genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.395.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  395  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114633676--114633710	15	2.3	15	95	0	61	25	17	17	40	1.90
114635847--114635878	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
114637166--114637336	43	4.0	44	78	13	185	27	12	25	34	1.92
114638746--114638808	13	4.8	13	84	0	90	26	7	28	36	1.85
114638746--114638808	26	2.4	26	89	0	108	26	7	28	36	1.85
114639729--114639878	48	3.1	48	85	0	192	27	20	24	28	1.99
114647661--114647700	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
114647756--114647780	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
114657688--114657793	40	2.7	40	98	0	203	24	22	28	24	2.00
114665902--114665995	29	3.2	29	89	0	143	29	15	28	25	1.96
114673581--114673683	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
114676533--114676640	40	2.7	40	84	7	157	25	23	27	23	2.00
114676533--114676654	40	3.1	39	79	12	142	27	22	27	22	1.99
114676533--114676673	39	3.6	40	77	11	130	27	21	26	23	1.99
114678030--114678088	26	2.3	26	88	5	84	37	15	10	37	1.81
114678340--114678368	9	3.0	10	90	10	51	20	20	0	58	1.39
114688259--114688287	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
114691777--114691854	39	2.0	39	100	0	156	20	23	20	35	1.96
114695564--114695665	27	3.8	26	72	13	82	27	23	8	40	1.84
114695657--114695807	27	5.6	27	84	0	167	43	18	7	31	1.77
114695643--114695823	81	2.2	81	82	0	218	39	19	7	32	1.81
114695826--114695907	27	3.0	27	85	0	92	34	19	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114701340--114701364	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
114710755--114710786	16	2.0	16	100	0	64	56	12	0	31	1.37
114711998--114712032	18	2.0	18	88	5	54	40	5	17	37	1.73
114712758--114713027	47	5.8	44	72	11	150	27	21	29	21	1.99
114712861--114712976	44	2.5	46	82	6	139	26	20	30	22	1.98
114722489--114722521	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
114724743--114724832	30	3.0	30	88	0	144	31	40	15	13	1.86
114725440--114725524	39	2.2	39	83	6	111	41	5	5	47	1.52
114725512--114725542	9	3.4	9	90	0	53	35	0	0	64	0.94
114728579--114728846	126	2.1	127	88	3	389	27	20	17	34	1.95
114729013--114729057	24	2.0	22	83	16	56	48	28	2	20	1.61
114731661--114731728	3	22.7	3	100	0	136	32	0	0	67	0.91
114737052--114737107	25	2.2	25	96	0	103	51	0	7	41	1.29
114738694--114738744	20	2.5	20	83	3	57	60	11	3	23	1.47
114738758--114738827	21	3.2	20	72	18	59	65	7	7	20	1.41
114738694--114738876	45	4.2	43	77	9	151	61	12	6	20	1.52
114738749--114738877	42	3.0	43	84	6	145	62	12	6	19	1.51
114738794--114738869	21	3.7	20	71	15	64	63	11	5	19	1.47
114742647--114742705	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
114742676--114742725	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
114744273--114744315	18	2.4	18	80	0	50	30	0	13	55	1.39
114744803--114744857	23	2.4	23	87	0	83	20	36	7	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114745236--114745267	12	2.7	12	90	0	55	37	21	18	21	1.94
114746452--114746487	16	2.2	16	90	9	56	75	0	25	0	0.81
114749110--114749273	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
114749110--114749307	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
114756686--114756849	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
114756686--114756883	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
114760237--114760405	80	2.1	80	80	7	184	25	20	27	27	1.99
114760237--114760382	40	3.7	40	88	5	197	23	21	28	26	1.99
114762144--114762191	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
114762229--114762263	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
114762404--114762456	23	2.2	23	83	6	61	60	1	1	35	1.19
114762427--114762489	11	5.7	11	76	14	67	57	1	1	39	1.18
114762427--114762486	16	4.1	16	81	12	67	56	1	1	40	1.19
114762413--114762489	27	2.8	27	79	16	79	58	2	1	37	1.20
