genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.339.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  339  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98029422--98029506	43	2.0	43	86	4	118	22	31	20	25	1.98
98032645--98032825	40	4.6	39	78	6	161	23	28	24	24	2.00
98032676--98032825	77	1.9	80	86	4	216	23	28	22	25	1.99
98040667--98040816	77	1.9	80	83	6	200	23	28	23	25	2.00
98040627--98040816	40	4.8	39	77	7	161	23	28	24	24	2.00
98045331--98045387	29	2.0	29	100	0	114	35	24	17	22	1.95
98047180--98047307	43	3.0	43	90	2	186	23	29	20	26	1.99
98048091--98048165	39	1.9	39	100	0	150	38	22	5	33	1.77
98051555--98051624	13	5.6	12	77	9	68	78	1	4	15	0.98
98051555--98051624	6	11.2	6	79	8	68	78	1	4	15	0.98
98051571--98051624	26	2.1	26	89	0	81	81	0	1	16	0.78
98051571--98051626	20	2.8	20	86	7	64	80	0	1	17	0.80
98070215--98070397	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
98074155--98074314	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
98074155--98074314	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
98082071--98082230	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
98082071--98082230	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
98089521--98089739	40	5.6	40	84	6	227	27	22	26	22	1.99
98089521--98089747	79	2.9	79	82	7	234	27	22	26	23	2.00
98097558--98097784	40	5.8	40	86	5	234	27	22	26	23	2.00
98097560--98097784	39	5.7	39	85	6	235	27	23	26	23	2.00
98100853--98100942	28	3.2	28	98	0	171	16	41	22	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98115273--98115309	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
98116471--98116505	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
98126870--98127095	122	1.9	122	93	0	389	26	15	28	28	1.96
98134792--98134892	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
98142543--98142941	145	2.7	144	77	7	412	43	9	8	39	1.66
98145001--98145471	237	2.0	237	83	3	599	31	15	20	32	1.94
98145760--98145817	27	2.1	27	96	0	107	36	13	6	43	1.71
98149539--98149709	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
98149531--98149706	46	3.8	46	77	12	189	29	28	19	21	1.98
98156841--98156875	13	2.6	14	86	13	56	14	5	2	77	1.07
98158103--98158137	18	1.9	18	88	0	52	42	11	8	37	1.72
98158049--98158241	101	1.9	101	82	6	239	50	10	10	27	1.70
98158507--98158545	18	2.2	18	85	0	51	76	5	0	17	0.96
98164890--98164931	14	3.0	14	76	13	50	40	7	7	45	1.59
98168155--98168318	43	3.8	42	77	10	161	33	23	18	24	1.97
98168162--98168327	44	3.9	42	78	10	158	33	24	18	23	1.97
98175470--98175533	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
98175726--98175869	24	6.0	24	84	8	186	27	19	21	31	1.97
98175922--98175984	20	3.2	20	93	0	108	31	17	12	38	1.87
98179015--98179192	40	4.5	40	92	0	268	24	27	23	24	2.00
98186946--98187009	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
98187202--98187343	24	6.0	24	90	8	220	28	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98187202--98187342	70	2.0	72	90	8	227	28	21	20	29	1.98
98187401--98187457	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
98187397--98187459	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
98187496--98187543	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
98189891--98189922	10	3.2	10	95	0	55	21	43	21	12	1.86
98191336--98191503	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
98199354--98199521	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
98201465--98201621	44	3.7	42	70	13	115	29	24	19	26	1.98
98205403--98205472	27	2.5	28	95	2	124	30	14	27	28	1.95
98213222--98213319	28	3.5	28	97	1	180	28	14	26	30	1.95
98226230--98226286	30	1.9	30	82	7	71	38	8	19	33	1.82
98226391--98226536	73	2.0	71	93	2	247	26	14	21	37	1.92
98228157--98228196	21	2.0	20	90	5	62	12	40	27	20	1.88
98230467--98230506	17	2.4	17	91	0	62	35	17	15	32	1.91
