genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  303  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87289933--87290046	28	4.1	27	75	14	90	51	28	0	19	1.52
87289954--87290015	14	4.4	14	77	18	65	51	32	1	14	1.52
87290286--87290457	84	2.1	83	88	3	256	31	18	19	30	1.96
87290362--87290709	126	2.8	126	75	2	333	32	16	18	32	1.93
87295680--87295773	21	4.4	21	71	10	75	14	32	24	27	1.95
87302450--87302508	28	2.1	28	100	0	118	28	30	6	33	1.83
87310163--87310284	47	2.6	47	96	0	217	35	13	25	25	1.93
87310263--87310514	55	4.6	54	87	4	314	35	17	24	22	1.95
87310367--87310456	29	3.2	29	63	30	77	34	21	24	20	1.96
87313819--87313858	16	2.3	18	87	8	57	40	25	15	20	1.90
87313877--87313910	17	2.0	17	88	0	50	47	32	5	14	1.69
87316390--87316516	22	5.7	22	87	5	166	44	38	1	15	1.57
87316390--87316507	45	2.6	44	85	6	166	44	38	1	14	1.55
87316684--87316713	15	2.0	15	100	0	60	53	26	0	20	1.46
87317325--87317391	3	23.7	3	88	11	106	28	0	0	71	0.86
87321814--87321858	3	15.7	3	90	9	76	28	0	0	71	0.87
87323152--87323195	16	2.5	19	82	17	60	40	25	9	25	1.84
87323227--87323260	17	2.0	17	88	0	50	44	32	5	17	1.73
87324153--87324183	16	1.9	16	93	0	53	38	9	0	51	1.35
87325565--87325594	16	1.9	15	93	6	51	40	3	0	56	1.16
87326144--87326199	6	9.2	6	73	11	51	51	0	1	46	1.11
87326155--87326204	25	2.0	25	92	0	82	56	0	2	42	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87326890--87326914	13	1.9	13	100	0	50	60	16	8	16	1.58
87344738--87344795	15	3.8	15	77	8	55	79	10	0	10	0.94
87345906--87345973	33	2.0	35	82	5	86	23	5	2	67	1.26
87351345--87351377	17	1.9	17	88	11	50	48	18	0	33	1.48
87354909--87354973	5	12.6	5	76	11	60	53	0	3	43	1.16
87354913--87354973	31	1.9	33	83	6	81	54	0	3	42	1.17
87364109--87364141	5	6.6	5	92	0	57	42	33	0	24	1.55
87368631--87368674	20	2.2	20	95	0	79	34	36	20	9	1.84
87372462--87372677	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
87372412--87372677	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
87375321--87375348	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
87377174--87377266	45	2.1	45	89	0	141	18	19	21	40	1.91
87377269--87377399	59	2.2	59	95	0	235	16	19	22	41	1.89
87377605--87377678	36	2.1	36	84	0	94	36	9	16	37	1.81
87377615--87377691	18	4.3	18	81	1	75	35	9	15	40	1.79
87377619--87377687	36	1.9	36	84	0	93	36	7	15	40	1.76
87381445--87381469	12	2.1	12	100	0	50	24	8	32	36	1.84
87381677--87381707	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
87387481--87387602	47	2.6	47	94	0	208	34	14	24	26	1.94
87387583--87387777	55	3.6	54	81	6	225	35	17	23	23	1.95
87391635--87391659	8	3.1	8	100	0	50	28	0	12	60	1.32
87394498--87394684	23	8.2	22	84	5	180	24	20	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87394487--87394684	46	4.3	45	85	3	245	24	20	25	29	1.99
87394488--87394685	91	2.2	91	84	4	247	24	20	24	29	1.99
87397279--87397447	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
87411019--87411152	71	1.9	71	88	0	205	30	15	23	30	1.95
87410928--87411767	160	5.4	160	89	6	1350	29	17	20	31	1.96
87411179--87411452	73	3.9	68	88	7	390	31	17	21	29	1.96
87411479--87411612	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
87411542--87411699	87	1.8	85	90	2	253	28	17	21	32	1.96
87411638--87411842	73	2.9	70	85	7	279	31	18	21	29	1.97
87411242--87412242	390	2.6	391	94	3	1731	29	17	20	31	1.96
87411869--87412002	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
87411707--87412160	159	2.8	160	92	2	716	30	17	21	30	1.96
87412028--87412280	74	3.5	71	83	5	294	32	16	20	30	1.95
87412226--87412467	67	3.6	65	84	7	281	28	15	14	40	1.87
87412414--87412438	13	1.9	13	100	0	50	16	16	4	64	1.44
