genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  213  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59505187--59505536	27	12.9	27	83	3	427	35	18	20	26	1.95
59505904--59505968	22	3.0	22	75	8	60	21	23	21	33	1.97
59506127--59506235	27	4.1	27	84	5	123	18	22	21	37	1.94
59506127--59506235	54	2.0	53	85	1	146	18	22	21	37	1.94
59506351--59506392	6	6.8	6	83	5	57	19	16	14	50	1.79
59506354--59506402	25	2.0	25	87	0	71	20	20	14	44	1.86
59507150--59507188	21	1.9	20	84	5	51	48	17	0	33	1.48
59510757--59510799	21	2.0	21	86	8	61	16	25	2	55	1.53
59520136--59520201	27	2.4	27	80	5	80	30	21	24	24	1.99
59523959--59524347	27	14.4	27	83	4	471	27	22	9	40	1.84
59524352--59524545	27	7.2	27	83	4	230	36	18	19	26	1.94
59524352--59524545	54	3.6	54	86	2	273	36	18	19	26	1.94
59524360--59524547	81	2.3	81	88	0	268	35	18	19	26	1.95
59524746--59524828	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
59524915--59524973	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
59525138--59525206	27	2.5	28	83	4	79	20	24	18	36	1.95
59525354--59525430	6	12.8	6	79	15	88	19	14	14	51	1.75
59525364--59525430	24	2.8	24	90	4	100	19	13	14	52	1.75
59525335--59525430	30	3.2	30	88	7	140	19	16	13	50	1.78
59532631--59532798	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
59532647--59532796	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
59540642--59540809	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59540658--59540807	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
59543011--59543153	77	1.9	77	83	2	189	36	25	16	21	1.94
59545692--59545726	13	2.7	13	95	0	61	17	42	28	11	1.83
59548018--59548195	27	6.7	27	88	3	245	41	20	7	30	1.80
59548018--59548242	81	2.8	81	82	6	228	40	20	8	30	1.81
59548018--59548292	27	10.3	26	78	10	123	38	21	8	32	1.84
59548218--59548589	27	13.8	27	85	3	356	29	22	8	40	1.83
59548245--59548589	54	6.4	54	85	4	410	28	21	8	41	1.82
59548245--59548590	81	4.3	81	83	5	412	28	21	8	41	1.81
59549828--59549875	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59549919--59549977	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
59550028--59550156	24	5.4	24	94	2	206	29	21	22	26	1.99
59550028--59550156	47	2.7	47	92	3	204	29	21	22	26	1.99
59550362--59550455	31	3.1	31	96	1	172	39	14	22	23	1.91
59564239--59564396	41	3.8	42	85	6	198	35	24	20	19	1.96
59566864--59566901	19	2.0	20	89	5	60	21	7	0	71	1.11
59573308--59573391	24	3.5	24	81	0	78	29	29	15	25	1.96
59574451--59574488	19	2.0	20	89	5	60	21	7	0	71	1.11
59577562--59577773	106	2.0	106	100	0	424	37	17	13	31	1.88
59581423--59581662	48	5.0	48	92	1	376	35	6	27	30	1.82
59581803--59581910	37	2.9	37	88	2	164	23	19	32	25	1.97
59583364--59583393	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59584858--59585033	41	4.2	41	85	5	212	36	25	19	17	1.94
59586708--59586819	27	4.2	26	82	7	125	36	22	23	17	1.95
59586709--59586815	54	2.0	54	85	3	144	37	20	23	18	1.94
59586923--59586998	28	2.8	27	86	5	100	32	11	21	34	1.89
59594592--59594703	27	4.2	26	83	11	127	37	21	23	17	1.94
59594592--59594703	54	2.1	54	84	3	145	37	21	23	17	1.94
59609018--59609060	14	3.1	14	96	0	77	6	25	0	67	1.15
59611798--59611822	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
59613882--59613928	20	2.2	20	85	7	58	72	4	4	19	1.18
59617984--59618150	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
59630531--59630815	49	5.9	49	91	2	461	33	8	28	29	1.87
59630530--59630815	96	3.0	95	92	3	466	33	8	29	29	1.87
59630531--59630815	145	2.0	145	97	0	543	33	8	28	29	1.87
59630807--59631006	48	4.2	48	94	0	346	32	6	29	32	1.82
59631046--59631121	37	2.0	38	94	2	136	22	18	32	26	1.97
59636392--59636654	46	5.6	46	80	8	203	29	17	28	24	1.97
59636392--59636654	140	1.9	141	84	5	354	29	17	28	24	1.97
