genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  39  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9549626--9549795	88	1.9	88	89	0	259	38	17	16	27	1.91
9549701--9550352	75	8.3	74	68	16	207	36	18	16	28	1.93
9549866--9550166	77	4.0	74	79	7	297	35	19	16	27	1.94
9549865--9550165	75	4.0	75	81	3	354	36	19	16	27	1.93
9550014--9550496	165	2.9	165	89	1	700	34	19	17	28	1.95
9550183--9550349	75	2.2	75	86	0	235	36	19	17	26	1.94
9550257--9550440	89	2.0	90	89	4	282	38	17	16	27	1.91
9550343--9550514	77	2.3	75	89	3	265	37	18	16	27	1.92
9563793--9563876	26	3.2	26	93	0	141	35	25	5	33	1.80
9565598--9565644	22	2.2	21	82	14	53	53	4	8	34	1.51
9565674--9565718	25	1.9	22	86	13	63	55	8	6	28	1.56
9565694--9565763	31	2.2	32	82	9	83	61	4	5	28	1.38
9565833--9566045	23	8.8	24	75	14	181	57	5	4	32	1.40
9566230--9566263	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
9568123--9568152	10	3.0	10	90	0	51	60	13	0	26	1.34
9569121--9569170	20	2.5	20	93	0	91	38	30	14	18	1.89
9573996--9574077	3	27.3	3	92	0	119	34	4	0	60	1.18
9575579--9575620	19	2.2	20	91	4	68	54	0	7	38	1.28
9575961--9576004	15	2.9	15	86	3	52	61	2	2	34	1.21
9575959--9576052	13	6.7	14	69	30	60	58	2	4	35	1.29
9575961--9576103	20	7.3	19	65	21	64	60	2	4	32	1.31
9576085--9576149	27	2.4	27	79	5	69	70	1	1	26	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9578068--9578154	40	2.2	40	93	0	147	34	11	14	39	1.83
9584681--9584715	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
9589261--9589295	18	1.9	18	88	0	52	14	31	0	54	1.40
9590811--9590891	42	1.9	42	94	0	144	24	12	19	43	1.86
9591033--9591137	33	3.2	33	88	0	156	48	8	11	31	1.69
9591287--9591333	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
9597037--9597112	38	2.0	38	100	0	152	36	26	13	23	1.91
9600709--9600815	17	5.9	18	87	6	155	36	14	11	38	1.81
9600709--9600815	35	3.0	35	95	4	187	36	14	11	38	1.81
9601581--9602133	83	6.7	83	93	0	903	27	21	18	32	1.97
9601572--9602189	249	2.5	248	86	4	737	27	21	18	32	1.97
9602282--9602501	121	1.8	121	87	2	325	28	20	17	34	1.95
9602493--9602672	44	4.1	43	74	9	175	27	25	16	31	1.96
9603586--9603618	12	2.6	13	90	4	50	0	12	0	87	0.53
9609975--9610046	19	3.9	18	87	10	103	36	13	11	38	1.81
9609968--9610046	35	2.2	37	86	13	121	35	15	10	39	1.81
9609989--9610044	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
9610166--9610204	20	2.0	20	84	0	51	10	2	15	71	1.23
9610287--9610323	17	2.2	17	85	4	58	51	0	0	48	1.00
9618489--9618561	21	3.5	21	72	7	67	41	13	23	21	1.89
9621284--9621365	40	2.0	40	100	0	164	34	17	17	31	1.93
9639692--9639761	24	2.8	24	93	4	113	74	4	4	17	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9651406--9651470	21	3.2	21	74	12	73	41	21	26	10	1.86
9651400--9651488	39	2.3	39	98	0	169	39	23	24	12	1.89
9661638--9661679	16	2.6	16	78	14	50	64	9	2	23	1.35
9661737--9661776	18	2.3	17	91	4	62	65	0	0	35	0.93
9661746--9661784	9	4.4	9	83	6	53	61	2	0	35	1.10
9662072--9662122	20	2.7	18	75	22	50	29	1	5	62	1.29
9662138--9662175	17	2.1	19	90	9	62	26	2	5	65	1.27
9665852--9665886	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
9667066--9667107	20	2.1	21	86	8	61	73	0	2	23	0.94
9669592--9669642	3	17.3	3	95	4	95	68	0	0	31	0.90
9672436--9672475	21	2.0	20	90	5	62	27	5	5	62	1.37
9676359--9676438	33	2.5	32	81	6	81	46	3	0	50	1.19
9676392--9676440	25	2.0	25	83	0	62	44	2	0	53	1.12
9688585--9688761	27	6.7	26	73	13	110	33	18	2	45	1.64
9688591--9688728	40	3.4	39	82	5	116	34	18	2	44	1.62
9688654--9688751	40	2.5	40	94	0	169	36	20	1	41	1.59
