genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.356.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  356  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103258013--103258120	56	1.9	56	84	3	146	27	12	27	31	1.93
103262069--103262100	15	2.1	16	94	5	57	12	46	28	12	1.78
103266643--103266756	27	4.3	26	85	7	140	36	22	23	16	1.94
103266676--103266728	26	2.2	22	72	27	54	35	22	26	15	1.93
103266643--103266756	53	2.1	54	85	6	160	36	22	23	16	1.94
103268366--103268498	25	5.2	25	93	5	214	36	24	5	33	1.78
103268366--103268498	50	2.6	51	96	1	241	36	24	5	33	1.78
103272472--103272586	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
103272472--103272586	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
103272998--103273034	8	4.6	8	93	0	65	2	24	21	51	1.61
103274204--103274310	26	4.2	26	91	4	166	37	23	4	34	1.76
103274204--103274310	51	2.1	50	93	5	180	37	23	4	34	1.76
103275754--103275780	8	3.4	8	100	0	54	62	0	11	25	1.28
103278232--103278259	10	2.8	10	100	0	56	71	7	10	10	1.31
103284934--103284981	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
103285024--103285084	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
103285134--103285252	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
103285134--103285252	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
103285444--103285506	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
103291462--103291509	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
103291552--103291612	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
103291662--103291780	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103291662--103291780	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
103291972--103292035	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
103292896--103292976	27	3.0	27	85	5	101	30	16	16	37	1.90
103292928--103293258	27	12.4	27	79	8	141	32	10	18	38	1.85
103292939--103293276	54	6.3	53	80	4	324	31	10	20	37	1.86
103292941--103293276	80	4.2	80	82	6	351	31	10	20	37	1.86
103295571--103295770	101	2.0	100	91	1	319	25	19	26	29	1.99
103299036--103299196	29	5.6	29	86	7	186	26	26	15	31	1.96
103307006--103307166	29	5.6	29	86	7	186	26	26	15	31	1.96
103319440--103319727	27	10.7	27	83	3	310	39	21	8	30	1.83
103319722--103319975	27	9.4	27	86	1	312	29	23	6	40	1.80
103319722--103319975	81	3.1	81	88	1	348	29	23	6	40	1.80
103320007--103320156	81	1.9	81	88	2	230	41	19	8	31	1.80
103320007--103320130	27	4.6	27	86	4	178	40	19	8	31	1.82
103320007--103320159	54	2.8	54	81	0	189	40	19	7	32	1.80
103320007--103320157	27	5.6	28	83	4	89	41	19	7	31	1.80
103320167--103320224	28	2.1	27	84	9	73	36	12	12	39	1.80
103320269--103320320	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
103321150--103321219	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
103321149--103321244	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
103321439--103321521	31	2.7	31	88	3	125	28	15	26	28	1.96
103328731--103328819	44	2.0	44	95	0	160	34	19	10	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103337207--103337244	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
103340339--103340374	18	1.9	19	88	5	56	36	22	0	41	1.54
103340725--103340762	19	2.0	20	84	5	51	60	0	2	36	1.11
103341142--103341168	12	2.2	12	100	0	54	25	14	11	48	1.77
103344038--103344415	27	14.0	27	86	2	494	27	14	17	41	1.88
103346261--103346358	48	2.0	48	90	0	151	45	10	21	22	1.81
103346677--103346910	41	6.0	41	73	10	175	20	26	14	38	1.91
103346758--103346817	30	2.0	30	86	0	84	21	20	13	45	1.85
103346677--103346899	112	2.0	112	83	0	284	19	25	14	39	1.90
103353296--103353340	23	2.0	23	95	0	81	24	33	20	22	1.97
103354904--103354937	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
103356560--103356659	31	3.2	31	88	0	146	46	14	21	19	1.84
103356548--103356607	6	9.8	6	78	10	68	50	13	20	16	1.78
103356838--103356869	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
103356906--103356957	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
103357193--103357602	27	15.2	27	86	0	480	41	7	21	29	1.80
103357193--103357629	54	8.1	54	87	2	547	40	7	21	29	1.81
103357582--103357748	27	6.2	27	81	5	169	31	8	18	40	1.82
103357582--103357752	81	2.1	81	79	6	186	31	9	18	40	1.83
103357730--103357812	27	3.1	27	87	0	112	28	19	16	34	1.94
103359699--103359764	6	10.8	6	76	9	62	50	10	19	19	1.77
103359699--103359820	37	3.5	36	71	15	112	50	10	18	21	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103359711--103359820	31	3.4	31	73	16	96	49	10	18	21	1.78
103360330--103360684	27	13.1	27	84	0	404	41	7	20	30	1.79
103360694--103360834	27	5.2	26	82	6	95	31	9	19	39	1.84
103360735--103360858	27	4.6	27	89	0	167	32	8	19	39	1.82
103360844--103360922	27	2.9	27	78	0	86	25	18	20	35	1.95
103360736--103360911	81	2.2	81	77	4	176	30	12	19	38	1.89
103365090--103365121	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
103366632--103366738	29	3.7	29	83	6	146	26	15	33	24	1.95
103366624--103366736	58	2.0	57	89	5	174	28	15	31	24	1.95
103368155--103368239	37	2.3	37	83	0	98	30	16	24	28	1.96
103368221--103368399	48	3.7	48	90	0	304	26	19	25	28	1.99
103372871--103372929	26	2.2	27	90	3	93	40	16	8	33	1.79
103372871--103373239	80	4.6	82	75	9	262	40	19	8	30	1.82
103372879--103373244	27	13.6	27	78	6	253	40	19	9	31	1.83
103376492--103376600	37	2.9	37	91	2	175	29	31	17	22	1.96
103376746--103376930	48	3.8	48	89	4	291	30	26	6	36	1.82
103376746--103376929	98	1.9	97	91	4	300	30	26	6	36	1.82
103376900--103377093	47	4.1	47	89	0	289	26	29	11	32	1.91
103377015--103377094	25	3.3	25	66	16	69	30	27	8	33	1.87
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103429233--103429400	57	2.9	57	84	1	212	22	16	27	32	1.96
103431379--103431574	48	4.1	48	97	0	365	33	6	29	30	1.83
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103468675--103468837	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103468675--103468871	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
103472895--103473054	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
103480879--103481038	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
103486892--103487021	29	4.5	29	86	6	165	32	13	26	27	1.94
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103488709--103488823	46	2.5	46	100	0	230	24	28	18	28	1.98
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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