genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.351.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  351  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101693469--101693640	46	3.7	46	81	11	172	22	31	18	27	1.97
101701171--101701345	46	3.7	47	77	7	178	21	28	21	28	1.99
101704164--101704424	66	4.0	66	89	1	389	25	11	21	40	1.87
101704164--101704416	131	1.9	132	89	0	391	25	11	21	41	1.87
101706047--101706087	17	2.4	17	91	0	64	21	36	17	24	1.94
101713272--101713303	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
101713503--101713941	50	8.7	50	80	2	439	30	25	17	26	1.97
101713506--101713900	101	3.9	100	80	4	366	29	25	17	26	1.98
101713506--101713942	151	2.9	151	88	0	622	30	25	17	26	1.97
101716977--101717005	9	3.2	9	100	0	58	34	20	0	44	1.52
101719007--101719229	47	4.7	47	74	10	179	21	29	22	26	1.99
101718915--101719226	47	6.6	48	70	14	163	22	28	21	27	1.99
101719016--101719229	94	2.3	94	83	3	279	21	29	21	27	1.99
101722233--101722391	39	4.1	39	94	0	275	22	31	25	20	1.98
101723933--101723978	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
101724648--101724685	19	2.0	20	84	5	51	57	5	10	26	1.53
101727482--101727530	18	2.8	18	93	3	82	51	6	14	28	1.66
101740528--101740623	47	2.0	47	91	0	156	37	2	19	40	1.64
101741730--101741769	18	2.4	17	91	8	64	27	17	12	42	1.85
101741736--101741780	18	2.5	18	92	0	72	33	22	13	31	1.92
101749416--101749509	37	2.5	37	77	8	91	51	7	8	32	1.60
101761050--101761093	22	2.0	22	95	0	79	31	18	11	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101768936--101769218	41	7.0	41	88	4	196	34	20	25	19	1.96
101768929--101769218	82	3.5	82	86	5	374	35	20	24	19	1.96
101769391--101769500	46	2.4	46	93	0	193	30	1	23	44	1.64
101769376--101769500	14	8.4	14	68	13	70	29	1	23	45	1.62
101769415--101769516	25	4.2	25	74	12	88	31	1	22	44	1.64
101769505--101769533	14	2.0	15	93	6	51	27	0	31	41	1.56
101769512--101769607	7	13.7	7	71	10	54	21	0	38	39	1.54
101774478--101774668	43	4.4	43	89	1	285	27	19	26	26	1.99
101774478--101774668	85	2.2	87	88	1	287	27	19	26	26	1.99
101777741--101777816	22	3.3	22	67	16	64	30	10	31	27	1.90
101777719--101777891	47	3.7	47	93	0	283	32	6	31	28	1.84
101777733--101777805	25	3.0	25	66	18	73	31	8	30	30	1.86
101779873--101780184	43	7.3	43	95	0	534	14	22	30	32	1.93
101780313--101780406	28	3.3	27	73	8	80	22	18	31	27	1.97
101783869--101783944	22	3.3	22	67	16	64	30	10	31	27	1.90
101783847--101784019	47	3.7	47	93	0	283	32	6	31	28	1.84
101783861--101783933	25	3.0	25	66	18	73	31	8	30	30	1.86
101785869--101785976	53	2.0	53	96	0	198	29	22	12	35	1.91
101795039--101795302	48	5.6	47	72	13	179	25	27	20	26	1.99
101795634--101795717	30	2.8	30	94	0	141	34	27	5	32	1.81
101799943--101799976	18	1.9	18	88	5	52	55	2	11	29	1.50
101800695--101800744	10	5.0	10	76	13	50	66	2	8	24	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101802453--101802507	12	4.3	12	81	18	67	78	0	1	20	0.85
101802458--101802506	22	2.3	21	89	10	73	77	0	2	20	0.87
101808880--101808929	10	5.0	10	76	13	50	66	2	8	24	1.29
101809463--101809519	27	2.0	29	93	6	100	38	35	3	22	1.72
101814396--101814503	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
101815812--101816501	344	2.0	343	97	0	1290	37	9	16	36	1.82
101822173--101822219	16	2.9	16	87	0	58	38	4	27	29	1.76
101822469--101822497	10	3.0	10	95	5	51	48	0	0	51	1.00
101828082--101828200	59	2.0	59	100	0	238	24	11	26	36	1.90
101832183--101832325	48	3.0	48	82	4	171	28	18	25	26	1.98
101832187--101832325	50	2.8	50	84	2	174	28	19	25	26	1.99
101836963--101837070	43	2.5	43	83	3	146	35	23	15	25	1.94
101838175--101838200	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
101848931--101849018	44	2.0	44	90	0	140	47	5	21	25	1.72
101854030--101854074	21	2.1	21	83	4	54	35	0	4	60	1.17
101866386--101866589	40	5.1	39	88	2	264	24	21	27	26	1.99
