genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  127  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33113858--33114021	79	2.1	80	89	1	249	23	28	23	25	2.00
33115446--33115904	47	9.8	47	91	0	688	27	30	9	32	1.89
33118391--33118431	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
33119639--33119688	24	2.0	26	85	11	70	30	34	8	28	1.86
33119852--33120015	40	4.1	40	90	1	240	23	28	22	25	2.00
33119852--33120015	79	2.1	80	88	1	240	23	28	22	25	2.00
33121444--33121901	47	9.8	47	91	0	679	27	30	9	32	1.89
33124389--33124429	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
33128253--33128339	43	2.0	45	84	4	115	52	2	21	22	1.58
33133891--33133973	39	2.1	39	95	0	148	39	26	6	27	1.79
33147047--33147095	25	2.0	25	84	8	64	55	0	34	10	1.34
33152526--33152589	25	2.6	25	97	2	121	23	23	28	25	2.00
33152635--33152672	20	1.9	20	94	0	67	31	18	10	39	1.85
33152635--33152684	11	4.8	11	76	11	52	32	18	12	38	1.87
33156545--33156684	40	3.6	38	80	8	138	25	28	22	24	1.99
33156545--33156736	79	2.4	79	81	6	192	25	28	21	24	1.99
33164588--33164727	40	3.6	38	80	8	138	25	28	22	24	1.99
33164588--33164779	79	2.4	79	81	6	192	25	28	21	24	1.99
33167072--33167308	50	4.7	50	82	1	303	30	26	17	25	1.97
33167072--33167305	101	2.3	100	87	0	324	30	26	17	25	1.97
33172814--33173062	40	6.2	40	81	1	266	25	23	26	25	2.00
33172816--33173051	80	3.0	80	87	1	294	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33172900--33173058	80	2.0	80	100	0	318	25	22	26	25	2.00
33173032--33173092	30	2.0	30	100	0	122	19	19	31	29	1.97
33179223--33179295	36	2.0	36	100	0	146	19	27	5	47	1.71
33183327--33183431	31	3.4	31	89	5	160	29	25	17	27	1.97
33183455--33183546	42	2.2	42	86	0	121	35	19	13	31	1.90
33184519--33185286	48	16.0	48	94	0	1302	31	26	6	35	1.82
33187188--33187220	5	6.6	5	96	0	57	0	15	0	84	0.61
33188714--33188983	40	6.8	40	96	0	486	26	27	20	25	1.99
33199239--33199337	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
33201419--33202177	48	16.0	48	90	2	1185	31	26	6	35	1.81
33204584--33204757	26	6.8	26	94	2	273	27	23	23	25	2.00
33204584--33204757	51	3.4	51	95	1	296	27	23	23	25	2.00
33204807--33204893	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
33205601--33205664	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
33205654--33205706	27	2.0	27	81	7	63	18	13	16	50	1.77
33205698--33206072	27	13.9	27	74	8	145	33	9	20	37	1.84
33205921--33206391	27	17.3	27	77	4	194	34	8	20	35	1.84
33205697--33206391	54	12.8	54	73	8	218	34	9	20	36	1.84
33208619--33208766	68	2.1	68	77	12	149	21	28	16	33	1.95
33216078--33216232	68	2.2	68	78	12	156	20	27	16	34	1.95
33218755--33218904	40	3.8	40	75	15	125	27	23	26	22	2.00
33218792--33218920	40	3.2	40	75	6	129	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33226733--33226883	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
33226770--33226899	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
33228644--33229012	184	2.0	184	95	0	657	34	15	17	32	1.91
33234694--33234960	24	11.1	24	97	0	462	20	18	25	35	1.95
33242730--33242948	24	9.1	24	96	0	375	20	18	25	36	1.95
33246102--33246136	13	2.7	13	95	0	61	14	34	34	17	1.90
33254549--33254596	22	2.2	22	88	7	71	29	25	12	33	1.92
33263402--33263443	19	2.2	19	87	8	59	28	2	2	66	1.16
33264361--33264427	29	2.3	29	82	7	75	64	8	14	11	1.50
33265735--33265760	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
33274271--33274388	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33274239--33274402	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
33281380--33281497	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33281348--33281511	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
33293079--33293114	17	2.1	17	94	0	63	38	5	13	41	1.68
33300467--33300518	8	6.6	8	80	4	61	55	17	21	5	1.62
33300467--33300518	16	3.3	16	86	2	70	55	17	21	5	1.62
33306975--33307035	27	2.3	27	85	5	88	18	24	18	39	1.92
33308174--33308205	16	2.0	16	100	0	64	25	37	0	37	1.56
33330232--33330258	8	3.4	8	100	0	54	11	11	25	51	1.70
33336232--33336300	20	3.5	19	82	7	84	49	7	21	21	1.73
33342616--33342718	37	2.8	37	90	0	161	25	32	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33342859--33343342	48	10.0	48	96	0	833	30	28	6	34	1.82
33346511--33346564	20	2.7	20	94	0	90	55	3	22	18	1.58
33347233--33347349	54	2.2	54	90	0	189	11	31	29	26	1.92
33348212--33348380	46	3.7	44	76	10	160	25	27	18	28	1.98
33348165--33348380	46	4.7	44	75	15	154	25	28	18	28	1.98
33355863--33355986	47	2.6	47	79	16	150	24	29	18	28	1.98
33360310--33360358	25	2.0	25	84	8	64	55	0	34	10	1.34
33365883--33365920	20	1.9	20	94	0	67	31	18	10	39	1.85
33365883--33365932	11	4.8	11	76	11	52	32	18	12	38	1.87
33369785--33369923	39	3.6	38	80	9	154	24	29	22	23	1.99
33369785--33369975	79	2.4	79	82	6	208	25	28	21	24	1.99
33369785--33369975	40	4.8	39	78	10	174	25	28	21	24	1.99
33376259--33376387	40	3.2	39	76	8	134	24	27	24	24	2.00
33376274--33376424	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
33376274--33376422	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
33384182--33384311	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
33384198--33384349	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
33384198--33384347	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
33386041--33386136	43	2.2	43	90	3	149	25	29	21	23	1.99
33386187--33386267	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
33386508--33386558	21	2.4	21	76	0	57	5	49	15	29	1.68
33390724--33390973	134	1.9	133	94	0	446	51	18	10	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33393215--33393826	199	3.1	199	98	0	1170	28	20	17	33	1.96
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33459940--33460068	47	2.7	48	87	3	188	28	20	19	31	1.97
33460117--33460183	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
33460117--33460172	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
33465722--33465886	35	4.7	35	84	1	206	32	11	24	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33465722--33465886	70	2.4	70	87	0	231	32	11	24	32	1.91
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33472968--33473016	23	2.1	23	96	0	89	24	4	6	65	1.33
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33478801--33478954	27	5.5	27	80	4	164	28	14	25	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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