114762550--114762597	2	24.0	2	91	0	78	50	4	0	45	1.21
114762728--114762783	24	2.3	24	81	0	67	62	8	3	25	1.41
114763621--114763656	5	6.8	5	87	12	54	77	0	16	5	0.94
114763623--114763654	11	2.9	11	100	0	64	75	0	18	6	1.01
114764321--114765023	44	16.2	44	86	3	926	22	31	16	30	1.96
114764331--114765016	260	2.7	260	89	0	1047	22	31	16	29	1.96
114777347--114777403	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
114777808--114777864	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114781738--114781792	26	2.1	26	93	0	92	36	23	12	27	1.91
114782943--114782997	17	3.4	16	78	9	58	30	5	25	38	1.79
114787225--114787287	26	2.4	25	84	7	81	38	1	1	58	1.17
114787237--114787290	26	2.0	27	92	3	92	37	1	0	61	1.07
114787384--114787457	21	3.7	20	77	19	73	24	4	2	68	1.19
114787405--114787475	29	2.4	31	80	4	83	29	4	2	63	1.27
114794223--114794349	64	2.0	64	80	0	146	21	19	23	35	1.96
114794335--114794384	25	2.0	25	88	7	75	18	22	26	34	1.96
114797347--114797431	3	29.3	3	77	15	72	69	0	27	3	1.05
114797347--114797431	14	5.9	15	74	15	72	69	0	27	3	1.05
114797345--114797453	14	7.2	14	73	13	58	69	0	26	3	1.05
114797347--114797459	58	2.0	55	80	11	122	67	0	28	4	1.10
114799189--114799226	17	2.1	19	85	9	53	39	2	0	57	1.12
114806365--114806477	55	2.1	55	88	3	165	20	28	21	30	1.98
114810313--114810352	16	2.5	16	100	0	80	70	10	7	12	1.35
114817786--114817990	40	5.1	40	83	4	211	26	26	20	25	1.99
114822150--114822470	46	7.0	46	92	2	457	38	15	24	21	1.92
114836616--114836653	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
114837930--114838009	18	4.5	17	76	13	72	13	40	7	38	1.73
114841598--114841688	46	2.0	46	91	2	148	31	27	2	38	1.69
114843034--114843119	22	3.9	22	83	6	111	44	13	11	30	1.80
114844883--114844936	27	2.0	27	100	0	108	29	33	11	25	1.91
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114850991--114851065	28	2.7	28	87	0	105	36	10	22	30	1.88
114852907--114852951	22	2.0	23	91	4	74	40	22	20	17	1.92
114853143--114853205	23	2.7	23	95	0	117	44	31	4	19	1.71
114853157--114853260	28	3.9	26	83	10	124	45	30	3	20	1.69
114853119--114853263	23	5.8	23	78	10	103	46	31	4	17	1.67
114857023--114857341	47	6.8	45	79	10	295	23	29	20	26	1.99
114857023--114857340	141	2.2	140	84	6	401	22	29	20	27	1.99
114857023--114857341	94	3.4	93	78	10	353	23	29	20	26	1.99
114858056--114858080	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
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114865414--114865494	3	27.7	3	86	5	76	2	35	0	61	1.09
114870289--114870369	37	2.2	37	80	6	85	34	14	20	29	1.93
114870411--114870677	138	1.9	138	83	1	347	29	19	21	29	1.98
114870412--114870706	69	4.3	70	79	2	283	28	19	22	29	1.98
114870412--114870714	138	2.2	138	80	2	333	27	19	23	29	1.98
114873294--114873343	22	2.3	22	100	0	100	20	20	42	18	1.90
114880871--114880931	22	2.9	22	76	11	58	60	0	1	37	1.07
114880869--114880931	20	3.0	22	77	9	60	60	0	1	38	1.07
114882509--114882566	24	2.4	24	83	13	82	34	0	0	65	0.93
114892440--114892496	18	3.2	17	76	14	53	52	0	22	24	1.47
114892440--114892496	17	3.2	16	78	14	51	52	0	22	24	1.47
114892746--114892804	30	2.0	30	83	3	75	47	0	32	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114892847--114892883	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
114894447--114894477	14	2.2	14	100	0	62	35	22	6	35	1.80
114895480--114895517	20	1.9	20	88	0	58	18	28	23	28	1.98
114904994--114905025	15	2.1	15	94	0	55	53	0	9	37	1.34
114905490--114905523	16	2.0	18	88	11	54	38	2	11	47	1.55
114906481--114906529	25	2.0	25	83	0	62	42	0	12	44	1.41
114906919--114907003	43	2.0	43	92	0	143	50	2	24	22	1.61
114906978--114907035	26	2.2	27	93	6	102	55	0	24	20	1.44
114906985--114907042	20	2.9	20	82	7	73	53	0	24	22	1.46
114906978--114907052	27	2.9	26	86	7	82	53	1	22	22	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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