genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  5  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1281180--1281305	6	20.3	6	71	18	89	48	15	16	19	1.81
1281194--1281305	31	3.6	31	95	1	197	48	16	16	18	1.82
1281449--1281515	26	2.5	27	85	2	82	37	22	25	14	1.93
1281674--1281738	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
1282774--1282850	27	2.9	27	73	11	68	20	18	20	40	1.92
1282868--1283227	27	13.3	27	77	6	235	30	8	20	40	1.83
1282953--1283213	81	3.2	80	85	4	330	29	8	21	41	1.81
1282897--1283352	27	16.9	27	79	5	233	33	8	20	38	1.83
1284990--1285031	21	2.0	21	100	0	84	23	23	9	42	1.83
1287401--1287448	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
1287485--1287576	20	5.1	19	85	12	124	35	11	20	31	1.89
1287485--1287576	33	2.6	36	81	18	120	35	11	20	31	1.89
1287533--1287567	14	2.6	14	95	4	63	34	11	22	31	1.90
1287481--1287595	53	2.2	52	80	13	137	37	12	20	30	1.89
1287630--1287747	23	5.0	24	91	7	188	28	21	22	27	1.99
1287631--1287726	47	2.1	46	98	2	183	29	20	20	29	1.98
1287938--1288000	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
1295480--1295527	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
1295564--1295673	39	2.8	39	93	4	186	34	12	20	31	1.91
1295564--1295664	20	5.2	20	92	4	170	35	12	19	31	1.90
1295718--1295836	24	5.0	24	89	9	181	29	21	21	27	1.98
1295719--1295815	47	2.1	47	96	3	178	29	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1296029--1296091	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
1297838--1297915	34	2.3	34	95	0	138	30	29	11	28	1.92
1303377--1303414	19	2.0	19	94	0	67	34	10	13	42	1.78
1311191--1311215	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
1313087--1313140	22	2.5	23	85	11	62	20	7	12	59	1.58
1313101--1313144	22	2.0	22	100	0	88	22	4	18	54	1.61
1313516--1314276	390	1.9	391	86	4	1072	34	15	14	35	1.89
1323009--1323044	18	2.0	18	100	0	72	22	33	5	38	1.77
1327669--1327693	13	1.9	13	100	0	50	8	16	0	76	1.02
1331604--1331870	46	5.8	46	90	1	356	21	25	14	38	1.92
1334011--1334061	11	4.7	11	74	13	52	64	3	0	31	1.11
1337059--1337219	38	4.2	38	94	0	277	29	26	23	19	1.98
1341184--1341226	18	2.4	17	81	11	50	20	46	0	32	1.51
1347896--1347935	20	2.0	20	100	0	80	35	5	30	30	1.79
1350821--1350884	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
1351111--1351184	27	2.8	26	89	4	112	24	20	24	31	1.98
1351111--1351184	26	2.8	27	91	4	116	24	20	24	31	1.98
1351234--1351290	20	2.8	20	91	0	96	35	19	12	33	1.89
1358908--1359020	38	3.0	38	96	1	210	26	20	12	40	1.88
1359000--1359029	7	4.3	7	100	0	60	26	13	0	60	1.34
1359264--1359345	26	3.2	26	89	1	94	24	20	23	31	1.98
1359273--1359345	26	2.8	26	95	0	128	24	21	26	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1359395--1359461	20	3.3	20	89	4	100	34	19	11	34	1.88
1363627--1363684	29	2.0	29	100	0	116	27	6	17	48	1.72
1365332--1365494	86	1.9	86	87	2	238	34	19	22	23	1.97
1365853--1365890	15	2.4	16	82	13	51	0	26	0	73	0.83
1366714--1366777	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
1366969--1367111	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
1366969--1367110	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
1366968--1367111	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
1367161--1367221	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
1369835--1369877	23	1.9	22	86	13	61	20	11	0	67	1.22
1371528--1371606	6	13.2	6	82	5	88	18	1	5	74	1.07
1382946--1382993	17	2.8	16	78	12	51	75	0	6	18	1.01
1384102--1384209	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
1385663--1385726	26	2.4	26	78	5	65	32	23	14	29	1.94
1385831--1385971	27	5.2	26	81	10	167	17	22	23	36	1.95
