genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  207  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57560252--57560468	40	5.5	40	88	3	289	23	23	28	24	2.00
57562744--57562816	15	4.9	15	86	0	101	57	13	16	12	1.65
57564075--57564476	212	1.9	212	97	0	768	42	9	17	30	1.80
57573010--57573048	20	1.9	21	84	5	53	33	5	12	48	1.63
57575779--57575964	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
57575832--57575987	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
57584875--57584977	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
57592836--57592938	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
57595082--57595266	40	4.7	40	87	6	218	25	21	27	25	2.00
57595082--57595266	79	2.3	80	81	9	218	25	21	27	25	2.00
57595135--57595285	40	3.8	39	86	6	112	26	21	27	25	1.99
57595116--57595285	79	2.1	80	81	9	197	27	21	25	25	1.99
57603204--57603349	40	3.7	40	81	7	163	24	21	26	26	2.00
57603204--57603356	80	1.9	80	81	7	186	25	20	26	26	1.99
57606377--57606446	27	2.5	28	93	2	115	30	14	25	30	1.95
57606401--57606458	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
57607877--57607981	27	3.9	27	88	0	147	41	23	16	18	1.89
57608354--57608421	34	2.0	34	85	5	93	29	23	20	26	1.99
57614116--57614214	29	3.5	29	84	2	130	24	15	30	30	1.95
57618952--57619037	28	3.0	28	77	3	100	25	27	15	31	1.95
57620519--57620550	16	2.0	16	93	0	55	18	3	25	53	1.59
57622775--57622938	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57622775--57622972	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
57624681--57624714	16	2.2	15	94	5	59	32	41	5	20	1.76
57630351--57630383	16	2.1	16	100	0	66	21	24	18	36	1.95
57630380--57630543	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57630380--57630577	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
57633790--57633959	93	1.8	93	89	2	270	28	27	21	22	1.99
57633783--57633958	46	3.8	47	78	10	191	28	27	21	22	1.99
57640726--57640916	40	4.8	40	81	7	203	27	31	18	21	1.97
57646444--57646530	27	3.2	27	90	6	133	32	22	25	19	1.98
57654406--57654517	24	4.6	24	76	4	91	25	17	30	25	1.98
57654405--57654541	73	1.9	73	84	3	186	27	16	30	25	1.97
57658957--57659130	45	3.8	48	78	15	197	21	21	29	27	1.99
57662084--57662116	15	2.2	15	94	0	57	15	15	12	57	1.65
57664515--57664690	46	3.8	46	77	12	189	21	22	28	27	1.99
57664511--57664683	93	1.9	93	92	0	292	21	22	29	26	1.99
57666856--57667173	159	2.0	159	98	0	618	27	29	15	27	1.96
57670726--57670789	27	2.4	27	92	7	105	20	9	26	43	1.82
57672569--57672612	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
57675488--57675552	27	2.4	27	92	5	105	21	9	26	43	1.82
57677344--57677387	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
57678589--57678689	27	3.8	27	81	3	116	33	20	24	20	1.97
57678953--57679211	49	5.7	43	85	6	220	29	26	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57679023--57679255	49	4.9	48	87	3	301	30	26	14	29	1.95
57678953--57679255	98	3.3	93	80	10	290	29	26	14	30	1.95
57678997--57679249	140	1.8	145	83	10	328	29	26	15	28	1.96
57684087--57684219	44	3.0	44	93	0	221	36	4	24	33	1.76
57685172--57685222	18	2.7	19	78	6	59	37	15	11	35	1.84
57685881--57685922	20	2.1	20	100	0	84	35	21	9	33	1.86
57691420--57691519	51	2.0	51	89	0	155	23	19	28	30	1.98
57694050--57694114	32	2.0	32	93	0	112	35	27	13	23	1.93
57696806--57696847	20	2.1	20	95	0	75	38	21	7	33	1.81
57703415--57703439	13	1.9	13	100	0	50	32	32	0	36	1.58
57709821--57709921	24	4.2	24	89	0	148	34	4	38	21	1.75
57711327--57711427	27	3.8	27	84	6	107	16	21	21	39	1.92
57721757--57721907	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
57721757--57721907	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
57729756--57729906	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