9688591--9688730	67	2.1	67	87	2	201	35	19	2	43	1.63
9688585--9688751	13	12.5	13	71	12	108	34	18	2	43	1.65
9688810--9688878	25	2.8	25	80	4	77	33	23	15	27	1.95
9690517--9690587	22	3.2	22	76	11	74	35	14	21	29	1.92
9690641--9690728	37	2.4	37	86	0	113	29	25	20	25	1.99
9692917--9693088	46	4.0	44	80	11	176	20	24	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9697566--9697616	15	3.4	15	86	5	59	33	1	1	62	1.17
9709178--9709252	32	2.3	32	81	6	89	17	17	44	21	1.87
9709297--9709437	72	2.0	72	88	2	212	34	19	25	20	1.96
9711487--9711528	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
9711559--9711622	15	4.4	14	70	18	51	25	3	1	70	1.11
9711586--9711622	13	2.8	13	87	0	56	21	2	0	75	0.92
9711312--9712655	145	9.2	144	75	13	1128	30	7	6	55	1.53
9711776--9711817	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
9711312--9712498	297	4.0	290	88	7	1494	30	7	6	55	1.53
9712586--9712644	30	1.9	31	93	3	102	25	5	1	67	1.20
9712793--9712831	20	1.9	21	84	5	53	66	5	0	28	1.12
9713162--9713230	8	8.9	8	78	12	63	0	42	0	57	0.98
9713162--9713230	16	4.4	16	78	12	81	0	42	0	57	0.98
9718852--9718927	31	2.4	32	93	4	136	2	32	6	57	1.38
9725834--9725912	32	2.5	32	95	2	142	2	31	5	60	1.31
9727201--9727254	22	2.5	22	93	0	90	35	12	14	37	1.85
9728447--9728511	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
9729339--9729386	18	2.6	19	83	9	55	47	0	4	47	1.21
9729345--9729386	19	2.2	19	83	8	50	45	0	4	50	1.23
9730061--9730093	17	2.0	17	88	5	50	72	0	0	27	0.85
9737610--9738017	206	2.0	205	90	0	636	32	15	20	31	1.94
9738263--9738345	31	2.7	31	85	7	123	16	33	34	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9743452--9743600	41	3.6	41	98	0	280	28	24	27	20	1.99
9743638--9743672	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
9744405--9744448	16	2.8	16	80	16	56	72	2	0	25	0.96
9744440--9744467	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9748212--9748265	28	2.0	28	82	10	67	27	5	3	62	1.34
9748278--9748505	43	5.3	42	88	4	289	24	18	26	30	1.98
9748309--9748505	43	4.6	43	91	3	299	24	17	25	31	1.97
9748297--9748505	87	2.4	85	89	3	330	25	18	25	30	1.98
9751168--9751209	12	3.5	12	90	0	57	35	7	2	54	1.41
9751332--9751366	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
9751886--9751949	32	2.0	32	100	0	128	31	25	12	31	1.92
9752349--9752436	18	4.8	18	70	6	61	47	0	2	50	1.13
9763029--9763104	39	2.0	38	97	2	143	36	13	15	34	1.87
9765086--9765184	21	4.9	21	65	21	52	49	0	1	49	1.07
9765086--9765150	21	2.9	23	72	21	66	47	0	0	52	1.00
9765125--9765195	37	1.9	37	88	5	108	50	2	1	45	1.25
9769192--9769226	4	8.8	4	93	0	61	28	22	0	48	1.51
9770560--9770614	20	2.7	20	75	13	58	36	7	12	43	1.71
9780898--9780953	27	2.1	27	82	0	67	41	28	5	25	1.77
9782787--9782895	26	4.2	26	93	0	191	33	7	23	35	1.83
9784491--9784576	27	3.2	27	83	6	104	17	23	24	34	1.96
9784491--9784595	54	2.0	53	83	9	133	20	23	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9786422--9786491	36	1.9	36	91	5	115	40	10	8	41	1.69
9787673--9787723	5	10.2	5	80	0	57	70	21	5	1	1.18
9798034--9798059	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
9799482--9799514	18	1.9	17	88	11	50	63	3	21	12	1.41
9800551--9800685	43	3.1	43	77	8	148	33	23	16	26	1.96
9801484--9801512	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
9807056--9807141	7	12.1	7	66	11	50	44	34	0	20	1.52
9807067--9807141	14	5.3	14	75	15	57	44	34	0	21	1.53
9807515--9807583	35	1.9	35	91	2	111	42	14	4	39	1.66
9808115--9808365	115	2.2	113	81	2	279	32	20	15	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444