genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.342.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  342  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98976665--98976713	25	2.0	25	83	0	62	38	10	10	40	1.73
98978756--98978784	13	2.2	13	100	0	58	34	20	0	44	1.52
98983892--98983961	34	2.1	34	100	0	140	17	34	28	20	1.95
98988860--98988916	15	3.7	15	73	17	53	54	1	0	43	1.10
98988862--98988936	32	2.4	32	88	4	109	52	1	0	46	1.09
98991864--98991934	16	4.4	16	89	0	97	36	5	29	28	1.80
98991916--98992009	44	2.1	44	86	7	127	35	5	24	35	1.78
98992113--98992238	58	2.2	58	86	2	173	52	3	0	43	1.22
98992100--98992266	58	2.9	57	81	8	171	53	2	1	41	1.27
98999330--98999406	24	3.2	24	100	0	154	51	0	24	23	1.48
99000607--99000636	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
99001694--99001761	33	2.2	30	82	12	75	41	4	1	52	1.30
99002341--99002367	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
99002369--99002458	44	2.0	44	86	0	126	47	10	8	33	1.68
99016224--99016283	22	2.6	22	78	19	61	46	5	1	46	1.34
99016402--99016445	23	1.9	23	82	17	56	43	4	0	52	1.22
99016529--99016600	27	2.6	27	80	6	83	40	8	6	44	1.61
99020677--99020723	23	2.0	24	95	4	87	21	4	21	53	1.63
99020682--99020722	13	3.4	13	74	19	52	21	4	21	51	1.67
99020682--99020734	23	2.2	23	90	6	79	22	3	20	52	1.62
99020817--99020926	4	27.2	4	86	1	139	26	2	25	45	1.67
99022715--99022769	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99024298--99024329	13	2.4	14	89	10	57	15	0	25	59	1.36
99034122--99034251	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
99042135--99042278	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
99042172--99042301	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
99046882--99046967	43	2.0	43	90	0	136	22	17	31	29	1.96
99047380--99047408	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
99051249--99051499	87	2.9	86	90	1	369	35	21	15	27	1.94
99056442--99056634	38	5.1	38	83	0	224	37	27	18	16	1.92
99057993--99058052	27	2.2	27	84	0	75	23	20	26	30	1.98
99064229--99064285	19	3.0	19	89	5	80	56	5	0	38	1.22
99064229--99064280	20	2.6	20	90	6	79	57	5	0	36	1.23
99064288--99064333	18	2.6	18	100	0	92	50	0	10	39	1.38
99069898--99069934	19	1.9	19	94	0	65	43	0	0	56	0.99
99070100--99070181	41	2.0	41	95	0	146	36	10	6	46	1.64
99070427--99070474	16	2.9	18	73	17	50	60	6	2	31	1.33
99080745--99080868	47	2.6	48	82	13	159	29	17	28	24	1.97
99082545--99082643	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
99089277--99089321	19	2.4	19	96	0	81	37	15	17	28	1.91
99089767--99090812	49	21.4	49	95	0	1799	30	30	8	30	1.87
99094612--99095042	40	10.8	40	97	0	774	25	27	21	25	1.99
99097037--99097531	49	10.1	49	95	0	891	30	29	8	31	1.86
99097037--99098301	98	13.2	98	95	2	2109	30	30	8	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99097037--99098301	147	8.8	147	92	4	2127	30	30	8	30	1.86
99097494--99097709	37	5.2	37	75	23	207	31	30	9	28	1.88
99097531--99098301	49	16.1	49	87	7	1079	30	30	8	30	1.87
99102686--99102784	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
99107665--99107850	94	2.0	94	96	0	345	39	10	10	39	1.73
99111341--99111510	93	1.8	93	96	0	313	28	29	21	21	1.98
99111332--99111507	46	3.8	46	79	12	207	29	29	20	20	1.98
99122642--99122707	34	2.0	33	90	3	105	27	21	25	25	1.99
99125013--99125039	13	2.1	13	100	0	54	7	14	25	51	1.68
99125870--99125964	33	2.8	33	82	7	104	31	25	20	23	1.98
99125987--99126028	23	1.9	21	85	9	57	23	50	4	21	1.68
99135464--99135503	21	1.9	21	84	0	53	25	12	30	32	1.92
99135594--99135643	6	8.8	6	93	4	70	18	8	0	74	1.06
99140219--99140385	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
99140219--99140385	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
