genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  269  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77317746--77317787	21	2.0	22	90	4	68	42	33	0	23	1.55
77317769--77317803	15	2.4	14	90	4	52	48	31	0	20	1.50
77317727--77317866	14	9.7	14	69	11	59	43	31	2	22	1.65
77319256--77319295	12	3.3	12	96	0	71	47	32	12	7	1.69
77322985--77323158	47	3.7	50	78	14	147	23	33	18	24	1.96
77324822--77324897	41	1.9	40	83	5	100	25	22	17	35	1.95
77325714--77325760	7	6.7	7	95	0	85	57	25	2	14	1.49
77325707--77325760	14	3.8	13	87	4	63	55	25	1	16	1.51
77326709--77326797	41	2.1	41	83	6	108	17	25	17	38	1.92
77327197--77327246	22	2.2	23	85	3	66	40	20	20	20	1.92
77329674--77329846	46	3.7	46	79	10	199	22	20	27	29	1.99
77329671--77329841	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
77334764--77334801	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
77334932--77335420	47	10.3	47	91	0	753	28	30	8	32	1.88
77335029--77335107	25	3.3	25	66	16	76	31	30	5	32	1.79
77340600--77340646	11	4.2	11	79	12	51	72	2	0	25	0.96
77342272--77342402	57	2.3	57	81	0	154	30	16	21	32	1.95
77346850--77346906	22	2.6	22	94	0	96	17	31	33	17	1.93
77348056--77348159	52	2.0	52	96	0	190	30	19	11	38	1.87
77349952--77350144	40	4.8	40	88	1	264	23	28	23	24	2.00
77354925--77354967	21	2.1	20	86	4	59	37	0	16	46	1.47
77355440--77355637	57	3.5	57	81	10	181	28	18	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77358589--77358669	26	3.0	26	71	13	74	40	1	20	37	1.61
77358706--77358737	13	2.5	13	94	0	55	53	0	21	25	1.46
77360412--77360466	26	2.1	26	100	0	110	27	25	16	30	1.96
77360522--77360640	20	5.9	20	81	5	116	38	13	31	16	1.88
77360522--77360640	60	2.0	60	80	9	136	38	13	31	16	1.88
77361687--77361734	24	2.0	24	100	0	96	45	8	4	41	1.53
77367991--77368031	20	2.0	20	100	0	82	19	9	19	51	1.74
77377919--77377955	20	1.9	19	89	10	58	67	0	16	16	1.23
77382582--77382753	93	1.8	93	91	0	281	27	27	21	22	1.99
77382574--77382743	46	3.7	46	74	16	170	29	28	20	21	1.98
77382625--77382768	46	3.1	44	69	21	107	29	26	20	24	1.99
77391653--77391825	93	1.9	93	85	4	242	28	30	19	20	1.97
77394902--77394931	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
77408285--77408324	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
77409855--77409988	43	2.9	46	81	8	157	23	18	29	29	1.98
77411676--77411778	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
77420161--77420244	43	2.0	43	90	0	132	20	19	32	28	1.96
77428025--77428069	22	2.0	22	100	0	90	24	22	8	44	1.81
77431308--77431376	18	3.8	18	92	0	111	11	39	31	17	1.85
77437026--77437178	39	3.9	39	89	0	216	24	30	20	25	1.99
77436995--77437177	78	2.3	79	89	1	269	23	29	21	25	1.99
77445069--77445221	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77445038--77445220	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
77446899--77446950	27	2.1	25	82	13	63	36	9	23	30	1.87
77446947--77447090	27	5.3	26	80	5	117	40	21	9	28	1.85
77446947--77447093	54	2.7	54	82	7	172	40	21	10	27	1.86
77446964--77447178	27	7.6	27	74	14	159	41	21	9	26	1.84
77446964--77447115	54	2.8	53	83	4	187	41	21	9	26	1.84
77447079--77447152	36	2.1	36	89	0	112	43	28	6	21	1.78
77447053--77447178	63	2.0	63	86	6	175	42	23	9	25	1.84
77447135--77447290	27	5.7	27	76	7	118	42	17	8	30	1.80
77447041--77447206	90	1.8	90	80	5	201	41	19	10	28	1.84
77447145--77447277	54	2.4	54	81	6	135	42	16	9	30	1.80
77447145--77447290	55	2.7	54	80	3	159	41	17	9	31	1.81
77447556--77447678	41	3.0	41	80	0	156	20	19	30	29	1.97
77447820--77447884	22	3.0	22	77	8	69	21	26	23	29	1.99
77448087--77448134	22	2.2	22	84	0	60	10	18	27	43	1.82
77460047--77460250	40	5.1	39	84	5	171	26	27	21	24	1.99
77460034--77460250	80	2.7	79	82	4	249	26	26	21	24	1.99
77469833--77469992	29	5.6	29	86	3	198	25	16	31	26	1.96
77477732--77477891	29	5.6	29	86	3	198	25	16	31	26	1.96
77492471--77492585	28	4.1	28	75	8	101	26	27	13	31	1.94
77492654--77492690	19	2.0	19	89	5	58	16	40	18	24	1.90
77492801--77492831	16	1.9	16	93	0	53	6	19	29	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77495162--77495247	9	9.6	9	87	7	122	43	20	10	25	1.84
77501401--77501571	46	3.7	46	78	11	197	20	19	30	29	1.97
77504521--77504589	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
77504512--77504599	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
77506980--77507155	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
77506976--77507147	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
77511306--77511361	15	3.6	15	75	15	51	51	19	12	16	1.75
77514376--77514434	20	3.0	20	76	0	64	32	35	13	18	1.90
77516389--77516547	30	5.5	30	87	8	204	27	25	14	32	1.95
77516389--77516547	87	1.8	87	86	2	230	27	25	14	32	1.95
77524357--77524516	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
77524357--77524516	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
77530571--77530659	43	2.1	43	91	0	142	33	28	13	24	1.93
77532067--77532092	13	2.0	13	100	0	52	15	23	23	38	1.92
77541612--77541660	25	2.0	25	87	0	71	32	24	14	28	1.94
77541695--77541777	20	4.2	20	92	0	139	33	13	20	32	1.91
77541831--77541949	47	2.6	47	87	11	183	28	20	21	29	1.98
77541831--77541970	23	6.0	24	86	9	184	27	20	22	28	1.99
77542163--77542244	31	2.6	32	86	7	114	35	17	25	21	1.95
77549742--77549789	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
77549826--77549868	20	2.2	20	95	0	77	34	11	20	32	1.89
77549833--77549876	20	2.2	20	87	0	61	31	11	25	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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77550257--77550338	31	2.6	32	86	7	114	35	17	25	21	1.95
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77564858--77565021	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
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77576948--77577016	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
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77589054--77589122	20	3.4	19	75	13	59	68	2	1	27	1.13
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77600823--77600893	28	2.6	28	86	2	90	35	5	16	42	1.72
77600770--77600897	55	2.4	55	82	5	154	32	7	17	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77600767--77600909	27	5.3	27	80	4	146	30	6	21	41	1.79
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77607010--77607186	51	3.5	50	86	3	239	27	29	14	28	1.95
77614378--77614549	89	1.9	88	92	1	290	34	11	20	33	1.89
77618915--77619182	46	5.8	46	76	16	275	29	29	19	21	1.98
77618922--77619189	93	2.9	93	95	0	473	29	29	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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