genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.401.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  401  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116544549--116544649	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
116544578--116544649	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
116547729--116547816	39	2.3	38	96	3	167	27	14	26	31	1.95
116548411--116548635	40	5.6	40	83	5	267	25	24	27	23	2.00
116548411--116548671	80	3.3	80	84	3	312	25	23	26	24	2.00
116548411--116548662	120	2.1	120	84	7	327	25	23	26	24	2.00
116552757--116552798	22	1.9	22	90	0	66	11	33	26	28	1.92
116552940--116552991	27	1.9	27	84	7	70	19	21	26	32	1.97
116564478--116564615	69	2.0	69	98	0	267	33	13	21	31	1.92
116574631--116574743	55	2.1	55	82	0	136	15	28	25	30	1.95
116574657--116574760	55	1.9	55	83	0	136	13	30	29	25	1.94
116578191--116578702	39	13.0	40	82	4	504	28	26	22	22	1.99
116578250--116578701	118	3.8	118	86	2	550	28	27	22	21	1.99
116578211--116578710	158	3.2	158	90	1	745	28	27	22	21	1.99
116581698--116581828	6	21.3	6	73	16	99	47	14	18	19	1.83
116581698--116581825	19	6.9	18	73	12	82	46	14	18	19	1.83
116581710--116581828	31	3.9	31	89	1	168	47	14	18	20	1.83
116582258--116582883	27	23.2	27	89	2	850	26	18	18	36	1.94
116582868--116582956	27	3.3	27	74	13	85	26	10	24	38	1.87
116586013--116586081	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
116587842--116587866	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
116587880--116587923	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116594089--116594151	21	3.0	21	100	0	126	42	9	14	33	1.78
116595355--116595398	23	1.9	23	85	0	61	36	22	2	38	1.67
116598089--116598113	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
116604985--116605087	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
116612194--116612296	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
116623456--116623493	17	2.2	17	100	0	76	18	0	39	42	1.50
116625638--116625678	21	1.9	21	90	5	64	80	0	4	14	0.87
116625638--116625678	15	2.7	15	84	3	55	80	0	4	14	0.87
116637366--116637399	17	1.9	18	94	5	61	11	35	32	20	1.89
116639812--116640093	45	6.3	44	86	2	323	26	19	16	37	1.92
116639812--116640058	89	2.8	89	86	2	325	25	18	17	38	1.92
116639776--116640093	45	7.1	45	82	4	322	25	20	16	37	1.93
116640020--116640091	24	3.1	24	69	18	71	26	23	11	38	1.88
116644611--116644681	35	2.0	35	100	0	142	33	16	14	35	1.89
116648320--116648420	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
116662732--116662956	125	1.8	125	82	1	290	32	14	18	33	1.91
116671009--116671055	23	2.0	23	100	0	94	17	29	0	53	1.44
116671014--116671066	23	2.4	23	87	6	74	18	30	0	50	1.47
116678824--116678875	20	2.6	20	87	0	68	38	15	5	40	1.71
116679154--116679181	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
116682740--116682780	21	2.0	21	90	0	64	26	41	7	24	1.81
116691098--116691131	3	11.7	3	93	6	61	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116691255--116691286	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
116693043--116693091	20	2.5	20	77	9	55	40	4	14	40	1.64
116699755--116699926	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
116699747--116699922	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
116704228--116704391	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
116704228--116704425	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
116711795--116711957	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	35	1.94
116715475--116715522	11	4.6	11	80	12	57	35	12	18	33	1.89
116715569--116715664	26	3.8	26	89	5	128	28	25	21	25	1.99
116715885--116715967	31	2.7	31	94	1	141	32	19	25	22	1.97
116723563--116723615	11	5.3	10	78	13	56	35	9	18	35	1.84
116723662--116723747	26	3.4	25	85	4	111	29	22	23	25	1.99
116725408--116725455	25	2.0	24	83	4	60	35	25	16	22	1.95
116725492--116725558	20	3.3	20	91	4	109	34	10	20	34	1.87
116725503--116725558	11	5.5	11	71	16	57	33	10	21	33	1.88
