genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  100  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29055318--29055464	29	5.2	29	79	12	128	27	31	12	28	1.93
29055347--29055464	29	4.1	29	81	7	134	28	31	11	27	1.92
29055681--29055718	16	2.4	16	95	0	67	13	23	15	47	1.81
29056956--29056987	16	2.0	16	100	0	64	6	6	37	50	1.53
29060803--29061034	49	4.7	49	78	4	241	26	17	25	29	1.98
29060812--29061034	101	2.2	98	80	3	241	26	17	25	30	1.97
29065545--29065776	49	4.7	50	81	5	283	25	19	26	28	1.99
29065548--29065776	100	2.3	98	84	5	291	25	19	25	28	1.99
29066080--29066112	12	2.7	13	86	13	52	54	0	9	36	1.32
29079927--29080094	40	4.2	40	82	3	153	25	23	26	24	2.00
29090640--29090838	40	4.9	40	74	9	111	25	25	22	26	2.00
29090689--29090839	80	1.9	81	87	4	225	25	25	22	25	2.00
29095106--29095159	26	2.1	26	85	0	72	40	16	12	29	1.86
29097525--29097649	43	2.9	45	82	5	159	35	27	13	24	1.93
29100473--29100570	40	2.5	40	90	5	146	24	24	29	21	1.99
29108338--29108518	40	4.4	40	89	7	267	23	22	29	24	1.99
29108338--29108518	84	2.2	80	90	6	276	23	22	29	24	1.99
29117572--29117698	29	4.5	28	81	7	125	22	33	14	28	1.94
29117572--29117697	57	2.2	56	83	8	148	23	33	15	28	1.94
29117930--29117972	16	2.7	16	77	0	50	11	20	16	51	1.75
29131654--29131703	20	2.5	20	90	0	82	12	28	34	26	1.92
29141042--29141202	40	4.1	40	91	2	254	25	29	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29143502--29143856	49	7.3	49	97	0	644	29	29	8	32	1.87
29151123--29151164	21	2.0	20	82	13	50	40	23	14	21	1.90
29151626--29151711	40	2.2	39	91	4	136	45	10	15	29	1.79
29154760--29154920	40	4.0	40	81	3	189	24	21	27	26	1.99
29163647--29163870	50	4.5	49	88	2	306	29	28	17	25	1.98
29163634--29163877	101	2.5	99	86	2	330	28	28	18	25	1.98
29166016--29166075	30	2.0	30	87	6	86	56	18	16	8	1.64
29166016--29166075	15	4.0	15	82	8	77	56	18	16	8	1.64
29169077--29169300	49	4.5	49	88	2	315	29	28	17	25	1.98
29169069--29169307	99	2.4	99	86	2	329	28	28	18	24	1.98
29173128--29173257	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
29173144--29173295	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
29173144--29173293	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
29175240--29175322	43	1.9	43	82	4	105	36	12	26	25	1.91
29175462--29175583	47	2.6	47	96	0	217	36	12	24	26	1.91
29175562--29175758	55	3.6	54	84	4	245	35	17	25	21	1.95
29175562--29175769	53	3.9	54	84	4	240	35	16	25	22	1.95
29185992--29186031	18	2.2	18	95	0	71	50	2	35	12	1.54
29186860--29186917	29	2.0	29	86	0	80	44	1	6	46	1.40
29186866--29186926	29	2.1	28	84	3	77	44	1	4	49	1.33
29187175--29187213	11	3.6	10	83	16	51	23	2	0	74	0.94
29187167--29187222	22	2.7	21	76	13	62	30	3	0	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29187686--29187757	18	3.8	20	72	20	64	48	0	12	38	1.41
29187715--29187757	20	2.1	21	87	12	63	48	0	9	41	1.35
29188807--29188880	34	2.2	34	87	0	103	56	9	21	12	1.63
29188819--29188892	34	2.1	34	80	2	85	58	10	18	12	1.63
29189021--29189347	35	9.4	35	73	6	225	37	17	24	20	1.94
29189021--29189291	104	2.6	103	80	8	314	37	18	23	20	1.94
29189252--29189347	34	2.8	35	79	1	95	37	15	26	20	1.93
29189035--29189342	139	2.2	137	77	12	288	37	18	24	20	1.94
29189921--29190334	139	3.0	139	84	2	517	32	21	19	27	1.97
29195649--29195677	12	2.3	13	94	5	51	48	24	0	27	1.51
29199106--29199292	40	4.7	40	85	2	216	22	26	24	26	2.00
29199106--29199329	120	1.9	120	79	5	256	24	25	22	27	2.00
29206280--29206422	40	3.6	40	86	3	173	22	27	23	27	1.99
29214805--29214829	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
29215700--29215769	27	2.5	28	88	2	106	27	12	27	32	1.93
29230126--29230150	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29230840--29230985	40	3.7	40	85	7	206	24	23	26	25	2.00