87418361--87418523	89	1.8	89	84	7	224	27	27	15	29	1.96
87418394--87418826	44	9.7	43	69	14	202	26	27	16	29	1.97
87418579--87419102	177	3.0	175	83	6	646	26	24	19	29	1.98
87418916--87419015	44	2.2	45	77	5	114	31	23	18	28	1.97
87420782--87420809	12	2.3	12	100	0	56	21	17	25	35	1.95
87431633--87431724	27	3.4	27	87	3	105	28	16	17	38	1.91
87431703--87431962	27	9.7	26	84	5	252	28	8	22	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87431676--87431962	81	3.6	80	81	5	294	28	8	22	40	1.83
87434219--87434349	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
87434219--87434349	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
87436940--87437008	27	2.6	26	80	11	77	55	2	7	34	1.43
87441397--87441448	22	2.4	22	81	15	63	69	3	7	19	1.29
87444382--87444424	18	2.3	18	80	4	50	58	6	0	34	1.25
87444369--87444454	19	4.7	18	72	9	50	59	5	0	34	1.22
87444423--87444465	16	2.6	16	85	14	52	55	2	0	41	1.12
87447517--87447582	31	2.1	31	85	0	87	54	19	9	16	1.68
87453345--87453456	9	12.7	9	81	5	104	31	1	20	46	1.61
87453727--87453855	29	4.3	28	70	16	98	51	3	0	44	1.22
87453790--87453875	22	4.1	23	73	21	98	51	6	0	41	1.29
87453760--87453875	61	1.9	62	96	1	216	51	5	0	43	1.24
87453763--87453875	19	5.7	20	73	18	94	50	5	0	44	1.24
87453783--87453841	22	2.3	26	72	27	72	50	6	0	42	1.28
87454091--87454137	24	2.0	24	86	0	67	42	8	19	29	1.80
87455779--87455879	38	2.7	38	96	0	184	32	3	28	34	1.76
87455800--87455864	19	3.4	19	68	16	62	33	1	27	36	1.67
87455779--87455891	38	3.0	38	90	2	138	34	4	28	32	1.77
87456114--87456259	75	1.9	75	83	8	190	32	15	19	32	1.93
87455984--87456323	188	1.8	189	82	8	451	30	16	19	33	1.94
87456498--87456562	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87456926--87456986	21	2.9	21	85	2	68	22	0	22	54	1.45
87457549--87457622	7	10.4	7	74	8	51	51	28	0	20	1.48
87457751--87457910	40	4.0	40	77	12	143	25	22	19	33	1.97
87460346--87460387	17	2.3	18	84	8	59	78	4	4	11	1.06
87465202--87465394	55	3.6	53	80	7	210	23	21	18	36	1.95
87468805--87468975	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
87484939--87484984	2	23.5	2	91	4	76	52	2	0	45	1.13
87485127--87485174	24	2.0	25	83	4	62	54	8	4	33	1.50
87485135--87485187	25	2.2	24	83	10	63	58	9	0	32	1.30
87485917--87485956	21	2.0	20	85	5	53	5	10	2	82	0.91
87488526--87488558	5	6.8	5	86	6	50	78	0	0	21	0.75
87492078--87492129	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
87494047--87494095	24	2.0	24	84	0	62	53	10	6	30	1.59
87494980--87495091	50	2.2	50	82	0	134	34	24	15	25	1.94
87495861--87495911	24	2.1	24	100	0	102	31	19	7	41	1.80
87498609--87498651	10	4.5	10	81	18	56	81	2	0	16	0.79
87498610--87498651	19	2.2	18	91	8	66	83	2	0	14	0.75
87499215--87499272	22	2.6	22	81	10	55	29	8	0	62	1.25
87499472--87499520	3	16.7	3	78	4	55	32	2	4	61	1.26
87499614--87499682	27	2.7	26	80	6	86	37	7	2	52	1.44
87499706--87499817	12	9.3	12	67	23	51	33	3	3	58	1.32
87499761--87499819	18	3.2	18	80	17	68	30	3	1	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87499874--87499923	20	2.5	21	77	9	59	28	6	4	62	1.37
87503600--87503644	22	2.0	22	95	0	81	28	20	4	46	1.69
87512001--87512249	88	2.8	89	87	4	367	28	17	20	34	1.95
87512178--87512619	74	6.0	74	85	6	549	28	16	21	33	1.95
87512180--87512737	149	3.7	147	83	9	635	28	17	20	33	1.95
87512546--87512706	87	1.9	86	92	1	268	28	15	20	35	1.93
87512765--87512854	45	2.0	45	82	0	108	23	18	27	30	1.98
87513216--87513258	20	2.2	20	83	8	52	62	18	0	18	1.32
87513419--87513462	16	2.9	15	80	16	54	18	45	11	25	1.82
87513759--87513801	10	4.5	10	85	8	63	81	2	0	16	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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