99141210--99141255	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
99148218--99148383	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
99148234--99148345	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
99148234--99148383	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
99149208--99149253	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
99150790--99150838	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
99151660--99151825	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99164466--99164632	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
99164466--99164632	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
99165458--99165503	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
99169413--99169444	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
99170953--99171058	29	3.7	29	77	6	83	25	14	33	26	1.94
99173064--99173133	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
99180989--99181058	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
99189130--99189155	12	2.2	12	100	0	52	38	46	7	7	1.61
99192765--99192814	21	2.6	18	81	12	55	18	30	38	14	1.89
99195461--99195539	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
99195411--99195824	47	8.7	49	93	2	618	29	29	7	32	1.86
99199544--99199888	40	8.6	40	93	0	564	27	27	19	25	1.99
99201358--99201436	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
99201309--99201953	49	13.7	47	89	5	930	29	30	7	32	1.86
99201309--99201953	240	2.7	240	91	3	1010	29	30	7	32	1.86
99201756--99201934	89	2.0	89	92	0	295	29	29	8	32	1.87
99206912--99206946	8	4.4	8	85	0	52	51	14	22	11	1.74
99207180--99207276	29	3.4	29	81	4	117	24	12	35	27	1.92
99209190--99209250	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
99211914--99211999	27	3.1	27	72	21	72	43	2	3	51	1.31
99222309--99222353	5	10.0	5	86	13	55	35	0	0	64	0.94
99225288--99225419	55	2.4	55	78	7	126	32	32	19	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99230550--99230927	48	7.9	48	71	1	254	24	28	18	28	1.98
99230564--99230914	96	3.7	96	75	1	319	24	27	19	29	1.98
99230550--99230816	144	1.9	144	81	0	327	25	29	19	26	1.98
99230562--99230927	192	1.9	192	88	1	545	25	27	18	28	1.98
99232698--99232743	24	1.9	24	81	0	56	73	0	17	8	1.07
99234031--99234190	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
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99243682--99243710	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
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99255997--99256340	45	7.6	45	85	1	395	36	16	20	27	1.94
99256087--99256388	135	2.2	135	82	3	358	38	17	20	24	1.93
99260698--99260776	26	3.0	27	85	7	101	36	24	20	18	1.95
99260705--99260802	26	3.8	26	82	8	94	36	22	21	19	1.95
99262206--99262230	13	1.9	13	100	0	50	68	0	32	0	0.90
99266366--99266427	32	1.9	33	83	9	83	29	25	22	22	1.99
99266533--99266610	27	2.9	27	76	1	86	38	21	20	19	1.94
99267854--99267899	19	2.5	19	79	13	51	65	0	6	28	1.17
99268243--99268268	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99273796--99273868	34	2.2	33	80	7	85	28	23	19	28	1.98
99282745--99282875	58	2.3	57	81	9	158	31	15	22	30	1.95
99282745--99282876	29	4.6	29	81	3	142	31	15	23	30	1.95
99287683--99287777	46	2.1	46	86	4	129	29	13	16	40	1.87
99294243--99294356	43	2.7	43	79	4	124	25	16	24	33	1.96
99297038--99297070	16	2.0	17	88	5	50	27	3	18	51	1.60
99299740--99299907	40	4.2	40	83	3	214	27	27	21	23	1.99
99306161--99306337	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
99308275--99308394	37	3.2	37	84	0	141	16	10	27	45	1.81
99311132--99311205	23	3.3	22	83	9	78	47	17	14	20	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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