101873649--101873852	40	5.1	39	86	3	230	24	20	27	26	1.99
101873649--101873852	80	2.5	80	86	3	268	24	20	27	26	1.99
101877781--101877835	29	1.9	29	85	3	76	47	3	12	36	1.59
101877781--101877842	29	2.1	29	82	5	72	50	3	12	33	1.57
101884471--101884497	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
101886584--101886658	38	2.1	38	82	7	93	48	0	4	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101886601--101886662	20	3.2	20	73	17	67	45	0	1	53	1.10
101889056--101889106	25	2.0	25	100	0	102	35	3	21	39	1.72
101895618--101895667	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
101899356--101899385	15	2.0	15	100	0	60	46	13	26	13	1.80
101902943--101902998	24	2.3	24	82	8	69	33	1	1	62	1.16
101903908--101903960	26	2.0	26	88	0	79	32	22	22	22	1.98
101907030--101907197	40	4.2	40	84	1	194	25	26	22	26	2.00
101914156--101914183	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
101920987--101921056	35	2.0	35	82	0	86	32	2	10	54	1.48
101921176--101921350	43	4.1	42	77	9	158	28	11	25	34	1.91
101923402--101923579	40	4.5	39	79	6	162	26	25	21	26	2.00
101933987--101934020	17	1.9	18	88	5	52	14	8	0	76	1.01
101934478--101934527	25	2.0	25	96	0	91	44	6	24	26	1.76
101941698--101941773	39	1.9	39	94	0	134	28	18	21	31	1.97
101942209--101942238	15	2.0	15	93	0	51	53	10	0	36	1.35
101946868--101946907	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
101953688--101953717	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
101955466--101955527	32	2.0	32	87	9	92	38	9	12	38	1.77
101956451--101956486	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
101957308--101957349	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
101957417--101957449	12	2.7	12	95	4	57	66	0	33	0	0.92
101957816--101957851	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101958255--101958293	6	6.5	6	87	0	51	17	20	15	46	1.84
101958250--101958286	18	2.0	19	89	5	58	16	13	18	51	1.76
101958400--101958506	18	5.9	18	84	4	135	33	17	15	32	1.92
101961135--101961235	28	3.5	28	85	6	105	30	13	25	29	1.94
101961166--101961235	29	2.5	28	88	6	97	31	14	24	30	1.94
101964846--101964916	34	2.1	34	97	0	133	43	11	9	35	1.74
101980327--101980377	13	3.8	13	84	2	66	50	13	1	33	1.53
101982623--101982772	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
101990856--101991039	40	4.6	40	86	2	271	20	21	29	28	1.98
101993466--101993510	23	2.0	23	82	8	56	64	11	13	11	1.50
101994106--101994132	8	3.4	8	100	0	54	88	11	0	0	0.50
101997648--101997755	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
101999194--101999299	26	3.9	28	78	13	91	19	24	21	33	1.97
101999197--101999310	27	4.2	27	79	13	119	19	22	23	34	1.97
101999194--101999298	53	2.0	54	92	3	169	20	23	21	34	1.97
101999194--101999313	54	2.2	53	86	5	152	19	23	23	34	1.97
102005588--102005695	26	4.2	26	92	0	180	31	7	25	36	1.83
102006958--102007032	26	2.8	26	81	4	78	34	21	12	32	1.90
102007134--102007278	54	2.7	54	90	5	222	17	24	22	35	1.95
102007157--102007278	27	4.5	28	80	11	148	18	24	21	35	1.96
102009023--102009073	21	2.4	21	74	6	50	11	9	11	66	1.44
102021605--102021669	19	3.2	20	70	22	55	44	10	9	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102024440--102024471	12	2.7	12	90	0	55	46	6	18	28	1.73
102026726--102026762	19	1.9	19	89	10	58	62	0	5	32	1.18
102027727--102027754	14	2.0	14	100	0	56	42	7	28	21	1.79
102039786--102039835	19	2.6	19	100	0	100	58	20	4	18	1.55
102040881--102040972	30	3.1	30	92	4	150	23	21	15	39	1.92
102041163--102041305	24	6.0	24	90	4	200	26	21	22	29	1.99
102041163--102041300	47	2.9	48	90	5	199	27	22	23	26	1.99
102041162--102041305	71	2.0	72	87	4	211	26	21	22	29	1.99
102041355--102041413	19	3.0	20	85	5	93	32	20	11	35	1.89
102041456--102041503	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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