116725589--116725642	23	2.2	25	87	6	76	29	14	22	33	1.94
116728664--116728688	11	2.3	11	100	0	50	52	20	0	28	1.47
116733749--116733930	40	4.7	40	82	8	207	24	22	27	25	2.00
116733802--116733953	78	2.0	77	82	8	184	25	21	26	26	1.99
116741073--116741273	40	5.1	40	82	8	232	24	21	28	24	1.99
116741073--116741252	79	2.3	81	83	7	226	24	22	28	25	1.99
116741123--116741287	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116747146--116747189	23	1.9	23	95	0	79	9	15	27	47	1.76
116747387--116747432	22	2.1	22	95	0	83	39	17	19	23	1.92
116752174--116752271	32	3.1	32	98	0	187	34	21	18	25	1.96
116752576--116752916	27	12.7	27	81	2	274	31	8	19	40	1.81
116752588--116752916	81	4.1	81	80	2	313	31	8	18	40	1.81
116753233--116753324	28	3.3	28	84	0	112	26	34	18	20	1.96
116755566--116755625	27	2.3	26	82	2	66	33	25	15	26	1.95
116756181--116756304	27	4.6	27	82	0	158	31	9	19	39	1.84
116756621--116756737	28	4.3	28	84	6	150	28	35	14	22	1.93
116756621--116756737	53	2.1	55	87	4	166	28	35	14	22	1.93
116761866--116762183	27	11.8	27	81	4	347	32	9	19	39	1.83
116761866--116762183	54	5.9	54	84	2	390	32	9	19	39	1.83
116762510--116762598	28	3.2	28	91	0	142	26	37	14	21	1.92
116764384--116764445	29	2.2	28	80	11	74	37	3	25	33	1.72
116765219--116765274	24	2.3	24	90	0	85	41	5	25	28	1.77
116767930--116768080	78	1.9	78	85	2	205	31	15	21	31	1.95
116786003--116786112	30	3.7	30	88	2	150	24	0	42	31	1.61
116787829--116787863	14	2.6	13	86	8	52	31	0	0	68	0.90
116787835--116787863	14	2.1	14	100	0	58	27	0	0	72	0.85
116787819--116787884	11	5.7	11	74	13	53	30	0	1	68	0.99
116794636--116794665	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
116797490--116797737	47	5.3	47	87	3	374	27	29	8	34	1.86
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116803939--116803987	24	2.0	24	100	0	98	51	8	20	20	1.73
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116809975--116810018	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
116812395--116812463	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
116815404--116815468	29	2.2	29	83	0	85	32	18	27	21	1.97
116823201--116823277	28	2.7	29	86	6	104	27	16	32	23	1.96
116830963--116831036	25	2.7	29	79	10	84	24	18	33	22	1.97
116838797--116838860	29	2.2	29	83	2	85	31	18	28	21	1.97
116840696--116840739	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
116841705--116841766	30	2.1	30	82	17	76	30	8	11	50	1.67
116855360--116855424	32	2.0	32	100	0	130	35	24	9	30	1.87
116856337--116856438	42	2.4	43	79	9	111	33	25	14	26	1.95
116856318--116856480	43	3.8	43	75	6	134	31	27	16	23	1.96
116859551--116859610	29	2.1	29	84	6	77	13	5	5	76	1.11
116868095--116868154	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
116876928--116876974	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
116876938--116877000	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
116883042--116883106	21	3.2	21	62	16	55	30	27	4	36	1.77
116883044--116883131	40	2.2	40	100	0	176	30	27	4	37	1.77
116883550--116883636	37	2.3	36	92	5	138	26	32	19	21	1.97
116883705--116884006	49	6.1	49	94	1	523	29	25	9	35	1.87
116883685--116884006	149	2.2	149	95	0	572	29	26	9	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116894713--116894854	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
116894751--116894880	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
116898498--116898544	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
116898508--116898570	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
116900398--116900457	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
116919605--116919761	27	5.8	27	77	14	128	35	19	24	20	1.96
116919646--116919762	54	2.2	54	92	0	198	36	23	22	17	1.95
116919866--116919940	25	2.8	27	80	8	73	29	13	21	36	1.91
116921376--116921431	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
116925677--116925711	5	6.6	5	87	12	52	80	2	0	17	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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