genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  211  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58938934--58939223	27	10.8	27	86	2	379	28	24	8	39	1.84
58938934--58939223	133	2.2	135	84	3	397	28	24	8	39	1.84
58938934--58939223	160	1.8	160	87	3	440	28	24	8	39	1.84
58939202--58939287	27	3.2	27	74	0	82	38	25	6	29	1.82
58940462--58940509	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
58940553--58940607	20	2.8	20	94	2	94	36	10	20	32	1.87
58940658--58940800	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
58940658--58940800	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
58940658--58940801	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
58940991--58941053	31	2.1	31	93	3	110	39	14	22	23	1.91
58943839--58944013	26	6.6	26	87	8	223	41	20	7	30	1.80
58943839--58944086	27	9.3	27	80	6	213	39	21	8	30	1.83
58944066--58944353	81	3.6	81	89	5	406	28	24	7	39	1.83
58944066--58944353	27	10.7	27	86	4	368	28	24	7	39	1.83
58944033--58944397	81	4.5	81	81	5	229	29	24	8	37	1.85
58945676--58945734	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
58945680--58945734	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
58945785--58945926	24	6.0	24	90	5	200	28	22	21	26	1.99
58946118--58946181	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
58953616--58953664	20	2.5	20	96	0	89	32	24	4	38	1.74
58963632--58963802	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
58963624--58963804	46	3.9	46	80	9	224	28	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58969160--58969212	24	2.2	24	89	0	79	52	20	16	9	1.71
58969434--58969515	29	2.9	28	74	5	83	30	15	29	24	1.96
58970872--58970942	37	1.9	37	97	0	133	28	25	16	29	1.97
58976789--58976897	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
58976789--58976897	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
58982341--58982523	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
58987906--58987992	24	3.6	24	93	0	156	36	25	16	21	1.94
58992373--58992595	48	4.6	48	82	4	254	36	26	15	21	1.93
58992373--58992596	96	2.3	96	86	3	290	36	26	16	20	1.94
58993791--58994050	27	9.7	27	81	4	265	40	20	9	30	1.83
58993791--58994049	81	3.2	81	82	5	312	40	20	9	29	1.83
58994037--58994416	27	14.1	27	79	3	336	40	17	16	25	1.90
58994030--58994399	81	4.6	83	79	5	375	41	18	15	24	1.89
58994539--58994581	11	4.0	11	75	6	52	34	13	20	30	1.92
58994541--58994589	21	2.3	21	89	0	80	34	10	20	34	1.86
58994638--58994707	25	2.8	25	91	0	113	27	22	21	28	1.99
58994928--58995010	29	2.8	29	78	10	87	32	18	22	26	1.97
58996745--58996804	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58998778--58999002	124	1.8	124	87	1	335	30	10	24	35	1.89
58999000--58999109	39	2.8	38	86	9	150	22	27	30	20	1.98
59004430--59004735	24	12.9	24	96	2	546	20	19	25	34	1.96
59010938--59011011	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59010995--59011067	26	2.6	29	70	12	71	21	19	36	21	1.95
59018798--59018871	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
59018855--59018930	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
59030202--59030327	40	3.2	40	93	1	200	26	27	22	23	1.99
59033922--59034107	40	4.7	40	87	5	227	25	22	26	26	2.00
59033956--59034125	80	2.1	80	81	8	204	27	21	25	25	1.99
59042039--59042224	40	4.7	40	88	5	236	25	21	26	25	1.99
59042039--59042247	80	2.6	80	81	9	241	26	21	26	25	1.99
59049543--59049668	40	3.2	40	93	1	200	26	27	22	23	1.99
59056085--59056128	18	2.4	19	84	3	54	45	2	6	45	1.42
59056407--59056440	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
59058992--59059017	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
59059522--59059960	53	8.3	54	87	4	398	32	8	18	40	1.82
59059739--59059940	101	2.0	102	88	2	300	34	9	15	40	1.79
59059522--59059960	27	16.7	27	77	7	393	32	8	18	40	1.82
