genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  201  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56212210--56212440	24	9.6	24	92	0	354	33	25	19	21	1.97
56212890--56212919	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
56219977--56220202	24	9.6	24	93	4	345	34	25	19	21	1.96
56219977--56220202	47	4.8	47	93	2	366	34	25	19	21	1.96
56220653--56220678	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
56222089--56222132	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
56223926--56223994	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
56226357--56226400	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
56228185--56228253	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
56230613--56230656	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
56232446--56232514	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
56236773--56236816	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
56236911--56236939	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
56243079--56243148	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
56254269--56254325	30	1.9	30	85	0	78	40	7	21	31	1.80
56255058--56255241	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
56261230--56261312	27	3.0	27	82	8	96	30	22	15	31	1.95
56261243--56261312	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
56262990--56263197	40	5.2	40	81	4	217	25	26	21	25	2.00
56268764--56268877	43	2.7	42	81	6	124	26	17	24	31	1.97
56276234--56276421	40	4.7	40	90	2	202	23	27	22	26	2.00
56276233--56276421	80	2.4	79	83	5	229	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56282819--56282857	16	2.4	16	95	4	69	23	5	25	46	1.73
56286176--56286281	42	2.6	42	76	7	101	35	26	14	23	1.93
56286483--56286529	21	2.2	22	85	11	62	44	19	0	36	1.51
56286684--56286749	28	2.3	29	81	2	71	31	24	3	40	1.70
56294289--56294422	29	4.6	29	79	3	81	25	32	16	25	1.96
56294348--56294478	58	2.3	58	98	0	253	25	29	14	30	1.95
56294319--56294478	87	1.8	87	83	2	214	25	31	15	28	1.95
56294348--56294478	29	4.5	29	91	0	217	25	29	14	30	1.95
56295973--56296105	45	3.0	45	79	9	143	33	27	16	23	1.96
56295936--56296095	45	3.7	43	73	11	130	29	27	17	25	1.97
56298820--56299023	40	5.2	40	83	4	243	26	26	20	25	1.99
56298811--56299020	79	2.6	79	80	5	235	27	26	20	26	1.99
56305238--56305410	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
56305235--56305405	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
56305635--56305672	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
56309184--56309241	22	2.6	22	97	0	107	22	31	29	17	1.96
56312802--56312838	18	2.1	18	89	0	56	35	2	27	35	1.71
56316850--56316881	9	3.4	10	91	8	50	81	0	12	6	0.87
56321931--56321986	28	1.9	29	85	7	78	69	5	3	21	1.24
56324125--56324243	57	2.1	57	82	0	139	15	25	13	46	1.82
56325212--56325675	228	2.0	230	97	1	869	25	10	15	48	1.77
56328991--56329060	31	2.2	31	97	2	131	44	15	2	37	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56331237--56331377	51	2.8	50	88	5	212	35	14	17	33	1.89
56331220--56331385	51	3.3	50	84	6	201	35	13	15	34	1.87
56333877--56334062	100	1.9	100	95	0	336	25	25	17	31	1.97
56336105--56336190	42	2.0	42	93	0	145	30	15	18	36	1.92
56341641--56341724	42	2.0	42	95	0	150	53	8	5	32	1.55
56341664--56341729	19	3.3	19	70	18	53	59	4	3	33	1.33
56344846--56345002	43	3.7	42	71	7	120	22	17	26	33	1.96
56351699--56351764	28	2.4	28	87	2	98	37	19	21	21	1.94
56365046--56365216	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
56386985--56387047	27	2.3	28	75	10	67	38	22	20	19	1.94
56387027--56387172	27	5.4	27	88	0	211	23	21	19	34	1.96
56400161--56400251	37	2.4	37	94	1	155	26	32	17	23	1.96
56400291--56400442	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
56400434--56400760	49	6.7	49	93	3	554	28	27	10	33	1.90