59644017--59644187	92	1.9	92	90	2	272	29	18	28	23	1.98
59644018--59644219	47	4.4	48	76	9	188	30	18	27	24	1.98
59647477--59647559	38	2.2	38	97	0	157	18	13	36	32	1.89
59651473--59651519	20	2.2	20	85	7	58	72	4	4	19	1.18
59652969--59653032	5	12.8	5	100	0	128	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59653609--59653660	21	2.5	21	79	14	63	38	1	17	42	1.60
59653825--59653866	2	20.5	2	90	4	66	50	2	0	47	1.14
59654694--59654739	14	3.1	15	81	9	58	50	4	15	30	1.63
59654694--59654762	30	2.3	30	80	7	79	46	4	17	31	1.68
59656784--59656837	28	1.9	28	100	0	108	48	18	11	22	1.79
59669026--59669074	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
59669896--59670062	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
59677891--59678057	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
59680668--59680716	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
59681532--59681698	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
59684438--59684478	21	2.0	21	85	9	57	31	9	14	43	1.78
59685043--59685214	29	6.0	28	80	9	195	19	26	15	38	1.91
59685200--59685298	29	3.4	29	95	0	171	24	27	11	37	1.89
59685055--59685247	87	2.2	87	91	1	325	20	27	13	37	1.91
59685084--59685270	87	2.1	88	86	4	263	22	27	13	36	1.91
59688676--59688741	25	2.5	26	87	4	89	30	21	25	22	1.99
59688697--59688747	25	2.0	25	88	0	75	33	21	27	17	1.96
59696480--59696698	79	2.7	80	82	8	252	26	28	21	24	1.99
59696494--59696698	40	5.1	41	82	10	230	25	28	21	23	1.99
59700349--59700397	15	3.3	15	82	0	62	16	10	16	57	1.65
59702529--59702571	21	2.0	21	100	0	86	34	4	4	55	1.41
59703257--59703287	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59703254--59703293	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
59703364--59703408	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
59703493--59703731	55	4.5	53	77	10	231	20	23	17	37	1.94
59707008--59707059	26	2.0	26	92	0	86	44	11	11	32	1.77
59707014--59707064	26	2.0	26	96	0	93	45	11	9	33	1.74
59710715--59711155	47	9.4	47	92	0	684	33	8	30	27	1.86
59712792--59712831	20	2.0	20	85	0	53	15	17	22	45	1.85
59712906--59712973	35	1.9	35	90	0	109	29	23	19	27	1.98
59717809--59717875	29	2.4	28	75	9	66	32	32	13	20	1.92
59720611--59720782	46	3.7	47	79	8	190	30	19	27	22	1.98
59720653--59720822	48	3.6	48	81	6	202	28	20	27	23	1.99
59723086--59723165	40	2.0	40	97	0	151	45	6	22	26	1.76
59735354--59735399	19	2.4	19	100	0	92	30	17	15	36	1.91
59741222--59741291	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
59748368--59748437	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
59756740--59756875	42	3.2	43	81	6	168	25	16	27	30	1.97
59757350--59758155	403	2.0	403	93	1	1382	37	8	19	34	1.82
59761700--59761724	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
59762743--59762796	27	2.0	27	88	0	81	38	5	14	40	1.70
59763042--59763287	49	4.9	50	83	4	309	27	19	25	28	1.98
59769704--59769789	44	2.0	43	88	2	127	24	18	30	26	1.98
59788531--59788603	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59789773--59789828	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
59796438--59796510	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
59799287--59799401	29	4.0	29	83	6	128	28	28	14	27	1.95
59799278--59799388	58	1.9	58	87	1	161	27	30	15	26	1.96
59799281--59799388	29	3.8	29	84	6	130	27	29	15	26	1.96
59799611--59799653	16	2.7	16	74	0	50	11	18	18	51	1.76
59803044--59803993	478	2.0	478	98	0	1837	28	16	27	27	1.97
59806541--59806693	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
59806510--59806692	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
59810577--59810685	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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