Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  413  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119909804--119909868
33
2.0
33
100
0
130
30
12
18
38
1.88
119914075--119914118
23
2.0
23
86
4
63
52
6
9
31
1.59
119914958--119915002
5
8.6
5
85
5
54
35
0
22
42
1.54
119914956--119915010
15
3.7
15
81
18
62
34
0
21
43
1.53
119915957--119916167
64
3.2
64
62
22
144
30
26
17
26
1.97
119915923--119916209
137
2.1
137
97
0
538
32
25
18
24
1.97
119916457--119916509
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
119917993--119918102
26
4.2
26
98
0
202
38
24
3
33
1.73
119918463--119918554
46
2.0
46
97
0
175
11
19
33
34
1.89
119920337--119920371
18
2.1
18
89
10
56
77
5
5
11
1.12
119920812--119920847
18
2.1
18
89
5
56
41
0
25
33
1.55
119921299--119921431
38
3.4
38
75
7
108
22
20
28
28
1.98
119924326--119924379
22
2.3
23
84
6
65
55
0
3
40
1.17
119924330--119924389
16
3.3
17
75
24
68
56
0
1
41
1.09
119924403--119924439
16
2.3
17
81
13
51
59
0
2
37
1.12
119924472--119924528
15
3.5
15
71
17
51
49
1
1
47
1.22
119926412--119926660
120
2.1
120
93
0
426
41
8
16
32
1.80
119926412--119926656
40
6.1
40
89
0
346
41
8
16
33
1.79
119927203--119927234
16
2.0
16
100
0
64
37
0
0
62
0.95
119927437--119927507
16
4.4
16
90
0
106
28
26
7
38
1.82
119929243--119929273
15
2.1
15
100
0
62
38
6
25
29
1.81
119930514--119930567
27
2.0
28
85
10
76
29
0
24
46
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119932630--119932687
29
2.0
29
96
0
107
67
3
27
1
1.17
119936658--119936702
21
2.1
21
87
0
63
53
2
26
17
1.56
119937052--119937514
231
2.0
231
100
0
926
31
17
16
33
1.93
119940693--119940720
7
4.0
7
100
0
56
57
0
0
42
0.99
119945433--119945464
6
5.3
6
100
0
64
50
34
15
0
1.45
119945996--119946032
3
12.3
3
94
0
65
35
32
32
0
1.58
119949570--119949639
18
3.7
18
75
14
61
45
32
20
1
1.60
119949566--119949637
21
3.6
21
81
5
78
47
31
19
1
1.58
119957511--119957557
19
2.4
20
82
7
60
12
4
34
48
1.61
119958858--119958907
26
1.9
26
87
0
73
38
20
22
20
1.94
119958880--119958989
43
2.6
43
94
1
186
39
17
20
22
1.93
119959177--119959299
54
2.3
54
97
0
228
38
10
13
37
1.80
119959177--119959299
18
6.8
19
86
10
186
38
10
13
37
1.80
119959177--119959267
17
5.4
15
79
17
67
39
10
13
36
1.80
119959180--119959299
35
3.3
37
88
6
176
37
10
14
37
1.81
119959291--119959335
21
2.0
23
87
8
67
35
4
13
46
1.63
119961829--119961900
36
2.0
36
100
0
144
25
13
30
30
1.94
119966123--119966171
10
4.6
10
76
14
53
85
0
12
2
0.68
119966125--119966171
8
5.8
8
82
12
60
85
0
12
2
0.70
119966138--119966171
7
4.6
7
86
13
50
85
0
14
0
0.60
119967140--119967312
44
3.9
44
87
0
247
31
15
26
26
1.95
119967140--119967325
88
2.1
89
88
2
275
31
14
26
27
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
119967273--119967745
87
5.4
87
94
0
811
25
15
27
31
1.95
119969089--119969205
61
1.9
61
91
3
191
43
1
4
50
1.31
119981213--119981262
26
1.9
26
91
0
82
42
10
22
26
1.84
119981460--119981524
20
3.5
19
77
8
71
38
1
0
60
1.07
119981516--119981579
18
3.3
19
74
14
51
42
1
3
53
1.26
119985860--119985905
18
2.4
20
82
7
60
56
6
0
36
1.25
119992348--119992378
12
2.6
12
94
0
53
45
9
0
45
1.36
119998318--119998343
1
26.0
1
100
0
52
0
0
100
0
0.00
120005247--120005318
35
2.1
35
97
0
135
51
0
4
44
1.20
120010087--120010255
37
4.6
37
86
0
230
43
13
15
27
1.84
120010076--120010282
37
5.6
35
79
10
157
43
13
14
28
1.83
120010087--120010279
74
2.6
75
84
4
214
42
12
15
29
1.84
120031347--120031406
30
2.0
30
90
6
95
26
5
10
58
1.51
120032282--120032330
25
2.0
25
84
4
64
63
8
0
28
1.23
120032294--120032358
25
2.9
23
80
15
66
66
7
0
26
1.19
120032320--120032358
19
2.0
20
90
5
62
71
7
0
20
1.10