59059524--59059960	80	5.5	80	77	7	403	32	8	18	40	1.82
59060277--59060338	28	2.2	28	88	0	88	27	35	16	20	1.94
59062097--59062129	9	3.7	9	100	0	66	21	12	24	42	1.86
59062183--59062225	9	4.8	9	97	0	68	44	16	11	27	1.82
59063430--59063521	40	2.4	38	82	8	105	13	11	36	38	1.81
59066062--59066312	42	6.1	41	81	10	255	21	17	23	37	1.94
59066062--59066312	83	3.0	84	82	6	273	21	17	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59066762--59066796	18	1.9	18	88	11	54	5	14	0	80	0.89
59067045--59067376	149	2.2	146	86	5	468	41	5	11	42	1.63
59067904--59067950	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
59067976--59068009	10	3.3	10	92	8	59	20	0	0	79	0.73
59071259--59071496	68	3.6	65	76	8	198	24	28	15	31	1.96
59108735--59108975	39	6.2	39	86	3	317	25	24	27	23	2.00
59108735--59108967	117	2.0	117	88	1	351	24	24	28	22	2.00
59111916--59111959	23	2.0	22	81	4	52	29	11	0	59	1.32
59114369--59114508	40	3.5	40	75	4	113	27	24	25	22	2.00
59124521--59124707	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
59124521--59124674	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
59124525--59124707	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
59124525--59124732	80	2.6	80	76	2	177	27	24	26	21	1.99
59127211--59127279	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
59128909--59128946	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
59135183--59135251	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
59137492--59137524	17	2.0	17	88	5	50	54	12	15	18	1.71
59143037--59143143	55	1.9	55	88	0	160	24	29	30	14	1.95
59143040--59143161	55	2.2	55	82	2	147	25	29	28	16	1.97
59148174--59148349	49	3.6	48	83	4	203	30	20	25	24	1.99
59148162--59148349	96	2.0	96	82	2	234	30	20	24	24	1.98
59153755--59153813	31	1.9	31	100	0	118	45	11	13	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59165063--59165238	96	1.8	96	80	3	210	28	30	15	24	1.96
59165063--59165238	48	3.6	48	83	0	181	28	30	15	24	1.96
59168582--59168645	31	2.1	31	87	0	92	21	25	15	37	1.93
59168858--59169024	47	3.6	46	91	4	280	28	21	22	27	1.99
59168858--59169024	23	7.1	23	95	2	280	28	21	22	27	1.99
59168837--59169024	71	2.6	71	91	3	299	28	22	22	27	1.99
59169076--59169135	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
59169178--59169225	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
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59185794--59185837	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
59188162--59188319	50	3.2	50	84	3	221	37	6	23	32	1.82
59188168--59188308	48	2.9	49	88	3	203	37	7	24	29	1.84
59189931--59190015	40	2.2	40	82	6	102	22	25	29	22	1.99
59190778--59190803	12	2.2	12	100	0	52	34	15	7	42	1.75
59190919--59190962	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
59193286--59193433	48	3.1	48	91	0	233	37	8	23	30	1.84
59196405--59196617	39	5.5	40	88	7	271	24	28	23	23	1.99
59204519--59204695	40	4.5	40	88	4	227	24	28	24	22	1.99
59204519--59204695	79	2.2	80	85	5	227	24	28	24	22	1.99
59211052--59211161	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
59213189--59213238	24	2.1	24	100	0	100	36	4	20	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59224599--59224704	42	2.5	43	80	7	126	27	17	25	29	1.98
59229164--59229662	277	1.8	277	87	5	749	30	17	19	33	1.95
59235499--59235605	40	2.7	38	83	9	110	22	29	24	23	1.99
59247500--59247544	15	3.0	15	87	12	58	46	2	0	51	1.13
59247497--59247564	29	2.4	27	76	16	66	45	2	0	51	1.16
59247497--59247564	14	4.8	13	76	16	55	45	2	0	51	1.16
59247516--59247557	20	2.1	20	86	8	59	42	2	0	54	1.13
59253541--59253662	42	2.8	42	84	10	140	20	19	27	32	1.97
59253588--59253683	42	2.3	43	88	1	149	23	17	26	32	1.97
59255505--59255678	49	3.5	49	83	7	253	29	26	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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