59285550	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
59290648--59290825	40	4.5	40	92	2	270	23	23	27	25	2.00
59298724--59298940	40	5.5	40	91	3	334	22	23	28	25	1.99
59298724--59298940	79	2.7	79	88	6	332	22	23	28	25	1.99
59298724--59298940	119	1.8	119	89	5	341	22	23	28	25	1.99
59302737--59302814	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
59310544--59310621	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
59314971--59315022	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
59315069--59315094	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59325251--59325286	18	1.9	19	88	5	56	55	8	0	36	1.30
59330615--59330688	35	2.1	35	89	0	112	31	21	20	27	1.98
59332380--59332456	38	2.0	38	97	0	145	38	10	20	29	1.86
59337650--59337701	25	2.1	25	100	0	104	44	21	3	30	1.70
59337963--59338133	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
59337955--59338130	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
59340224--59340399	41	4.4	40	81	7	151	40	17	22	18	1.91
59340260--59340399	40	3.5	39	85	4	174	41	17	22	19	1.90
59340792--59340839	25	1.9	25	100	0	96	33	8	0	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59343103--59343169	28	2.4	28	89	0	98	28	26	13	31	1.94
59344382--59344465	31	2.7	31	90	1	134	29	27	15	27	1.96
59344489--59344580	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
59344728--59344797	25	2.8	25	89	4	97	24	24	25	25	2.00
59345541--59345605	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
59345659--59345766	27	3.9	27	78	13	103	32	8	17	41	1.79
59345663--59345818	54	2.8	55	81	4	172	30	8	19	41	1.82
59345721--59345853	54	2.5	53	85	2	167	29	9	21	39	1.84
59345722--59345864	27	5.3	27	81	5	148	29	8	21	40	1.83
59345656--59345873	27	8.0	27	75	9	84	32	10	18	39	1.84
59345877--59346197	27	11.8	27	88	2	428	39	8	24	28	1.83
59358371--59358478	57	1.9	57	81	7	130	27	29	12	29	1.94
59358365--59358482	28	4.2	29	75	6	100	28	27	12	30	1.93
59358551--59358597	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93
59358702--59358736	16	2.2	16	94	0	61	14	22	14	48	1.79
59363702--59363768	34	2.0	34	82	5	82	19	22	25	32	1.97
59365800--59365831	17	1.9	17	93	6	57	53	25	0	21	1.46
59366665--59366903	72	3.3	72	75	3	230	35	6	10	47	1.64
59367860--59367997	9	15.6	9	77	7	104	48	16	1	33	1.55
59367858--59367997	54	2.7	52	86	4	208	48	16	1	33	1.55
59375165--59375225	26	2.3	27	82	2	70	31	11	26	31	1.91
59377882--59377980	27	3.7	27	79	5	94	41	25	6	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59377932--59377992	27	2.3	27	85	0	77	40	18	14	26	1.89
59378387--59378475	27	3.3	27	69	17	69	22	19	16	41	1.90
59378468--59378528	32	1.9	32	83	6	79	24	24	18	32	1.97
59379887--59379959	27	2.8	26	83	4	92	39	24	4	31	1.74
59379941--59380000	27	2.2	27	88	5	86	40	16	13	30	1.87
59380441--59380502	27	2.3	27	82	0	70	22	16	16	45	1.85
59381613--59381835	120	1.9	120	98	0	428	31	9	15	43	1.79
59381791--59381870	27	3.1	27	63	23	73	30	12	13	43	1.81
59383832--59383900	27	2.6	26	79	6	75	42	20	11	26	1.86
59383882--59383935	27	2.0	27	88	0	81	35	20	16	27	1.94
59383885--59383943	27	2.2	27	84	0	73	38	20	16	23	1.92
59385258--59385481	46	4.8	46	80	5	254	29	24	20	24	1.99
59385266--59385435	93	1.8	93	88	0	259	30	24	21	24	1.99
59388569--59388641	27	2.7	26	81	6	83	41	21	6	30	1.79
59388620--59388680	27	2.3	27	94	0	104	37	19	18	24	1.94
59389164--59389242	39	2.0	39	100	0	158	22	17	21	37	1.94
59393424--59393575	29	5.4	28	76	9	123	28	30	14	26	1.95
59400893--59400947	26	2.1	27	89	3	85	14	14	21	49	1.79
59401206--59401265	28	2.1	28	82	11	70	30	28	11	30	1.92
59401480--59401518	16	2.4	16	91	0	60	7	20	23	48	1.75
59409403--59409455	27	2.0	27	88	0	79	22	30	11	35	1.89
59415315--59415375	31	2.0	30	84	9	79	27	24	8	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59424406--59424446	6	7.0	6	83	10	50	85	0	14	0	0.60
59424406--59424443	7	5.6	7	87	12	53	86	0	13	0	0.56
59424406--59424444	13	2.9	13	92	3	60	87	0	12	0	0.55
59424411--59424444	15	2.2	15	89	5	50	88	0	11	0	0.52
59435624--59435727	28	3.7	27	77	7	109	25	30	15	27	1.96
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59438986--59439042	18	3.5	18	64	26	54	31	15	14	38	1.87
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59457873--59458138	27	9.9	27	77	4	178	38	22	9	29	1.85
59458131--59458237	27	4.0	27	81	0	124	33	20	21	24	1.97
59458585--59458642	22	2.6	22	83	5	64	18	27	20	32	1.97
59458801--59458865	27	2.4	27	84	5	87	16	23	24	35	1.95
59459005--59459128	31	4.0	31	82	4	117	20	16	12	49	1.79
59459060--59459125	6	10.8	6	73	15	55	19	18	15	46	1.83
59462316--59462493	40	4.5	40	87	2	234	26	28	22	22	1.99
59475935--59476085	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
59475972--59476101	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
59478646--59478714	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
59480342--59480379	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59487117--59487304	39	4.8	40	83	8	221	24	21	28	25	1.99
59487117--59487328	78	2.8	77	78	15	233	25	22	27	25	2.00
59495112--59495291	40	4.5	40	77	9	163	24	22	27	26	2.00
59495099--59495291	80	2.4	78	82	5	226	24	22	27	25	2.00
59498096--59498272	77	2.2	80	85	8	247	24	28	22	24	1.99
59498090--59498272	40	4.7	40	86	8	243	26	27	21	24	1.99
59503342--59503460	27	4.4	27	83	0	130	24	21	17	36	1.94
59504911--59505156	53	4.6	51	77	12	174	39	18	10	32	1.84
59504911--59505156	27	9.2	27	74	9	193	39	18	10	32	1.84
59504901--59505131	80	2.9	79	81	6	243	38	19	9	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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