56404587--56404807	40	5.5	41	80	11	183	26	28	20	23	1.99
56406665--56406755	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
56406795--56406946	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
56406938--56407413	49	9.9	49	92	4	799	28	27	9	34	1.89
56406938--56407415	96	5.0	96	93	3	804	28	27	9	34	1.89
56406938--56407413	145	3.3	146	93	3	797	28	27	9	34	1.89
56417395--56417452	29	2.0	28	84	15	75	29	22	5	43	1.75
56419190--56419227	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56421120--56421392	46	6.0	46	93	1	424	38	15	23	22	1.92
56421120--56421392	91	3.0	92	91	2	424	38	15	23	22	1.92
56421120--56421380	137	1.9	137	91	1	425	39	14	23	22	1.91
56421135--56421415	137	2.1	136	83	5	352	39	15	22	21	1.91
56422976--56423022	23	2.0	23	100	0	94	46	4	29	19	1.68
56423543--56423718	46	3.8	46	80	10	214	21	20	29	28	1.98
56423539--56423708	93	1.8	93	96	0	313	21	20	30	27	1.98
56425157--56425259	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
56433145--56433247	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
56440085--56440220	40	3.5	40	70	12	111	23	19	26	30	1.98
56444021--56444171	53	2.8	53	87	4	196	29	27	16	25	1.97
56449127--56449244	34	3.5	33	76	12	107	40	5	8	45	1.56
56449836--56449884	10	5.0	9	79	16	53	32	2	2	63	1.17
56455484--56455524	3	13.7	3	100	0	82	34	0	65	0	0.93
56465267--56465349	27	3.1	27	94	1	141	56	2	2	38	1.25
56465277--56465353	14	5.6	14	67	23	56	54	2	2	40	1.28
56465434--56465477	19	2.2	20	92	4	72	50	11	11	27	1.72
56467985--56468075	41	2.2	42	80	2	103	38	0	3	58	1.15
56468466--56468496	15	2.1	15	93	0	53	9	12	0	77	0.99
56470103--56470138	18	1.9	19	88	5	56	41	0	2	55	1.14
56473210--56473288	41	1.9	42	86	2	115	41	17	25	15	1.88
56473213--56473280	21	3.3	21	70	4	57	41	17	25	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56473242--56473349	42	2.6	41	78	7	103	42	16	18	22	1.89
56473300--56473388	20	4.4	20	76	7	72	41	16	16	24	1.89
56480882--56481054	46	3.7	46	78	13	192	20	18	30	30	1.97
56489018--56489045	13	2.2	13	100	0	56	53	10	7	28	1.62
56490809--56490859	3	17.3	3	79	4	50	56	0	7	35	1.28
56490961--56491053	24	4.1	23	75	15	79	62	0	8	29	1.25
56490961--56491053	15	6.2	15	74	24	81	62	0	8	29	1.25
56490987--56491092	43	2.4	44	87	6	153	62	0	7	30	1.23
56493695--56494135	41	9.7	46	71	15	276	26	19	20	34	1.96
56493602--56494134	137	3.9	137	92	0	827	26	19	20	34	1.96
56504379--56504550	93	1.8	93	94	0	308	28	28	21	21	1.99
56504372--56504547	46	3.8	46	79	10	205	29	28	21	21	1.98
56508260--56508292	12	2.8	12	86	4	50	51	9	3	36	1.49
56510924--56510963	20	2.1	19	85	4	53	27	12	32	27	1.93
56511293--56511369	39	2.0	39	92	0	127	44	12	11	31	1.79
56514267--56514464	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
56514333--56514450	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
56514301--56514464	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
56521141--56521338	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
56521207--56521324	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
56521175--56521338	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
56529236--56529301	28	2.4	28	78	0	78	31	25	12	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56531922--56531969	14	3.4	14	85	8	62	45	6	29	18	1.74
56541623--56541670	10	4.7	10	92	5	78	8	0	6	85	0.74
56541623--56541670	11	4.5	11	94	5	82	8	0	6	85	0.74
56541623--56541670	21	2.3	21	96	0	87	8	0	6	85	0.74
56544066--56544179	40	2.8	40	90	1	174	24	9	14	51	1.71
56544092--56544203	40	2.6	44	81	13	151	25	10	9	53	1.66
56546334--56546368	17	2.1	17	89	5	54	71	0	20	8	1.11
56551208--56551269	24	2.6	24	97	0	115	17	16	33	32	1.92
56556757--56556839	36	2.3	36	100	0	166	28	10	20	39	1.86
56557585--56557632	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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