57729756--57729906	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
57735048--57735314	24	11.1	24	95	0	444	20	17	25	35	1.95
57738888--57739044	43	3.7	42	79	9	133	31	28	16	23	1.96
57746464--57746609	42	3.4	42	77	9	134	34	24	15	24	1.95
57746465--57746609	44	3.4	42	77	9	141	34	24	15	24	1.95
57747212--57747280	28	2.5	28	92	2	113	18	10	26	44	1.81
57748907--57748944	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57755219--57755287	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
57756916--57756953	20	1.9	20	94	0	67	50	10	5	34	1.59
57760539--57760639	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
57760568--57760639	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
57763322--57763357	17	2.1	17	100	0	72	36	19	5	38	1.75
57763990--57764092	27	3.9	27	83	2	111	38	18	16	26	1.92
57775056--57775153	16	6.3	16	72	11	53	34	2	2	61	1.19
57775061--57775112	25	2.0	27	92	7	90	30	3	0	65	1.10
57775097--57775147	18	2.9	17	80	16	59	41	1	3	52	1.31
57775197--57775264	21	3.3	22	82	10	72	35	4	0	60	1.17
57775214--57775265	14	3.6	14	75	12	52	32	5	0	61	1.20
57775234--57775303	33	2.1	35	84	10	92	32	4	1	61	1.24
57778619--57778794	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
57778615--57778786	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
57788427--57788634	40	5.2	40	90	1	303	23	21	28	26	1.99
57796633--57796880	40	6.2	40	91	1	374	22	21	29	26	1.99
57801763--57802675	44	20.9	44	83	2	998	33	14	24	27	1.94
57801763--57802675	263	3.5	262	81	3	1041	33	14	24	27	1.94
57806947--57807121	45	3.8	46	79	13	207	20	21	29	29	1.98
57806944--57807113	46	3.7	47	78	15	185	21	21	28	28	1.99
57814524--57814699	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
57814521--57814692	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
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57824956--57825022	20	3.3	22	82	12	72	35	4	0	59	1.18
57824973--57825023	13	3.7	13	78	14	57	33	5	0	60	1.21
57825162--57825201	20	2.0	20	85	9	55	50	0	2	47	1.14
57829740--57829858	43	2.8	41	76	7	130	24	18	24	32	1.97
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57838033--57838252	80	2.8	79	84	5	266	25	26	23	24	2.00
57843535--57843797	40	6.6	40	91	0	402	22	22	28	26	1.99
57848932--57848999	28	2.5	27	90	9	111	36	19	19	25	1.94
57849307--57849371	33	2.0	33	84	0	85	23	23	24	29	1.99
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57852118--57852178	29	2.1	28	90	3	95	27	16	29	26	1.97
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57853958--57854058	29	3.5	29	93	0	175	25	12	30	30	1.93
57859640--57859731	43	2.2	42	86	2	121	23	17	26	32	1.97
57866213--57866352	40	3.5	40	84	8	169	29	26	20	24	1.99
57873888--57873934	24	2.0	24	100	0	94	34	12	14	38	1.85
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57877526--57877675	38	3.9	38	81	3	158	33	27	20	19	1.96
57881050--57881129	31	2.5	31	89	2	115	21	21	18	38	1.93
57888248--57888397	26	5.8	26	93	0	257	26	23	23	26	2.00
57888248--57888397	52	2.9	52	97	1	284	26	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57888542--57888633	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
57888657--57888729	31	2.4	31	92	0	128	30	15	27	27	1.96
57893095--57893130	16	2.3	15	90	4	54	27	0	0	72	0.85
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57894112--57894189	19	4.2	18	71	12	50	64	1	30	3	1.20
57894116--57894166	19	2.7	19	77	14	61	70	1	27	0	0.98
57895264--57895307	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
57900349--57900472	40	3.2	40	94	3	218	21	23	26	28	1.99
57900444--57900498	24	2.1	28	87	12	82	21	21	25	30	1.98
57900404--57900525	64	1.9	66	93	3	212	21	22	26	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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