120032380--120032413
17
2.1
16
88
5
50
64
2
0
32
1.08
120036505--120036606
44
2.3
45
84
5
127
29
22
13
34
1.93
120043418--120043519
44
2.3
45
84
5
127
29
22
13
34
1.93
120053089--120053133
19
2.4
19
100
0
90
37
31
4
26
1.76
120059753--120059883
47
2.8
47
83
2
147
31
25
14
28
1.95
120059887--120059915
7
4.1
7
100
0
58
13
27
13
44
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120059914--120060122
31
6.7
31
91
0
310
26
26
19
28
1.99
120060100--120060276
50
3.5
50
88
2
257
26
21
16
35
1.94
120063944--120063991
15
3.1
15
78
21
62
64
2
0
33
1.05
120063944--120063998
18
3.2
18
80
19
57
65
3
0
30
1.10
120067952--120068017
22
2.8
23
81
6
71
59
6
4
30
1.42
120068025--120068089
14
4.6
14
75
19
55
56
1
4
36
1.29
120068033--120068166
25
5.6
25
72
13
102
56
2
5
35
1.34
120068664--120068707
18
2.4
18
100
0
88
22
9
45
22
1.80
120071317--120071363
16
2.9
16
96
0
85
36
6
31
25
1.81
120071411--120071453
20
2.2
20
95
0
77
18
4
23
53
1.63
120071569--120071694
58
2.2
58
85
5
166
51
3
0
45
1.17
120073917--120073975
13
4.2
14
80
19
70
28
5
0
66
1.13
120073913--120074005
32
3.2
30
79
11
95
30
7
0
62
1.23
120073872--120073975
43
2.4
44
88
6
149
30
7
0
61
1.24
120073909--120074001
15
6.2
15
74
24
81
29
8
0
62
1.25
120074103--120074153
3
17.3
3
79
4
50
35
7
0
56
1.28
120082694--120082782
31
2.9
31
67
18
76
44
11
3
40
1.57
120082882--120082923
20
2.1
20
95
0
75
26
19
23
30
1.98
120084458--120084492
4
8.8
4
93
0
61
74
0
2
22
0.95
120085669--120085711
21
2.0
21
86
4
59
6
11
6
74
1.21
120086245--120086346
44
2.3
44
81
3
116
27
24
16
31
1.96
120088965--120089018
19
2.8
20
83
5
67
44
7
18
29
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120089813--120089842
15
2.0
15
100
0
60
26
6
13
53
1.64
120090585--120090759
47
3.6
48
84
8
212
26
13
25
34
1.93
120095741--120095846
24
4.6
22
76
16
99
36
18
19
24
1.94
120095742--120095845
23
4.5
23
74
12
79
37
19
19
24
1.94
120099976--120100057
26
3.2
26
100
0
164
30
7
26
35
1.84
120104741--120104766
11
2.4
11
100
0
52
69
0
0
30
0.89
120109338--120109447
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
120112755--120112864
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
120117083--120117153
18
4.0
18
73
14
67
42
0
5
52
1.25
120117079--120117182
53
1.9
54
90
1
165
43
0
7
49
1.31
120118132--120118189
27
2.2
26
78
12
64
53
5
3
37
1.40
120119127--120119180
16
3.4
16
90
7
76
62
5
3
27
1.34
120119127--120119231
15
6.4
15
73
21
70
60
7
3
28
1.42
120119195--120119243
12
4.1
12
78
0
53
61
2
4
32
1.26
120120421--120120526
44
2.4
44
81
9
119
30
20
15
33
1.93
120120727--120121225
162
3.1
158
81
7
553
35
19
16
27
1.94
120121048--120121081
14
2.4
14
95
0
59
58
5
17
17
1.57
120121066--120121292
71
3.2
72
84
2
312
33
19
16
30
1.94
120127185--120127223
15
2.7
14
84
4
51
66
0
0
33
0.92
120127253--120127337
30
2.9
30
81
8
77
56
7
2
34
1.39
120128086--120128124
14
2.8
14
88
0
60
79
2
17
0
0.84
120129164--120129416
87
2.8
90
83
9
293
35
19
15
28
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
120129406--120129441
14
2.6
14
90
0
54
52
5
16
25
1.65
120129317--120129529
103
2.1
103
95
0
381
37
16
18
27
1.92
120129447--120129591
75
1.9
74
91
1
236
28
20
18
31
1.97
120135629--120135729
40
2.5
40
82
3
114
26
28
22
21
1.99
120135674--120135778
40
2.6
40
82
8
133
23
27
23
24
2.00
120145231--120145286
22
2.5
23
83
13
64
66
1
1
30
1.12
120146513--120146597
30
2.9
30
81
8
77
56
7
2
34
1.39
120147340--120147377
14
2.8
14
88
4
60
78
2
18
0
0.86
120150281--120150434
3
54.3
3
68
16
71
62
2
5
29
1.30
120150399--120150482
35
2.5
31
74
18
80
55
2
7
34
1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444