genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  140  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37294283--37294420	69	2.0	69	98	0	267	28	13	21	35	1.92
37298266--37298366	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
37306191--37306291	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
37313737--37313844	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
37316936--37317178	40	6.1	40	93	2	384	21	23	28	26	1.99
37325242--37325601	40	9.0	40	91	1	555	22	21	28	27	1.99
37327401--37327541	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	35	1.95
37327401--37327559	27	5.9	27	82	11	184	18	23	22	35	1.96
37332419--37332537	43	2.8	43	92	0	193	10	21	33	33	1.89
37332669--37332719	25	2.0	25	85	7	68	29	11	29	29	1.92
37332680--37332813	57	2.4	55	82	10	157	25	17	28	28	1.98
37332704--37332812	57	1.9	58	88	1	166	23	20	28	27	1.99
37332707--37332808	29	3.6	27	75	6	87	23	20	27	28	1.99
37335127--37335280	68	2.3	65	80	8	168	25	12	18	42	1.86
37339589--37339696	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
37341308--37341419	27	4.1	27	88	6	174	16	24	25	34	1.95
37341280--37341419	54	2.6	53	88	5	201	17	22	24	36	1.94
37341308--37341437	27	4.8	27	83	11	160	17	24	23	34	1.96
37344396--37344467	27	2.7	27	86	0	99	44	19	0	36	1.51
37350257--37350357	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
37358179--37358279	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
37362517--37362545	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37364296--37364459	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
37364296--37364493	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
37371862--37372025	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
37371862--37372059	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
37375327--37375557	48	4.9	48	72	9	181	29	22	19	28	1.98
37381881--37382026	37	3.9	37	94	0	229	27	30	18	23	1.97
37382176--37382313	50	2.7	51	94	2	233	31	23	6	38	1.80
37382283--37382382	47	2.1	47	85	7	132	28	28	11	33	1.91
37384407--37384613	40	5.2	40	80	5	204	25	23	25	25	2.00
37392389--37392596	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
37392391--37392596	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
37395283--37395385	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
37404700--37404771	33	2.1	34	84	2	92	27	23	22	26	1.99
37408765--37408807	16	2.7	16	85	0	59	53	13	18	13	1.73
37409014--37409127	28	4.0	28	86	4	140	27	14	28	28	1.96
37413189--37413219	16	1.9	16	100	0	62	48	25	19	6	1.72
37413181--37413223	8	5.4	8	81	10	52	51	20	20	6	1.71
37413447--37413521	27	2.6	28	85	8	98	25	17	29	28	1.97
37413434--37413546	28	4.0	29	81	11	128	27	15	29	28	1.96
37418786--37419695	481	1.9	476	85	5	1278	34	13	22	29	1.92
37420960--37421110	40	3.8	40	75	13	125	27	23	26	23	2.00
37420997--37421126	40	3.2	40	75	4	129	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37423667--37423873	40	5.2	40	83	1	209	25	23	26	25	2.00
37423667--37423873	79	2.6	79	83	2	245	25	23	26	25	2.00
37435905--37435976	36	2.0	36	100	0	144	36	5	19	38	1.75
37439342--37439693	40	8.8	40	92	0	578	25	20	27	26	1.99
37445293--37445515	40	5.6	38	81	6	157	26	23	27	22	2.00
37445291--37445515	80	2.8	79	78	7	233	26	23	27	23	2.00
37445294--37445524	120	1.9	119	81	7	272	25	23	28	23	2.00
37445332--37445555	120	1.9	120	80	3	263	23	24	29	22	1.99
37463443--37463485	20	2.2	20	82	0	50	32	18	2	46	1.62
37465359--37465632	94	2.9	94	97	0	512	31	8	29	30	1.86
37465359--37465651	143	2.0	140	88	5	435	31	8	30	29	1.87
37465359--37465651	49	6.1	49	87	6	449	31	8	30	29	1.87
37465706--37465790	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
37475476--37475790	48	6.6	48	86	1	418	26	17	25	29	1.98
37475476--37475790	95	3.3	95	88	0	423	26	17	25	29	1.98