98230475--98230510	17	2.1	17	100	0	72	27	16	11	44	1.82
98232430--98232462	11	3.1	11	82	8	50	36	15	21	27	1.93
98232414--98232462	21	2.3	22	89	3	73	36	18	18	26	1.94
98234382--98234435	23	2.4	22	75	9	54	22	16	14	46	1.84
98234498--98234529	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
98239500--98239540	20	2.0	20	85	0	55	46	4	12	36	1.63
98239600--98239636	17	2.2	17	95	0	65	64	0	2	32	1.07
98239831--98239863	4	8.2	4	93	0	57	72	0	27	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98240942--98241057	51	2.2	53	83	4	146	17	22	19	40	1.91
98241187--98241270	18	4.5	18	72	8	60	41	14	11	32	1.82
98242232--98242291	22	2.7	22	92	0	93	25	28	31	15	1.95
98244775--98244805	16	1.9	16	93	0	53	51	6	3	38	1.44
98249679--98249721	15	2.9	15	82	0	50	20	9	11	58	1.61
98264628--98264806	49	3.7	50	78	10	169	25	17	30	26	1.98
98268577--98268710	39	3.5	39	87	6	193	44	22	3	29	1.70
98268583--98268699	37	3.1	37	86	7	164	45	22	2	29	1.66
98268639--98268704	22	3.2	21	69	20	59	43	22	3	30	1.68
98283561--98283768	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
98283661--98283768	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
98290726--98290933	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
98290826--98290933	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
98300747--98300925	37	4.8	37	80	3	189	34	30	17	17	1.93
98308154--98308210	6	9.7	6	98	1	107	0	15	0	84	0.63
98313511--98313543	16	2.1	16	100	0	66	39	12	12	36	1.80
98317209--98317346	43	3.2	43	76	6	111	28	18	24	28	1.98
98330917--98330961	2	22.5	2	95	0	81	53	0	0	46	1.00
98331489--98331588	43	2.3	43	84	0	137	35	33	22	10	1.87
98331608--98331728	40	3.0	40	92	0	188	26	29	23	20	1.99
98334033--98334058	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
98340616--98340775	26	6.2	26	91	0	257	33	6	23	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98340616--98340775	52	3.1	52	96	0	284	33	6	23	36	1.81
98345255--98345307	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
98345555--98345978	137	3.1	137	96	0	776	25	18	24	31	1.98
98347050--98347223	37	4.6	37	77	1	159	37	28	17	15	1.91
98347160--98347277	54	2.2	54	83	3	139	35	28	21	14	1.92
98347214--98347324	37	3.0	37	78	12	111	36	32	18	12	1.88
98352894--98352976	18	4.6	18	84	0	103	31	24	15	28	1.96
98352894--98352976	36	2.3	36	87	0	121	31	24	15	28	1.96
98358611--98358650	17	2.5	16	84	11	55	50	5	0	45	1.23
98359628--98359656	14	2.1	14	100	0	58	55	13	0	31	1.39
98360005--98360039	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
98360710--98360770	29	2.1	29	81	0	68	40	11	4	42	1.62
98361244--98361303	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
98361274--98361332	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
98361379--98361411	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
98362928--98362966	20	2.0	20	84	0	51	33	2	0	64	1.08
98362926--98362985	30	1.9	30	83	6	75	36	5	0	58	1.20
98366105--98366238	45	3.0	43	77	6	142	26	17	20	34	1.96
98370583--98370747	81	2.0	85	83	4	212	50	6	17	24	1.70
98375876--98376047	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
98375879--98376045	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
98375975--98376045	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98381499--98381539	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
98386723--98386778	27	2.1	26	80	12	60	69	5	3	21	1.24
98388193--98388273	32	2.5	32	80	6	92	59	3	0	37	1.15
98391507--98391560	26	2.1	25	83	10	65	37	0	12	50	1.41
98393139--98393178	4	9.5	4	84	10	53	77	0	22	0	0.77
98397011--98397117	48	2.2	48	85	6	146	31	8	9	50	1.64
98397580--98397644	12	5.4	12	83	7	60	6	33	32	27	1.82
98400191--98400232	17	2.8	15	86	13	52	64	0	0	35	0.94
98400191--98400233	14	3.2	13	84	12	52	62	0	0	37	0.95
98405895--98406031	54	2.5	54	90	0	211	27	14	24	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444