genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  275  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83002479--83002600	29	4.2	29	87	4	147	23	28	15	31	1.95
83002479--83002601	58	2.1	58	86	0	174	23	28	16	31	1.96
83009745--83009903	29	5.5	29	90	0	221	24	30	15	29	1.95
83014963--83015065	29	3.6	29	80	2	109	21	16	32	30	1.95
83019861--83019895	17	2.1	17	88	0	52	14	14	22	48	1.79
83026051--83026080	15	2.0	15	93	0	51	40	23	13	23	1.90
83028286--83028538	53	4.8	53	80	9	252	35	17	24	21	1.95
83028293--83028492	108	1.8	108	87	7	298	34	18	25	22	1.96
83032755--83032785	15	2.1	15	100	0	62	22	0	32	45	1.53
83035880--83036132	55	4.8	53	80	9	243	35	17	25	21	1.95
83035887--83036087	108	1.8	110	89	4	318	34	17	25	22	1.95
83036325--83036355	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83045334--83045359	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
83047360--83047420	30	2.0	30	83	0	77	31	24	8	36	1.85
83055495--83055680	40	4.7	40	84	5	209	25	26	23	24	2.00
83063540--83063724	40	4.7	40	85	6	218	25	26	22	25	2.00
83063540--83063724	79	2.3	81	81	9	229	25	26	22	25	2.00
83066869--83067052	54	3.4	53	81	6	219	35	16	24	23	1.94
83068576--83068800	40	5.6	40	87	0	315	34	28	19	17	1.95
83076621--83076773	39	3.9	39	94	0	270	34	30	18	16	1.93
83090412--83090529	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
83090380--83090543	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83094113--83094225	40	2.8	39	86	2	145	23	29	23	23	1.99
83105369--83105469	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
83105398--83105473	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
83112571--83112790	40	5.5	40	84	4	239	25	25	22	26	2.00
83114677--83114726	22	2.3	22	96	0	91	40	18	8	34	1.79
83116963--83117010	11	4.4	11	78	17	55	52	27	2	18	1.57
83116967--83117010	23	1.9	23	90	0	70	52	27	2	18	1.57
83117728--83117860	43	3.1	41	81	11	151	34	25	16	23	1.95
83120575--83120782	40	5.2	40	88	1	285	23	20	28	27	1.99
83122761--83123318	279	2.0	279	92	0	927	28	14	19	37	1.92
83133561--83133599	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
83133769--83133909	42	3.3	43	86	4	185	24	15	25	34	1.95
83133757--83133919	43	3.8	43	78	9	163	24	15	26	33	1.95
83134962--83135007	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
83142112--83142260	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
83142153--83142260	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
83148596--83148744	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
83148637--83148744	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
83154440--83154538	33	3.0	33	88	2	146	23	27	23	26	2.00
83154502--83154561	28	2.2	27	82	8	68	25	28	26	20	1.99
83154730--83154805	27	2.8	27	79	0	71	32	21	19	26	1.97
83154948--83155064	27	4.3	26	83	4	126	24	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83159355--83159493	38	3.6	38	87	5	190	22	23	25	28	1.99
83161616--83162039	49	8.4	49	74	15	339	32	8	29	29	1.86
83161619--83162039	98	4.2	98	80	13	476	32	8	29	29	1.86
83161753--83161794	18	2.3	18	100	0	84	33	0	28	38	1.58
83161704--83161843	67	2.1	67	97	0	262	32	6	29	32	1.83
83161655--83161892	116	2.1	116	96	0	440	31	7	29	31	1.84
83161619--83161941	165	2.0	165	95	0	583	32	8	28	30	1.86
83161771--83162039	49	5.6	49	90	1	411	33	8	29	29	1.86
83164012--83164194	39	4.6	39	86	0	231	24	22	30	22	1.99
83169768--83169792	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
83187766--83187925	86	1.9	85	84	6	216	23	17	26	33	1.96
83187781--83187925	43	3.4	43	80	8	154	22	15	26	34	1.95
83191635--83191676	21	2.0	20	86	13	59	35	21	9	33	1.86
83192683--83192745	13	4.8	13	94	3	108	69	6	7	15	1.33
83192685--83192740	27	2.1	27	100	0	112	71	7	7	14	1.29
83212818--83213023	27	7.6	27	86	3	272	30	16	16	36	1.91
