genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.399.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  399  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115923429--115923478	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
115925079--115925121	12	3.6	12	100	0	86	9	25	51	13	1.71
115929925--115929990	32	2.1	32	100	0	132	30	6	24	39	1.79
115931473--115931525	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
115944327--115944390	31	2.1	31	100	0	128	12	43	12	31	1.80
115953146--115953202	28	2.0	28	89	0	87	49	8	1	40	1.44
115953210--115953241	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
115955194--115955281	44	2.0	44	88	0	131	23	18	27	30	1.97
115957263--115957315	19	2.6	21	82	8	65	13	28	35	22	1.92
115958470--115958538	29	2.5	27	74	6	66	55	0	1	43	1.08
115958790--115958934	71	2.0	71	93	2	247	32	4	2	60	1.29
115959270--115959341	16	4.4	16	68	10	56	45	2	2	48	1.31
115973902--115974020	61	1.9	62	96	1	222	27	25	21	25	1.99
115974858--115974951	46	2.0	46	97	0	179	30	21	9	38	1.85
115975028--115975200	43	4.0	43	77	5	172	31	23	16	29	1.96
115986206--115986406	41	4.9	41	86	0	249	37	21	17	23	1.94
115986176--115986360	82	2.3	82	83	0	228	37	21	17	24	1.94
115989709--115989830	42	2.9	42	81	2	136	29	13	23	32	1.94
115989719--115989830	43	2.6	42	80	5	118	29	14	23	33	1.94
115997243--115997360	43	2.8	42	83	2	146	30	12	24	32	1.92
115998870--115998920	25	2.0	25	100	0	102	23	11	7	56	1.61
116002561--116002614	27	2.0	28	85	10	76	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116002742--116002784	22	2.0	22	86	4	61	34	2	9	53	1.46
116002829--116002877	22	2.2	23	85	10	66	28	2	6	63	1.30
116003440--116003717	136	2.0	137	90	3	436	47	6	15	31	1.69
116006023--116006071	22	2.2	22	85	10	64	34	14	0	51	1.43
116007379--116007412	14	2.4	14	100	0	68	38	14	8	38	1.78
116013491--116013529	19	2.1	19	95	0	69	23	28	10	38	1.87
116019434--116019489	29	1.9	28	85	7	76	50	3	0	46	1.19
116020590--116020641	14	3.7	14	77	12	54	57	1	0	40	1.10
116020893--116020919	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
116021007--116021033	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
116035247--116035308	28	2.2	29	77	16	76	79	3	8	9	1.05
116038226--116038266	11	3.7	11	90	9	66	0	51	0	48	1.00
116038231--116038269	18	2.2	18	85	0	51	0	51	0	48	1.00
116039196--116039250	28	2.1	28	83	12	73	34	1	5	58	1.32
116039293--116039373	36	2.3	35	80	8	92	34	6	4	54	1.47
116042681--116042812	69	1.9	69	95	0	237	48	10	8	32	1.68
116043073--116043130	30	2.0	30	89	3	91	60	1	3	34	1.24
116044073--116044112	21	2.0	20	90	5	62	50	7	22	20	1.73
116044539--116044729	98	1.9	99	89	6	298	49	3	2	45	1.29
116047280--116047315	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
116049344--116049369	4	6.5	4	100	0	52	23	0	26	50	1.50
116049958--116050005	14	3.1	17	75	22	52	37	0	10	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116052719--116052774	25	2.2	25	78	12	62	25	21	23	30	1.99
116058044--116058123	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
116065904--116065963	29	2.1	28	84	3	75	1	18	6	73	1.14
116068596--116068628	17	1.9	17	88	11	50	42	6	6	45	1.53
116075435--116075465	9	3.4	9	90	0	53	29	9	12	48	1.73
116086294--116086325	6	5.3	6	100	0	64	34	31	0	34	1.58
116086456--116086493	5	7.6	5	96	0	58	26	52	0	21	1.47
116091511--116091549	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
116091511--116091575	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
116093472--116093582	31	3.7	29	78	14	91	32	9	14	43	1.78
116102148--116102178	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
116102514--116102584	37	1.9	37	85	0	97	46	30	0	22	1.52
116102698--116102761	7	9.0	7	77	3	56	23	3	26	46	1.67
116102714--116102764	15	3.5	15	81	2	59	21	1	29	47	1.62
116103350--116103374	7	3.6	7	100	0	50	64	0	0	36	0.94
