genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  222  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62359116--62359140	13	1.9	13	100	0	50	48	24	4	24	1.68
62362308--62362543	50	4.7	50	76	3	240	30	23	18	27	1.98
62362163--62362548	151	2.6	149	88	2	548	30	25	17	27	1.97
62362365--62362546	101	1.8	101	83	0	247	31	22	17	28	1.97
62362897--62362943	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
62363166--62363222	30	1.9	29	82	3	69	24	22	8	43	1.81
62365937--62366066	55	2.4	54	82	6	156	20	23	19	36	1.95
62365871--62366077	54	3.8	54	73	4	175	19	22	18	39	1.93
62370887--62370936	16	3.0	16	82	5	55	20	16	4	60	1.52
62373675--62373794	52	2.4	52	84	4	156	39	13	14	33	1.84
62375431--62375467	18	2.1	18	89	0	56	5	24	2	67	1.25
62375486--62375557	21	3.4	21	77	12	67	12	19	1	66	1.31
62377424--62377541	50	2.3	52	86	2	168	36	13	15	34	1.87
62386591--62386720	66	1.9	68	81	7	156	33	17	29	20	1.95
62386894--62386920	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
62391911--62392001	39	2.3	39	83	3	121	31	19	24	24	1.98
62391996--62392172	39	4.5	39	91	1	273	21	23	27	27	1.99
62397819--62397911	39	2.4	39	87	3	134	31	18	25	24	1.98
62397855--62398079	39	5.7	39	84	3	220	23	21	28	27	1.99
62405372--62405416	18	2.7	16	80	10	54	20	17	2	60	1.47
62406134--62406167	10	3.4	10	91	0	59	17	23	20	38	1.93
62417733--62417810	15	5.2	15	76	6	86	57	15	15	11	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62417713--62417806	45	2.1	46	86	6	129	59	17	13	9	1.60
62420744--62420918	46	3.8	46	76	13	178	30	29	18	22	1.97
62420752--62420923	93	1.8	93	88	0	263	29	29	18	22	1.97
62420749--62420938	46	4.1	46	74	14	140	30	28	18	22	1.97
62442376--62442504	50	2.5	51	87	5	190	36	15	21	26	1.93
62442480--62442659	31	5.8	31	87	2	236	26	15	30	27	1.96
62442684--62442807	47	2.7	46	86	2	167	27	16	27	29	1.97
62442778--62442892	42	2.7	43	84	6	146	31	13	26	28	1.94
62445526--62445560	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
62450916--62451023	27	4.0	27	80	0	117	29	17	22	30	1.97
62451008--62451350	27	12.7	27	81	4	282	38	19	9	31	1.84
62451194--62451374	82	2.2	81	84	4	213	40	17	10	32	1.83
62451564--62451687	41	3.0	41	90	0	194	19	20	31	28	1.97
62465773--62465812	16	2.5	17	80	19	50	5	15	0	80	0.88
62474249--62474277	14	2.1	14	100	0	58	27	20	13	37	1.91
62476059--62476093	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
62478095--62478155	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
62480099--62480145	10	4.6	10	80	12	51	53	27	2	17	1.55
62480878--62480960	42	2.0	42	80	7	96	37	27	14	20	1.92
62494971--62495095	46	2.7	46	93	0	205	30	28	20	21	1.98
62502434--62502533	41	2.4	42	83	5	114	29	27	19	25	1.98
62502482--62502614	40	3.3	41	76	11	123	31	23	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62504853--62504915	27	2.3	27	97	0	117	44	12	14	28	1.82
62507386--62507416	12	2.6	12	100	0	62	32	29	6	32	1.83
62508418--62508474	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
62512728--62512771	21	2.0	22	86	4	63	25	6	34	34	1.82
62515062--62515088	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
62519517--62519554	13	2.8	14	88	4	60	13	7	5	73	1.22
62521177--62521203	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
62528199--62528295	30	3.2	30	75	2	97	28	14	26	29	1.95
62536988--62537031	18	2.4	18	92	0	70	20	34	22	22	1.97
62537794--62537818	13	1.9	13	100	0	50	16	0	16	68	1.22
62561350--62561394	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
62562366--62562425	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
62562372--62562419	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
62563743--62563792	18	2.8	18	87	0	73	58	0	28	14	1.37
62563736--62563817	24	3.4	24	79	0	92	59	0	28	12	1.33
62566270--62566314	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
62567281--62567328	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
62568012--62568059	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
62572885--62572920	11	3.0	12	88	12	56	75	2	5	16	1.12
62584567--62584782	40	5.4	40	95	1	371	28	28	20	22	1.99
62592502--62592733	40	5.9	40	92	5	377	28	28	21	21	1.99
62592502--62592733	78	3.0	79	92	4	382	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62592493--62592745	118	2.2	117	89	6	388	27	28	21	22	1.99
62595995--62596024	15	2.0	15	100	0	60	13	13	6	66	1.43
62596011--62596282	72	3.8	72	94	1	456	30	16	19	33	1.94
62597538--62597578	11	3.7	11	93	0	73	73	7	2	17	1.17
62597535--62597588	22	2.5	21	82	8	72	75	5	1	16	1.07
62598863--62599037	46	3.8	46	80	11	223	20	21	29	28	1.98
62598859--62599029	92	1.8	93	94	1	308	20	21	30	27	1.98
62603183--62603283	29	3.5	29	87	1	141	22	33	15	27	1.95
62605068--62605147	15	5.4	15	78	12	85	11	17	12	58	1.62
62605059--62605138	30	2.7	30	81	11	92	12	17	13	56	1.68
62607528--62607703	46	3.8	46	81	10	232	20	21	28	28	1.98
62607524--62607695	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
62609508--62609714	3	66.0	3	75	12	118	31	2	5	59	1.35
62609931--62610000	33	2.2	30	82	9	86	38	5	2	52	1.40
62609986--62610010	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
62610400--62610433	14	2.5	14	85	4	52	35	8	0	55	1.31
62618688--62618893	40	5.2	40	84	4	231	25	21	26	26	1.99
62625502--62625584	37	2.2	37	91	0	130	20	32	22	24	1.98
62625702--62626326	47	13.3	47	93	0	1018	28	29	9	32	1.89
62625752--62625830	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
62636406--62636535	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
62645490--62645552	29	2.2	29	91	0	99	46	19	17	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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62663459--62663634	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
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62667933--62668132	81	2.5	81	87	3	278	27	25	8	39	1.83
62667933--62668132	27	7.4	27	85	4	242	27	25	8	39	1.83
62668122--62668288	54	3.1	53	77	5	147	37	20	10	30	1.87
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62668165--62668314	81	1.9	81	83	10	200	41	21	8	29	1.81
62668271--62668378	27	3.9	27	74	13	103	40	17	9	32	1.81
62668423--62668523	27	3.7	27	80	10	109	35	22	20	20	1.96
62669223--62669277	9	5.6	10	75	16	53	38	9	18	34	1.82
62669220--62669268	5	10.2	5	75	16	50	36	6	20	36	1.78
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62669346--62669514	26	6.6	26	88	0	243	27	21	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62669346--62669514	52	3.3	52	93	1	279	27	21	23	27	1.99
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62673054--62673129	22	3.3	22	67	16	64	27	31	10	30	1.90
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62676813--62677080	128	2.1	129	92	1	448	32	30	22	14	1.93
62679062--62679234	47	3.7	47	93	0	283	28	31	6	32	1.84
62679137--62679212	22	3.3	22	67	16	64	27	31	10	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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