genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  256  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73138548--73138687	69	2.0	69	97	0	262	40	15	20	23	1.91
73140494--73140618	33	3.7	33	84	8	169	32	22	19	25	1.97
73140842--73140896	27	2.0	27	100	0	110	52	29	0	18	1.45
73152489--73152700	40	5.3	40	82	1	239	25	23	25	25	2.00
73157414--73157623	40	5.3	40	82	3	239	25	22	26	25	2.00
73157414--73157596	79	2.3	81	84	5	248	26	23	26	24	2.00
73157414--73157632	79	2.8	79	81	5	239	26	22	26	24	2.00
73166000--73166218	40	5.6	40	82	4	257	25	24	26	24	2.00
73166000--73166218	79	2.8	80	83	4	266	25	24	26	24	2.00
73173985--73174204	40	5.6	40	82	3	241	25	23	26	24	2.00
73173985--73174204	39	5.5	39	80	5	228	25	23	26	24	2.00
73173985--73174168	79	2.3	81	86	1	264	26	23	26	23	2.00
73184257--73184386	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
73184273--73184424	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
73184273--73184422	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
73197897--73198019	25	4.7	25	83	9	147	47	14	20	17	1.83
73197883--73197994	55	2.0	55	91	3	181	48	14	18	18	1.81
73197883--73197994	6	18.3	6	78	14	113	48	14	18	18	1.81
73197892--73198019	31	4.5	30	73	23	109	47	14	20	17	1.82
73198413--73198741	27	12.2	27	87	0	397	41	7	21	29	1.81
73198731--73198806	26	2.9	26	88	7	109	28	11	21	38	1.89
73201770--73201834	6	11.0	6	76	15	55	46	13	20	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73201770--73201840	18	4.0	18	85	3	90	46	12	19	21	1.83
73201768--73201834	35	1.9	35	90	0	107	44	13	20	20	1.85
73202180--73202362	27	6.8	26	83	6	204	42	17	12	27	1.86
73202160--73202362	81	2.5	81	85	3	266	42	18	11	27	1.84
73206056--73206274	27	8.1	27	74	8	149	43	20	13	22	1.86
73206033--73206270	54	4.4	54	83	2	237	43	20	13	21	1.87
73208796--73208921	45	2.8	45	83	5	159	30	13	21	34	1.92
73213264--73213309	22	2.1	22	100	0	92	41	8	32	17	1.80
73215495--73215619	45	2.8	45	84	4	146	26	15	25	32	1.95
73219089--73219174	33	2.6	33	100	0	172	22	11	30	36	1.89
73233937--73233974	18	2.1	18	100	0	76	57	5	15	21	1.57
73237540--73237657	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73237508--73237671	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73242408--73242579	46	3.8	45	77	11	181	22	20	29	28	1.98
73245486--73245560	15	5.0	15	73	0	69	12	14	16	57	1.66
73245482--73245569	30	3.0	30	83	5	99	11	15	15	56	1.66
73245491--73245570	15	5.4	14	72	10	61	11	16	13	58	1.62
73247944--73248117	46	3.8	46	79	8	201	21	20	29	28	1.98
73259524--73259656	61	2.2	62	88	1	196	25	21	38	14	1.91
73261569--73261606	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
73269078--73269115	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
73269345--73269515	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73269340--73269512	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
73272347--73272496	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73272371--73272554	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73275324--73275386	31	2.1	31	90	3	101	26	3	9	60	1.43
73275470--73275509	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
73275512--73275543	11	2.8	12	86	13	50	65	0	0	34	0.93
73278956--73279240	62	4.6	62	80	5	310	28	27	23	21	1.99
73278965--73279240	122	2.2	121	82	7	340	28	26	23	21	1.99
73281069--73281185	46	2.5	46	84	6	139	27	29	16	27	1.97
73283473--73283675	54	3.8	53	76	5	140	38	17	23	21	1.93
73288464--73288850	193	2.0	193	97	0	738	28	25	20	24	1.99
73293319--73293803	257	1.9	257	87	0	718	29	14	24	32	1.94
73299135--73299302	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
73302578--73302939	49	7.4	49	95	0	616	29	9	32	28	1.89
73303048--73303162	37	3.1	37	94	0	203	27	18	31	22	1.97