37481755--37481898	39	3.7	39	89	0	225	26	20	29	22	1.99
37481756--37481937	78	2.3	79	88	1	258	24	21	29	23	1.99
37489773--37489916	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
37489774--37489956	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
37492322--37492409	33	2.7	33	85	1	124	25	22	14	37	1.92
37492852--37492934	43	1.9	43	97	0	157	34	21	3	39	1.71
37493839--37493864	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37497708--37497747	20	2.0	20	85	0	53	37	22	2	37	1.68
37498034--37498165	55	2.4	55	80	7	153	24	25	16	34	1.96
37502808--37502879	28	2.5	28	91	6	110	27	26	15	30	1.96
37509105--37509683	47	12.3	47	94	0	960	32	9	29	27	1.88
37509801--37509883	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
37514498--37514560	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
37523217--37523316	27	3.5	28	90	5	139	32	28	13	27	1.93
37526617--37527004	130	3.0	129	85	2	481	27	18	18	36	1.94
37526617--37527092	130	3.7	128	82	6	476	26	18	19	36	1.94
37538593--37538897	133	2.3	133	88	1	441	28	20	23	27	1.99
37538660--37538961	133	2.3	132	81	4	313	28	21	21	28	1.99
37540438--37540480	2	21.5	2	85	0	59	46	2	2	48	1.27
37541005--37541054	26	2.0	25	81	11	59	24	4	8	64	1.38
37541112--37541141	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
37541781--37542168	130	3.0	130	85	1	481	27	16	18	37	1.92
37556669--37556883	55	4.0	53	76	11	174	23	26	15	35	1.94
37556675--37556875	108	1.9	109	84	7	275	24	25	15	33	1.95
37558267--37558408	48	3.0	48	76	6	153	33	26	17	22	1.96
37564082--37564202	25	4.8	25	80	9	70	25	23	20	29	1.99
37564094--37564205	50	2.2	50	80	3	118	25	23	22	28	1.99
37564142--37564205	25	2.6	25	100	0	128	23	23	25	28	2.00
37570935--37570999	26	2.5	26	82	2	87	21	20	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37573092--37573123	16	2.0	16	100	0	64	18	12	12	56	1.67
37574765--37574921	43	3.7	42	75	7	145	32	22	16	28	1.96
37574765--37574921	86	1.8	85	84	9	212	32	22	16	28	1.96
37576219--37576253	17	2.1	17	94	0	61	11	45	8	34	1.71
37577968--37578082	46	2.5	44	88	6	160	28	18	28	24	1.98
37577968--37578233	46	5.6	49	75	11	159	27	18	28	25	1.98
37580910--37581054	41	3.5	41	90	0	218	23	18	20	37	1.94
37581529--37581883	77	4.6	76	83	5	421	33	20	14	31	1.93
37597314--37597570	40	6.5	40	90	4	373	22	22	28	26	1.99
37604267--37604450	40	4.6	40	84	2	226	26	23	26	24	2.00
37607386--37607551	40	4.2	40	79	4	158	24	27	21	26	1.99
37611835--37611867	12	2.8	12	86	4	50	57	3	0	39	1.14
37612014--37612267	3	82.3	3	75	13	196	60	3	4	31	1.34
37612021--37612103	31	2.7	31	83	9	91	59	3	4	32	1.36
37612802--37612827	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
37617034--37617071	14	2.6	14	80	19	51	18	0	2	78	0.86
37622230--37622273	15	2.9	15	83	6	54	59	0	0	40	0.98
37631226--37631397	67	2.6	66	82	7	179	31	16	28	23	1.96
37631175--37631433	68	3.9	64	77	9	213	29	16	29	24	1.96
37634444--37634497	27	2.0	28	85	3	74	25	22	25	25	2.00
37644743--37644801	30	2.0	30	83	6	75	32	22	3	42	1.70
37649694--37649733	13	3.1	13	85	0	53	15	27	35	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37660189--37660300	39	2.8	39	90	1	170	23	20	31	25	1.98
37667995--37668157	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
37667995--37668187	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
37672262--37672286	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
37675452--37675618	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
37675468--37675618	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
37684509--37684679	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
37684501--37684676	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
37687043--37687131	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
37687043--37687122	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444