83213018--83213105	27	3.3	26	83	3	113	40	22	18	18	1.91
83213168--83213217	23	2.2	23	86	13	68	24	14	22	40	1.90
83213520--83213573	28	1.9	28	84	0	72	29	22	29	18	1.97
83215801--83215884	38	2.2	38	89	0	123	34	23	19	22	1.96
83215801--83215904	38	2.7	38	82	8	122	32	25	20	22	1.97
83229598--83229709	59	1.9	57	84	10	147	39	17	16	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83230932--83231061	40	3.3	40	80	3	156	23	21	28	26	1.99
83239838--83240003	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
83239838--83239987	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
83247304--83247470	40	4.2	40	80	3	187	25	27	21	25	1.99
83252487--83252561	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
83260392--83260466	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
83263575--83263747	46	3.8	45	78	13	190	28	28	20	21	1.98
83263582--83263752	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
83263575--83263768	46	4.2	46	73	14	157	28	28	20	22	1.98
83269958--83270261	48	6.3	48	78	8	314	26	10	25	36	1.89
83269958--83270290	24	13.9	24	72	10	234	26	11	26	36	1.90
83269959--83270261	96	3.2	96	94	1	518	26	10	26	36	1.89
83273200--83273227	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
83273238--83273275	17	2.2	17	90	0	58	44	7	7	39	1.63
83274121--83274167	10	5.1	10	78	19	57	12	8	19	59	1.58
83274946--83275001	22	2.4	23	82	8	69	30	23	5	41	1.76
83275646--83275705	31	2.0	30	90	9	95	26	3	3	66	1.23
83276363--83276412	22	2.3	22	96	0	91	36	16	8	40	1.77
83281329--83281548	55	4.1	54	75	8	153	39	17	21	21	1.92
83283001--83283130	40	3.2	41	79	4	158	24	27	24	23	2.00
83283001--83283168	40	4.2	40	76	6	151	23	26	24	25	2.00
83291176--83291304	40	3.2	41	78	5	149	24	27	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83302223--83302261	18	2.1	18	85	4	51	58	0	15	25	1.37
83302378--83302453	6	12.5	6	91	6	91	76	0	0	23	0.79
83302454--83302488	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
83303251--83303276	11	2.4	11	100	0	52	73	0	26	0	0.84
83304120--83304164	18	2.7	15	83	16	54	51	0	17	31	1.46
83306548--83306740	43	4.5	43	79	5	167	27	15	26	29	1.96
83306616--83306791	43	4.0	44	77	15	145	26	14	27	31	1.95
83317649--83317813	43	4.0	42	76	13	137	36	24	16	22	1.94
83344647--83344865	40	5.5	41	83	7	227	23	25	24	26	2.00
83350369--83350401	17	2.1	17	88	11	52	21	12	21	45	1.84
83351277--83351336	29	2.1	28	81	9	68	41	1	26	30	1.65
83351876--83352049	93	1.9	94	86	6	255	25	15	27	31	1.96
83351876--83352049	47	3.7	47	90	4	255	25	15	27	31	1.96
83352655--83352698	22	2.0	22	82	8	54	27	2	25	45	1.65
83356743--83356780	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
83357494--83357664	40	4.3	39	81	7	166	28	22	26	22	1.99
83357487--83357664	80	2.2	80	82	4	207	26	23	26	22	2.00
83357528--83357690	40	4.1	40	85	1	157	27	24	26	20	1.99
83365147--83365298	40	3.8	40	85	0	196	25	23	26	24	2.00
83365148--83365326	80	2.2	81	84	3	227	26	24	26	22	2.00
83365148--83365366	40	5.5	39	77	9	149	26	24	26	22	2.00
83365185--83365366	80	2.3	80	81	4	199	28	24	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83371557--83371707	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
83371594--83371723	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
83374312--83374349	6	6.5	6	84	3	51	81	2	2	13	0.90
83379917--83380060	46	3.1	45	71	15	125	29	27	20	22	1.98
83387412--83387583	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
83387405--83387580	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
83391602--83391636	17	2.1	17	100	0	70	34	25	17	22	1.96
83400409--83400478	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
83407628--83407697	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
83411634--83411807	45	3.9	45	86	1	215	23	21	17	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770