73306299--73306819	261	2.0	261	97	0	979	24	12	21	41	1.88
73315914--73316148	49	4.9	49	90	4	336	29	31	7	31	1.84
73316129--73316166	18	2.1	18	100	0	76	28	39	10	21	1.86
73316080--73316215	67	2.0	67	97	0	254	30	33	8	27	1.87
73316031--73316264	116	2.0	116	98	0	450	30	32	8	29	1.87
73315982--73316285	165	1.8	165	96	0	563	30	29	8	30	1.87
73316147--73316283	49	2.8	49	97	0	256	30	30	8	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73320968--73321453	246	2.0	247	91	0	794	30	9	28	30	1.89
73322528--73322567	20	2.0	20	100	0	80	45	0	20	35	1.51
73324240--73324317	24	3.2	25	62	20	65	28	5	20	46	1.72
73324222--73324317	48	2.0	48	100	0	192	31	4	20	43	1.71
73324928--73325151	50	4.7	47	74	17	178	24	18	30	26	1.98
73324928--73325151	94	2.4	93	81	7	238	24	18	30	26	1.98
73335772--73335953	40	4.6	40	88	0	267	25	28	22	23	1.99
73344080--73344259	40	4.6	40	86	2	249	26	28	21	23	1.99
73350504--73350685	40	4.6	40	88	0	258	26	28	21	23	1.99
73368101--73368345	99	2.5	100	82	2	305	27	27	19	25	1.99
73368114--73368338	49	4.5	49	86	2	288	28	27	19	25	1.98
73373549--73373602	25	2.2	25	100	0	108	33	20	24	22	1.97
73373658--73373727	29	2.5	28	88	2	95	25	17	30	27	1.97
73373643--73373727	28	3.0	28	84	3	107	28	15	28	28	1.96
73374904--73374978	15	5.0	15	78	0	78	12	16	16	56	1.68
73379085--73379109	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
73382258--73382418	42	3.7	43	77	8	146	26	26	18	27	1.98
73382223--73382376	48	3.5	42	73	10	130	24	27	20	27	1.99
73382223--73382389	90	1.9	89	83	1	217	25	28	19	27	1.98
73382312--73382432	42	2.9	42	79	0	107	29	27	17	25	1.97
73382480--73382572	48	1.9	48	84	0	123	23	32	18	25	1.97
73394366--73394547	40	4.6	40	81	6	165	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73394366--73394547	80	2.3	80	81	2	206	25	26	21	26	1.99
73399541--73399759	46	4.7	46	85	2	251	21	22	14	42	1.88
73399541--73399763	93	2.4	91	84	2	257	21	22	13	42	1.88
73399734--73399771	16	2.4	16	86	8	51	23	23	15	36	1.94
73399698--73399821	62	2.0	62	93	0	212	25	23	12	38	1.89
73399744--73399775	16	2.0	16	100	0	64	25	25	12	37	1.91
73409175--73409211	6	6.2	6	87	0	56	78	2	16	2	0.98
73411408--73411493	43	2.0	42	86	6	120	23	15	24	37	1.93
73414382--73414406	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
73414830--73414888	28	2.2	26	78	6	64	44	1	1	52	1.21
73416409--73416443	17	2.0	18	88	5	54	42	2	14	40	1.60
73416534--73416577	16	2.6	17	82	13	56	31	9	0	59	1.29
73416534--73416578	17	2.8	16	80	16	56	31	11	0	57	1.33
73421206--73421259	3	17.7	3	81	11	65	64	0	31	3	1.11
73422977--73423018	18	2.4	18	84	4	50	42	0	0	57	0.99
73424133--73424168	18	2.0	18	94	0	63	27	30	16	25	1.97
73426194--73426240	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
73426742--73426790	17	2.8	18	71	6	55	69	2	2	26	1.10
73426879--73426936	19	2.8	20	89	10	82	75	0	1	22	0.89
73426893--73426925	13	2.5	13	81	18	50	78	0	0	21	0.75
73426879--73426938	20	3.0	20	83	11	77	73	0	1	25	0.93
73427251--73427293	17	2.4	18	84	7	61	20	4	0	74	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73428005--73428141	61	2.2	61	93	0	229	37	18	3	40	1.68
73428483--73428560	38	2.1	38	100	0	156	44	17	7	29	1.77
73430751--73430790	13	3.1	13	82	10	55	57	10	10	22	1.61
73430751--73430795	13	3.4	14	79	11	51	55	11	11	22	1.66
73447920--73447968	20	2.5	19	80	9	53	46	12	6	34	1.66
73456220--73456299	27	3.0	27	77	0	79	21	20	25	33	1.97
73456235--73456312	27	2.9	27	78	0	75	21	20	23	34	1.97
73460905--73460962	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
73466371--73466418	24	1.9	26	83	8	64	64	0	10	25	1.25
73467041--73467081	20	2.0	20	90	9	66	41	7	2	48	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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