116103350--116103406	15	3.9	15	81	2	62	71	1	0	26	0.95
116103933--116103963	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
116108559--116108698	43	3.3	43	91	1	219	25	20	29	25	1.99
116110276--116110320	23	2.0	23	82	8	56	37	4	4	53	1.41
116112015--116112042	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
116112042--116112072	2	15.5	2	100	0	62	48	51	0	0	1.00
116127905--116127957	26	2.0	26	100	0	106	30	7	15	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116136293--116136456	42	3.9	42	85	1	202	29	25	15	29	1.96
116138160--116138203	22	2.0	22	82	8	54	52	18	6	22	1.69
116140055--116140106	24	2.2	24	85	0	68	57	5	1	34	1.33
116140324--116140374	24	2.1	25	88	3	77	58	5	1	33	1.33
116144428--116144576	56	2.7	56	92	0	244	34	23	13	28	1.92
116144591--116144622	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
116150849--116150912	32	2.0	32	100	0	128	25	28	21	25	1.99
116159863--116159930	28	2.5	27	81	13	77	55	2	0	41	1.15
116159878--116159931	28	1.9	28	88	7	83	55	3	0	40	1.17
116160496--116160570	23	3.3	22	76	12	71	54	2	2	40	1.28
116160542--116160623	29	2.8	32	77	17	88	67	0	4	28	1.11
116160552--116160624	25	2.8	25	81	18	80	68	0	4	27	1.07
116160545--116160624	4	19.0	4	80	14	74	67	0	3	28	1.08
116160545--116160624	17	4.8	16	76	17	74	67	0	3	28	1.08
116161869--116161921	16	3.3	16	76	10	54	33	5	24	35	1.79
116175410--116175487	39	2.0	39	94	0	138	42	29	5	23	1.75
116181999--116182050	20	2.7	19	80	11	61	32	17	25	25	1.97
116185047--116185230	40	4.6	40	89	2	255	23	27	25	23	2.00
116206258--116206296	20	2.1	19	85	9	53	53	12	25	7	1.65
116207782--116207849	32	2.1	32	94	0	118	25	11	19	44	1.84
116213738--116213978	49	4.9	49	81	3	275	30	26	17	25	1.97
116213752--116213980	100	2.3	98	87	2	314	31	27	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116214305--116214371	35	1.9	35	93	0	116	50	13	1	34	1.51
116214317--116214374	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
116218439--116218603	27	6.1	27	78	8	165	36	19	24	19	1.94
116218441--116218602	54	3.0	54	90	2	236	37	19	23	19	1.95
116220198--116220306	26	4.2	26	96	0	191	36	25	6	31	1.81
116221818--116221916	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
116224824--116224992	40	4.2	40	85	4	234	26	24	28	21	1.99
116224824--116224992	79	2.1	80	86	3	234	26	24	28	21	1.99
116232919--116233128	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
116240775--116240939	27	6.1	27	80	8	174	36	20	24	18	1.94
116240777--116240938	54	3.0	54	90	2	236	37	20	23	18	1.94
116242534--116242590	26	2.2	26	93	0	96	36	24	7	31	1.82
116243096--116243233	41	3.3	41	86	7	190	35	23	21	19	1.96
116244842--116245096	39	6.5	40	88	4	351	25	26	22	25	2.00
116249887--116250063	41	4.3	41	87	5	250	37	23	19	19	1.94
116249887--116250063	84	2.1	82	87	6	250	37	23	19	19	1.94
116253070--116253275	47	4.4	47	93	0	340	32	7	31	29	1.85
116253100--116253225	25	5.3	25	62	24	74	32	6	30	30	1.82
116258193--116258260	34	2.0	34	85	5	93	29	23	26	20	1.99
116260996--116261042	25	1.9	25	91	4	78	46	4	6	42	1.48
116261029--116261058	16	1.9	16	93	6	53	40	6	3	50	1.45
116263755--116263781	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116267945--116268006	16	3.6	16	70	19	52	46	1	1	50	1.20
116267941--116268011	37	1.9	37	94	0	124	49	1	1	47	1.18
116268358--116268413	26	2.1	27	80	9	62	64	0	21	14	1.29
116271394--116271431	6	6.2	6	90	3	58	78	0	2	18	0.86
116283271--116283400	47	2.8	47	86	2	172	22	15	29	33	1.94
116286025--116286132	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
116287733--116287844	27	4.1	27	81	12	131	19	23	22	34	1.96
116287727--116287834	54	2.0	54	96	0	198	19	25	21	34	1.96
116287728--116287862	54	2.5	54	87	4	175	21	23	20	34	1.96
116301581--116301688	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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