1385831--1385971	54	2.6	53	90	2	210	17	22	23	36	1.95
1387825--1387920	42	2.2	44	80	10	110	32	26	14	27	1.95
1405914--1405946	16	2.0	17	88	5	50	69	15	6	9	1.34
1407790--1407896	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
1407905--1407974	27	2.5	28	83	4	97	31	14	22	31	1.94
1415821--1415927	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
1415936--1416005	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1429763--1429787	9	2.8	9	100	0	50	12	32	0	56	1.36
1431733--1431772	6	6.5	6	82	5	53	77	0	2	20	0.88
1433733--1433838	55	1.9	54	83	5	133	17	30	24	27	1.98
1439669--1439836	40	4.2	40	79	1	140	22	26	24	26	2.00
1444488--1444716	47	4.9	47	81	7	238	21	28	19	30	1.97
1444490--1444758	47	5.7	47	75	14	184	22	27	19	30	1.98
1444490--1444749	140	1.9	141	85	4	364	22	27	19	30	1.98
1444586--1444758	94	1.9	92	84	7	233	21	27	19	31	1.98
1453040--1453106	26	2.5	26	73	2	71	32	22	17	26	1.96
1454016--1454429	46	9.0	46	90	2	562	20	23	14	41	1.89
1454016--1454429	93	4.5	92	90	2	562	20	23	14	41	1.89
1457071--1457283	81	2.6	79	82	4	264	30	10	20	38	1.86
1457070--1457283	27	8.0	27	79	4	211	30	10	20	38	1.86
1462930--1462973	15	2.9	15	83	10	54	27	31	31	9	1.88
1462900--1463016	58	2.0	58	94	0	207	29	34	25	10	1.89
1463014--1463088	38	2.0	38	91	0	123	34	26	17	21	1.95
1474335--1474368	17	2.0	17	100	0	68	29	23	11	35	1.90
1480232--1480274	21	2.1	21	86	4	61	25	2	23	48	1.62
1481549--1481593	2	22.5	2	90	0	72	44	0	4	51	1.21
1483254--1483286	16	2.0	17	88	5	50	15	0	12	72	1.12
1484786--1484837	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
1484869--1484906	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485788--1485863	38	2.0	38	100	0	152	31	13	7	47	1.71
1492338--1492397	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
1496878--1496937	30	2.0	31	90	3	95	28	0	1	70	0.97
1496884--1496936	13	3.8	13	77	20	54	24	0	1	73	0.93
1499464--1499575	58	1.9	58	83	3	145	25	33	16	25	1.96
1499473--1499575	29	3.6	29	81	6	111	25	32	16	26	1.96
1501093--1501123	16	1.9	16	93	0	53	3	9	35	51	1.51
1504313--1504368	18	3.1	18	80	14	62	30	14	10	44	1.79
1505441--1505547	29	3.7	29	81	3	119	29	30	15	23	1.96
1517249--1517287	20	2.0	21	85	10	55	30	0	15	53	1.42
1523029--1523060	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1527033--1527062	3	10.0	3	100	0	60	33	0	66	0	0.92
1528756--1528804	23	2.1	23	81	7	55	6	6	14	73	1.22
1531058--1531100	22	2.0	21	86	4	59	18	30	23	27	1.98
1532547--1532582	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
1537043--1537107	18	3.6	18	81	4	69	21	20	15	43	1.88
1540805--1540907	42	2.5	41	85	4	136	31	27	13	28	1.94
1541066--1541105	20	2.0	20	95	0	71	17	12	10	60	1.59
1544625--1544709	44	1.9	44	95	0	152	37	21	14	27	1.91
1544642--1544713	20	3.4	20	67	14	54	37	23	13	25	1.92
1553581--1553626	6	7.8	6	87	4	58	17	4	0	78	0.91
1553581--1553626	17	2.6	17	82	3	56	17	4	0	78	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1556512--1556540	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
1556786--1557107	48	6.7	48	88	1	403	25	27	16	30	1.96
1556746--1557107	96	3.8	95	84	2	413	25	27	16	30	1.97
1564450--1564479	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1564882--1564952	20	3.3	20	67	14	61	40	25	11	22	1.87
1564891--1564959	20	3.2	20	67	15	57	39	24	13	23	1.90
1565646--1565675	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
1584583--1584607	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1590079--1590127	22	2.2	22	85	7	64	14	10	14	61	1.57
1592502--1592537	6	6.0	6	96	0	63	47	19	33	0	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770