29230834--29230986	80	1.9	80	93	2	263	25	22	26	25	2.00
29234315--29234808	50	9.8	50	77	7	419	25	17	26	30	1.97
29234315--29234796	151	3.2	151	93	0	804	25	17	26	30	1.97
29234315--29234815	101	5.0	99	77	8	476	25	17	26	30	1.97
29242059--29242439	50	7.6	50	78	8	380	25	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29242059--29242449	101	3.9	99	77	9	371	25	18	25	30	1.98
29242059--29242449	151	2.6	151	95	0	687	25	18	25	30	1.98
29247324--29247514	39	4.9	39	92	0	301	22	31	21	24	1.98
29264337--29264389	26	2.0	26	100	0	106	43	11	11	33	1.76
29268243--29268286	15	2.9	15	82	0	61	11	18	13	56	1.66
29273967--29274018	26	2.0	26	85	7	70	36	17	5	40	1.73
29274160--29274324	25	6.6	25	79	0	116	37	18	20	24	1.94
29276825--29276991	40	4.2	40	78	8	146	25	21	26	25	2.00
29282742--29282909	40	4.2	40	83	5	180	27	27	21	23	1.99
29282742--29282909	80	2.1	80	85	6	225	27	27	21	23	1.99
29287962--29288059	44	2.3	43	81	8	110	31	21	17	29	1.96
29295245--29295417	40	4.3	40	80	5	170	26	21	25	26	1.99
29295242--29295417	80	2.2	81	82	3	212	26	21	26	26	2.00
29295273--29295457	80	2.3	80	76	4	176	28	22	24	24	1.99
29296801--29296856	28	2.0	28	100	0	112	21	17	39	21	1.93
29302196--29302325	40	3.2	40	84	2	172	26	27	22	23	2.00
29302212--29302363	80	1.9	80	82	5	191	24	26	23	26	2.00
29308394--29308522	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
29308402--29308541	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
29311869--29311923	24	2.3	24	93	0	92	36	27	9	27	1.87
29311997--29312031	17	2.0	18	94	5	63	42	11	5	40	1.65
29312286--29312310	9	2.8	9	100	0	50	48	12	0	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29313494--29313533	19	2.1	19	85	0	53	25	32	17	25	1.97
29313709--29313756	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
29320251--29320275	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
29320241--29320276	18	2.0	18	88	0	54	11	2	2	83	0.86
29320624--29320671	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
29322735--29322779	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
29323759--29323818	29	2.1	29	90	0	93	41	28	1	28	1.66
29324456--29324510	24	2.3	24	93	0	92	29	10	25	34	1.90
29326678--29326720	17	2.5	17	100	0	86	9	27	0	62	1.25
29326811--29326846	17	2.1	17	89	5	54	11	16	0	72	1.12
29328699--29328734	6	6.3	6	93	6	58	19	0	0	80	0.71
29328701--29328734	11	3.1	11	84	16	52	17	0	0	82	0.67
29328853--29328987	67	2.1	65	81	13	154	34	8	14	41	1.78
29330101--29330169	10	7.0	10	77	9	52	73	2	4	18	1.12
29330103--29330154	19	2.7	19	79	8	61	78	3	3	13	1.02
29330102--29330169	20	3.5	20	76	11	68	73	2	4	19	1.13
29334613--29334747	67	2.1	65	81	13	154	34	8	14	41	1.78
29338117--29338213	30	3.2	30	70	2	88	28	13	28	28	1.94
29339486--29339582	30	3.2	30	74	8	99	28	15	27	27	1.96
29343993--29344052	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
29343999--29344046	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
29344262--29344299	12	3.0	13	92	7	69	76	7	0	15	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29345340--29345395	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
29350306--29350365	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
29350312--29350359	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
29354736--29354824	6	13.7	6	72	23	65	4	20	1	74	1.06
29354737--29354824	13	6.7	13	71	21	60	4	20	1	73	1.07
29354737--29354831	21	4.9	19	76	18	81	6	18	1	73	1.10
29354736--29354824	34	2.8	32	79	20	89	4	20	1	74	1.06
29354737--29354831	40	2.4	39	81	13	99	6	18	1	73	1.10
29354776--29354853	40	1.9	41	82	12	99	8	21	0	69	1.16
29357981--29358024	21	2.1	21	100	0	88	34	13	29	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770